CaPSID

Screenshot Λογισμικό:
CaPSID
Στοιχεία Λογισμικού:
Εκδοχή: 1.4.3
Ανεβάστε ημερομηνία: 20 Feb 15
Προγραμματιστής: Shane Wilson
Άδεια: Δωρεάν
Δημοτικότητα: 28

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

καψίδιο είναι μια ολοκληρωμένη πλατφόρμα ανοικτού κώδικα που ενσωματώνει ένα υψηλής απόδοσης υπολογιστικής αγωγού για την ταυτοποίηση της σειράς παθογόνο & nbsp? Και ο χαρακτηρισμός στα ανθρώπινα γονιδιώματα και transcriptomes μαζί με μια κλιμακούμενη αποτελέσματα της βάσης δεδομένων και ένα φιλικό προς το χρήστη web-based εφαρμογή λογισμικού για τη διαχείριση, την υποβολή ερωτήματος και την απεικόνιση των αποτελεσμάτων.
Ξεκινώντας
Θα χρειαστείτε μια βάση δεδομένων MongoDB, ένα Python 2.6+ εγκατάσταση και Apache Tomcat 6+. Για περισσότερες λεπτομέρειες, διαβάστε το wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What είναι νέα σε αυτήν την έκδοση:

  • Διορθώσεις Μήνυμα λάθους κατά την εκτέλεση της αφαίρεσης και η ευθυγράμμιση δεν έχει βρεθεί
  • Περισσότερα εργασίες για τον καθορισμό τα ερωτήματα που διαρκούν

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.4.2:

  • Αφαιρεί MongoKit εξάρτηση

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.4.1:

  • Διορθώσεις χρονικό όριο δρομέα για μεγάλες στατιστικές εκτέλεση ερωτημάτων

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.4.0:

  • στατιστικές Προσθέτει ενώ αυτοί οι που εκτελείται και όχι όλα στο τέλος
  • Αποθηκεύει μοναδική ταυτότητα για τα γονίδια ως UID

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.2.7:

  • Διορθώνει README

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.2.6:

  • Αφαίρεση φιλτράρει unmapped κατά την οικοδόμηση χαρτογραφηθεί διαβάζει

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.2:

  • Utility για να δημιουργήσετε αρχεία FastQ από unmapped διαβάζει
  • Utility για να επιστρέψει διασταύρωση των αρχείων FastQ
  • Utility για να επαναφέρετε τα αρχεία FastQ φίλτρο
  • κατώφλι σημαία Προστέθηκε mapq για αφαίρεση
  • Gbloader μπορούν τώρα να φορτώσει τα βακτήρια και τα γονιδιώματα των μυκήτων
  • Αποθηκεύει αλληλουχίες γονιδιώματος στη βάση δεδομένων χρησιμοποιώντας GridFS
  • Μειωμένη αποτύπωμα μνήμης κατά τον υπολογισμό των στατιστικών
  • υποδιεργασίες χρήση αντί του os.system
  • βαθμολογίες mapq φίλτρο πρέπει να περιλαμβάνει 0

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.1:

  • προσθέτει υποστήριξη για ζεύγος τέλος διαβάζει

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.0.1:

  • Προστέθηκε υποστήριξη για τον έλεγχο ταυτότητας MongoDB

Απαιτήσεις :

  • Python

Παρόμοια λογισμικά

mpiBLAST
mpiBLAST

3 Jun 15

CodonW
CodonW

2 Jun 15

tigreBrowser
tigreBrowser

11 May 15

Adun
Adun

3 Jun 15

Σχόλια για CaPSID

Τα σχόλια δεν βρέθηκε
προσθήκη σχολίου
Ενεργοποιήστε τις εικόνες!
Αναζήτηση ανά κατηγορία