edittag

edittag είναι μια συλλογή εφαρμογή για το σχεδιασμό σύνολα επεξεργαστείτε μετρικών ετικετών αλληλουχίας, ελέγχοντας τις ετικέτες ακολουθία για διαμόρφωση στο μετρικό επεξεργασία, και την ενσωμάτωση ετικέτες αλληλουχίας σε συγκεκριμένη πλατφόρμα προσαρμογείς αλληλουχίας και εκκινητές PCR. edittag διαφέρει από τις άλλες προσεγγίσεις:
& Nbsp? * Edittag δημιουργεί αυθαίρετη μήκη edit-μετρικών ετικέτες αλληλουχίας σε εύλογο χρονικά πλαίσια με τη χρήση πολυ-
& Nbsp? * Edittag παράγει επεξεργαστείτε μετρικό ακολουθία σύνολα ετικετών είναι σύμφωνες με την απόσταση Επεξεργασία επιλεγμένων
& Nbsp? * Edittag χρησιμοποιείται Primer3 για την ενσωμάτωση ετικέτες αλληλουχίας με εκκινητές PCR
Παρέχουμε πολλά μεγάλα σύνολα επεξεργαστείτε μετρικών ετικετών αλληλουχίας σχεδιάστηκε χρησιμοποιώντας edittag στις ακόλουθες μορφές:
& Nbsp? * Κείμενο - το αρχείο αυτό είναι σε κατάλληλη μορφή για check_levenshtien_distance.py
& Nbsp? * CSV
& Nbsp? * SQLite βάση δεδομένων
Αιτιολογική αναφορά
Faircloth π.Χ., Glenn TC. Μεγάλα σύνολα edit-μετρικό προσδιορισμό αλληλουχίας
ετικέτες για να διευκολυνθεί η μεγάλης κλίμακας πολυπλεξίας του διαβάζει από μαζικά
παράλληλη αλληλουχίας. doi_
Εγκατάσταση:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
πίσσα -xzf package.tar.gz
python setup.py εγκαταστήσετε
αποθήκη
git κλώνος git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
προαιρετικό πακέτο (ργ Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
πίσσα -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py εγκαταστήσετε
προαιρετικό πακέτο (Primer3)
Αν θέλετε να σχεδιάσουν εκκινητές που ενσωματώνουν επεξεργαστείτε μετρικό ετικέτες ακολουθία, θα πρέπει πρώτα να εγκαταστήσετε μία τροποποιημένη έκδοση του Primer3:
git κλώνος git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-Primer3 / src
κάνω
make install
Βεβαιωθείτε ότι έχετε να μετακινήσετε τα εκτελέσιμα από mod-Primer3 σε μια θέση στη διαδρομή σας (κινηθούν τουλάχιστον Primer3 βίου και primer3_config στον ίδιο κατάλογο στην πορεία σας). Στη συνέχεια μπορείτε να εκτελέσετε

Απαιτήσεις :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-Primer3