MetagenomeDB

MetagenomeDB είναι μια βιβλιοθήκη Python σχεδιαστεί για εύκολη αποθήκευση, ανάκτηση και να σχολιάσετε μεταγονιδιωματική ακολουθίες & nbsp?. MetagenomeDB πράξη ως στρώμα αφαίρεσης πάνω από μια βάση δεδομένων MongoDB. Αυτό παρέχει ένα API για να δημιουργήσετε και να τροποποιήσετε και να συνδέσετε δύο τύπους αντικειμένων, δηλαδή ακολουθίες και τις συλλογές:
& Nbsp? * Ακολουθίες (κατηγορία Sequence) μπορεί να διαβάζει, contigs, κλώνοι PCR, κ.λπ.
& Nbsp? * Συλλογών (κλάση Συλλογή) αντιπροσωπεύει σύνολα ακολουθιών? π.χ., διαβάζει που προκύπτουν από την ανάλυση αλληλουχίας του δείγματος, contigs συναρμολογούνται από ένα σύνολο διαβάζει, βιβλιοθήκη PCR
Κάθε αντικείμενο μπορεί να εμπλουτίζονται με τη χρήση ενός σύνταξη λεξικού, όπως:
# Πρώτο, εισάγουμε τη βιβλιοθήκη
εισαγωγής MetagenomeDB όπως mdb
# Τότε δημιουργείται ένα νέο αντικείμενο ακολουθίας με δύο
# (Υποχρεωτικό) ιδιότητες, «όνομα» και «ακολουθία»
s = mdb.Sequence ({"name": "σειρά μου", "αλληλουχία": "ATGC"})
# Το αντικείμενο μπορεί τώρα να σχολιασμένη
Εκτύπωση s [«μήκος»]
s ["τύπος"] = "διαβάσει"
# Αφού τροποποιηθεί, το αντικείμενο πρέπει να δεσμευτεί
# Με τη βάση δεδομένων για τις τροποποιήσεις παραμένουν
s.commit ()
Αντικείμενα του τύπου Ακολουθία, ή Συλλογή μπορούν να συνδεθούν μεταξύ τους για να αντιπροσωπεύσουν τις διάφορες μεταγονιδιωματική σύνολα δεδομένων. Παραδείγματα περιλαμβάνουν, αλλά δεν περιορίζονται σε:
& Nbsp? * Συλλογή διαβάζει προκύπτουν από ένα τρέξιμο αλληλουχίας (σχέση μεταξύ αλληλουχία πολλαπλών αντικειμένων και μία συλλογή)
& Nbsp? * Σύνολο contigs που προκύπτουν από τη συναρμολόγηση ενός συνόλου διαβάζει (σχέση μεταξύ δύο αντικειμένων Συλλογή)
& Nbsp? * Αναφέρει ότι αποτελούν μέρος μιας συνεχόμενης (σχέση μεταξύ αλληλουχία πολλαπλών αντικειμένων και μία αλληλουχία)
& Nbsp? * Ακολουθία η οποία είναι παρόμοια με μια άλλη ακολουθία (σχέση μεταξύ δύο αντικειμένων Sequence)
& Nbsp? * Συλλογή που είναι μέρος ενός μεγαλύτερου συλλογής (σχέση μεταξύ δύο αντικειμένων Συλλογή)
Το αποτέλεσμα είναι ένα δίκτυο αλληλουχιών και συλλογή, η οποία μπορεί να διερευνηθεί με τη χρήση μεθόδων αποκλειστικής? IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Κάθε μία από αυτές τις μεθόδους επιτρέπουν εξελιγμένα φίλτρα που χρησιμοποιούν την MongoDB την αναζήτηση σύνταξη:
# Λίστα όλες τις συλλογές της «collection_of_reads« τύπος
# Η σειρά «S» ανήκουν στην
συλλογές = s.list_collections ({"τύπος": "collection_of_reads"})
# Λίστα όλες οι ακολουθίες που επίσης ανήκουν σε αυτές τις συλλογές
# Με μήκος τουλάχιστον 50 bp
για c στις συλλογές:
& Nbsp? C.list_sequences εκτύπωσης ({"μήκος": {"$ GT": 50}})
MetagenomeDB παρέχει επίσης ένα σύνολο εργαλείων γραμμής εντολών για την εισαγωγή νουκλεοτιδικές αλληλουχίες, αλληλουχίες πρωτεϊνών, έκρηξη και την ευθυγράμμιση FASTA αλγόριθμους παραγωγής, και ACE αρχεία συναρμολόγησης. . Τα άλλα εργαλεία που παρέχονται για να προσθέσετε ή να αφαιρέσετε πολλαπλά αντικείμενα, ή να τους σχολιάσετε

Απαιτήσεις :

• Python