misopy

MISO (μίγμα ισομορφών) είναι ένα πιθανοτικό πλαίσιο γραμμένο σε Python που ποσοτικοποιεί το επίπεδο έκφρασης & nbsp? Από εναλλακτικό μάτισμα γονιδίων από RNA-Seq δεδομένων, και εντοπίζει διαφορικά ρυθμιζόμενες ισομορφές ή εξώνια όλη δείγματα.
Με τη μοντελοποίηση της παραγωγική διαδικασία με την οποία διαβάζει παράγονται από ισομορφές στο RNA-Seq, το μοντέλο MISO χρησιμοποιεί Bayesian συμπέρασμα να υπολογίσουμε την πιθανότητα ότι ένας ανάγνωσης που προέρχεται από ένα συγκεκριμένο ισομορφή.
MISO χρησιμοποιεί την τεκμαιρόμενη εκχώρηση διαβάζει ισομορφών να ποσοτικοποιηθεί η αφθονία της υποκείμενης σύνολο των εναλλακτικών του mRNA. Διαστήματα εμπιστοσύνης για τις εκτιμήσεις μπορούν να ληφθούν, οι οποίες ποσοτικοποιούν την αξιοπιστία των εκτιμήσεων.
Παρακαλούμε δείτε http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/ για χειροκίνητη MISO και τεκμηρίωση

Απαιτήσεις :.

• Python