NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit παρέχει δωρεάν, φορητές, δημόσιες βιβλιοθήκες τομέα χωρίς περιορισμούς χρήσης. Λειτουργεί σε Unix, MS Windows και Mac OS πλατφόρμες:
ย ท Δικτύωση και διεπεξεργαστικές Επικοινωνίας (IPC) βιβλιοθήκη με iostream προσαρμογείς
ย ท multithreading Βιβλιοθήκη
ย ท CGI και Fast-CGI Βιβλιοθήκη
ย ท HTML γενιάς Βιβλιοθήκη
ย ท βάση δεδομένων του SQL Βιβλιοθήκη Πρόσβαση
ย ท C ++ βιβλιοθήκη περιτύλιγμα για BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream ρεύματος / βιβλιοθήκη Wrapper
ย ท GZIP και ΒΖ2 C ++ βιβλιοθήκη Wrapper με προσαρμογείς iostream
ย ท ASN.1 και XML Serialization Βιβλιοθήκη με C ++ κώδικα γεννήτρια εργαλείο (datatool)
ย ท Ημερομηνία και ώρα Βιβλιοθήκη
ย ท Αρχείο Βιβλιοθήκη Λειτουργία Συστήματος
ย ท Επιχείρημα γραμμής εντολών, Διαμόρφωση και Περιβάλλοντος βιβλιοθήκη επεξεργασίας
ย ท Ακολουθία Ευθυγράμμιση Αλγόριθμοι Βιβλιοθήκη
ย ท Βιβλιοθήκη BLAST Μηχανή
ย ท Βιολογικές Ακολουθίες Ανάκτηση και βιβλιοθήκη επεξεργασίας
ย ท Φορητό FLTK και OpenGL με βάση GUI και γραφικά βιβλιοθήκες
Εκτός από τα παραπάνω, υπάρχουν ένα σωρό άλλα χρήσιμα βιβλιοθήκες, τόσο γενικού σκοπού και της βιοτεχνολογίας που σχετίζονται με τα οποία συνεχώς αναπτύσσεται, συντηρείται και χρησιμοποιείται στην παραγωγή της πραγματικής ζωής από εκατοντάδες δημιουργία ανεξάρτητων εφαρμογών και προγραμματιστές τους (υπολογίζονται επίσης σε εκατοντάδες).
Αν είστε ένας προγραμματιστής C ++, θα βρείτε το φορητό χαρακτήρα των βιβλιοθηκών πολύ χρήσιμα για τη δημιουργία cross-platform εφαρμογές, ακόμη και αν δεν έχετε μεγάλο ενδιαφέρον στη Βιοπληροφορική. Βιβλιοθήκες, όπως αυτές για την CGI / Fast-CGI, HTML, δικτύωση, SQL βάσης δεδομένων της Access, ASN.1 και XML Serialization είναι αρκετά γενικής χρήσης και μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε μια ποικιλία εφαρμογών εκτός του τομέα της Βιοπληροφορικής πρόβλημα.
Η C ++ Toolkit υφίσταται ενεργή ανάπτυξη με τις βιβλιοθήκες χτίζονται κάθε βράδυ. Ο πηγαίος κώδικας είναι ελεύθερα διαθέσιμα μέσω FTP και CVS. Η τεκμηρίωση για την C ++ Toolkit είναι διαθέσιμες στο διαδίκτυο σε μορφή NCBI Βιβλιοθήκη και επίσης ως downloadable βιβλίο σε μορφή PDF του Acrobat

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• ΧΑΡΑΚΤΗΡΙΣΤΙΚΑ:
• Προστέθηκε LDS2 (Τοπική v.2 αποθήκευσης δεδομένων), η οποία βασίζεται στην SQLite3, διαθέτει νέα χαρακτηριστικά και καλύτερη απόδοση. Επίσης εφαρμόζονται φορτωτής δεδομένων LDS2 να χρησιμοποιήσετε LDS2 από το Διαχειριστή αντικειμένου.
• XmlWrapp -αυτό εύκολο χειρισμό XML API έχει ως επί το πλείστον ολοκληρωθεί (και ακόμη και γυαλισμένο).
• Εφαρμόζεται σηράγγων και έγκριση των συνδέσεων HTTP και σηράγγων του Secure Sockets, μέσω πληρεξουσίων HTTP.
• CFormatGuess επιτρέπει πλέον διάκριση μεταξύ GTF, GFF3, και GFF2. Είναι μια ενδεχομένως σπάζοντας αλλαγή. Για περισσότερες λεπτομέρειες δείτε παρακάτω.
• υλοποιήσει σημαντικά μέρη της CFeatTree, η τάξη να οργανώσει τα χαρακτηριστικά που ορίζονται σε μια βιολογική ακολουθία σε μια ιεραρχία που αντανακλά τις σχέσεις γονέα-παιδιού τους (με βάση τους υποτύπους χαρακτηριστικό).
• CORELIB:
• Εφαρμόζεται μετατροπή της τοπικής ρύθμισης ανεξάρτητη σπάγκο για να διπλασιαστεί και πίσω? άλλαξε το βασικό βιβλιοθήκες για να το χρησιμοποιήσετε.
• NStr :: Justify () - για τη μορφοποίηση των παραγράφων του κειμένου
.
• CNcbiApplication - κάνει FindProgramExecutablePath στατική, και πιο ισχυρή? προσθέσετε μια στατική μέθοδο GetAppName υψηλότερου επιπέδου. Ψάξτε για την παγκόσμια αρχεία ρυθμίσεων σε περισσότερες περιπτώσεις.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Νέα μέθοδος εκθέτοντας τη λογική προσδιορισμό του αρχείου (αν υπάρχει) για να φορτώσετε
• CEnvironmentCleaner -. Νέα τάξη για να απορρίψετε ανεπιθύμητα μεταβλητές περιβάλλοντος
• CFileIO - Επιστροφή στην αρχική συμπεριφορά:. Μην κλείσετε τη λαβή αρχείου εάν αυτή έχει εκχωρηθεί μέσω SetFileHandle ()
• Κωδικός:
• Serialization της AnyContent αντικείμενα δεδομένων - σταθερό για να αναγνωρίσουν και σωστά τα χαρακτηριστικά της διεργασίας της αξίας τους
.
• Διορθώθηκε η ανάγνωση των δεδομένων XML για να εκχωρήσετε σε μια προκαθορισμένη τιμή στοιχείου όταν δεν έχει περιεχόμενο.
• Προστέθηκε υποστήριξη για τις ακολουθίες των στοιχείων, όπου το στοιχείο έχει μια προεπιλεγμένη τιμή.
• DATATOOL:
• Διορθώθηκε παραγωγή κώδικα:
• ΕΠΙΛΟΓΗ αντικείμενα δεδομένων?
• δυαδικά τύπους δεδομένων με χαρακτηριστικά.
• Διορθώθηκε μετατροπή των διπλών τιμών τύπου για να διατηρηθεί περισσότερο σημαντικά ψηφία.
• Σύνδεση:
• επιλογή Προστέθηκε υποδοχή keepalive (fSOCK_KeepAlive).
• Προστέθηκε NCBI δοκιμή σύνδεσης (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile -. Νέα λειτουργία για τον εντοπισμό των αρχείων δεδομένων (ρυθμιζόμενο) πρότυπο θέσεις
• CChecksumStreamWriter -. Νέα τάξη για τον υπολογισμό του αθροίσματος ελέγχου των δεδομένων που γράφονται σε ένα ρεύμα
• g_GZip_ScanForChunks () - νέο API, για να ζητήσετε συμπιεσμένο θέσεις ρεύμα. Προστέθηκε εφαρμογή για να πάρει θέσεις για τη χωριστή gzip αρχεία μέσα συνεχόμενα αρχείο gzip.
• χειριστές ρεύμα Προστέθηκε συμπίεσης / αποσυμπίεσης (περιλαμβάνουν / util / συμπίεση / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} σελ) ενημερώνεται, με ενδεχομένως το σπάσιμο της αλλαγής. Ο σκοπός αυτού είναι να επιτρέψει CFormatGuess να γίνει διάκριση μεταξύ GTF, GFF3, και GFF2. Σήμερα τσουβαλιάζει όλες αυτές τις μορφές σε μια τιμή "eGtf». Η αξία του παλιού «eGtf» (3) έχει αντικατασταθεί με «eGtf_POISONED», και δεν θα πρέπει να επιστραφεί και πάλι. Η νέα τιμή για την «eGtf» (21) θα σημαίνει ένα αρχείο που πρέπει να διαβάσετε με CGtfReader (objtools / αναγνώστες / gtf_reader.hpp). Η νέα τιμή »eGff3» (22) είναι για τα αρχεία θα πρέπει να διαβαστούν με CGff3Reader (objtools / αναγνώστες / gff3_reader.hpp), και «eGff2» (24) είναι για τα αρχεία θα πρέπει να διαβαστούν με CGff2Reader (περιλαμβάνουν / objtools / αναγνώστες /gff2_reader.hpp)
• BIO-ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΑ:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Νέα μέθοδος για να βοηθήσει ακολουθίες τόπο που εισάγονται από τα αρχεία FASTA με τις προδιαγραφές εύρος σε μια πιο ολοκληρωμένη άποψη? τυλιγμένο με CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (επίσης νέα).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Εφαρμογή ή βελτίωση της αναγνώρισης για περισσότερα προθέματα (GA, HH, ΗΙ, ΗΟ-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ, και ΙΑΑ-IZZ, μερικές από τις οποίες αντιστοιχούν στη νέα δυνατότητα του DDBJ ΤΡΑ δεδομένα WGS) και μεικτές σε ΤΡΑ προσχωρήσεις πρωτεΐνη (ως επί το πλείστον από το EMBL, αλλά μερικοί από GenBank πάρα πολύ).
• Διακρίνουν WGS πλοίαρχος προσχωρήσεις από μια νέα σημαία λίγο. Χαλαρώστε υπερβολικά αυστηρή λογική ΠΣΠ αναγνώριση.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Νέες λειτουργίες για την εργασία με τα αναγνωριστικά σειρά απλού κειμένου, συνυπολογίζονται από CFastaReader και γενικευμένη κάπως
• SSeqIdRange - Νέος τύπος (πλήρης, με αναλυτή και on-the-fly & quot? Iterator & quot?) Για την εργασία με σειρές Seq-id, το οποίο υπάρχει σε ορισμένες τροποποιητές πηγή FASTA defline
.
• BIO-ΕΡΓΑΛΕΙΑ:
• CFastaOstream - Προαιρετικά δέχονται έθιμο τίτλους για απλές σειρές. Tag αρνητικού κλώνου σειρές με κορυφαίους «Γ.

.
• CFastaReader - Υποστήριξη αρνητικού κλώνου σειρές και σύνταξη χάσμα συμπαγής defline στιλ Πούλια του (; & quot? & Gt? Ν & quot? Όπου Ν είναι ένας αριθμός? Ή & quot? & Gt? Unk100 & quot?)
• COBALT:
• Προστέθηκε γραμμής εντολών -num_domain_hits επιλογή που περιορίζει τον αριθμό των συντηρημένες περιοχές ανά ακολουθία που χρησιμοποιείται στον υπολογισμό των περιορισμών ευθυγράμμισης.
• φυλογενετικά δέντρα:
• υψηλότερης προστιθέμενης διασύνδεση επιπέδου για τον υπολογισμό φυλογενετικό δέντρο από στοιχίσεις (για παράδειγμα BLAST και τα αποτελέσματα κοβάλτιο). Κλάση CPhyTreeCalc υπολογίζει φυλογενετικό δέντρο, και CPhyTreeFormater εκτυπώνει το δέντρο σε Newick και Nexus μορφή.

ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΕΣ
• BIO-ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ:
• υλοποιούνται CheckNumRows () και άλλες μεθόδους για αραιά ευθυγραμμίσεις.
• Για να μειώσει το αποτύπωμα μνήμης: πρόσθεσε διαβάσει αγκίστρια για τη μείωση της μνήμης που χρησιμοποιείται από ευθυγραμμίσεις μετά deserialization? Na-κλώνου χρησιμοποιεί τώρα ένα byte της μνήμης όπου είναι δυνατόν? Score.value επιλογή είναι τώρα ενσωματωμένη στο CScore.
• κεφαλαίο ένταξη στην CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-Διαχείριση Αντικειμένων:
• Προστέθηκε μεθόδους κτήτορας για boolean πεδία CTableFieldHandle.
• Προστέθηκε GetBestGeneForFeat () με βάση την CFeatTree.
• Εφαρμόζεται GetBestOverlappingFeat () για CFeatTree.
• Προστέθηκε γρήγορα Cscope :: GetTaxid ().
• Εφαρμόζεται φόρτωσης χύδην για ACC / ver, gi, ετικέτα, και TaxID.
• Προστέθηκε κενά μηδενικού μήκους ελέγξτε CSeqMap και CSeqVector.
• Εφαρμόζεται GetLength () και GetCoverage () για τις θέσεις των ομολόγων.
• Βελτιώσεις:
• Προστέθηκε μέθοδος βοηθός να συμπληρώσετε CFeatTree την τοποθεσία.
• επιτάχυνε τη χαρτογράφηση των απλών θέσεις CSeq_loc_mix σε CFeat_CI.
• Η αυστηρότερη ταξινόμηση των χαρακτηριστικών σε CFeat_CI να αποφεύγονται οι ασάφειες.
• κτήτορες CSeq_feat_Handle τώρα εργάζονται με Seq-τραπέζι διαθέτει πάρα πολύ.
• χαρακτηριστικά ΑΚΟΛ τραπέζι υποστηρίζουν τώρα πεδία του χρήστη πολυεπίπεδη.
• Μη ΑΚΟΛ κατόρθωμα ΑΚΟΛ πίνακες αναγνωρίζονται τώρα, ακόμη και αν βρίσκονται σε διάσπαση κομμάτι.
• επιτάχυνε CBioseq_Handle :: AddId ().
• Βελτιστοποιημένη Cscope :: AttachXxx ().
• Υποστήριξη διάσπαση ονομάζεται σχολιασμού.
• CSeqVector και CSeqVector_CI του CanGetRange () τώρα επιστρέφει false αντί να ρίχνουν μια εξαίρεση.
• Αφήστε να καθορίσετε τον τρόπο να αντιμετωπίσει τις υπάρχουσες λαβές σε ResetHistory ().
• Βελτιστοποιημένη εκ νέου την ανατροφή των παιδιών, αν είναι πιο χαρακτηριστικά προστίθενται στο CFeatTree.
• Προστέθηκε δυνατότητα για τον εντοπισμό σφαλμάτων Cscope δημιουργία / διαγραφή.
• Πολλές αλλαγές στο C ++ λειτουργία καθαρισμού για να μιμηθούν τη λειτουργία καθαρισμού που υπάρχει ήδη στο C. Υπάρχει ακόμη δουλειά να γίνει με BasicCleanup, αλλά σημαντική πρόοδος που έχει σημειωθεί. Μικρή δουλειά έχει γίνει για ExtendedCleanup από ακόμα.
• CSeq_loc_Mapper μπορεί τώρα να προετοιμαστεί με GC-Συνέλευση.
• Διορθώσεις σφαλμάτων:
• Σταθερή χαρτογράφηση των θέσεων μίγμα στο μείον κλώνο σε CFeat_CI.
• Πολλές διορθώσεις στον τρόπο CFeatTree συνδέει χαρακτηριστικά.
• Αρκετές διορθώσεις νήμα-ασφάλειας.
• Διορθώθηκε τυπογραφικό λάθος πρόληψη προσθέτοντας ευθυγραμμίζει και γραφήματα για να CSeq_annot_EditHandle.
• διασφάλισης κατά των εξαιρέσεων κατά την ταξινόμηση χαρακτηριστικά CFeat_CI.
• GENBANK ΣΤΟΙΧΕΙΑ ΜΗΧΑΝΗΜΑΤΑ:
• Εγγεγραμμένοι HPRD εξωτερικούς σχολιασμούς.
• Προστέθηκε προαιρετικό param exclude_wgs_master σε αναγνώστες pubseqos / pubseqos2.
• Εφαρμόζεται φόρτωσης χύδην για ACC / ver, gi, ετικέτα, και TaxID.
• Προστέθηκε CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Βελτίωση:
• Χρησιμοποιήστε χύμα αιτήματα φόρτωση Cscope :: GetBioseqHandles ().
• Ξεχωριστά στατιστικά αναγνώστη με το είδος των φορτωμένων σταγόνες.
• Προστέθηκε σήμανσης χρόνου σε GenBank μηνύματα εντοπισμού σφαλμάτων.
• Χρησιμοποιήστε IConnValidator για το άνοιγμα PubSeqOS συνδέσεις.
• Προστέθηκε διάσπαση έκδοση στα αιτήματα κομμάτι και τα δευτερεύοντα κλειδιά κομμάτι στην GenBank cache για να αποφύγετε τη χρήση λάθος κομμάτια όταν άμορφη μάζα διάσπαση κατάσταση έχει αλλάξει το αναγνωριστικό.
• Προστέθηκε δευτεροβάθμιας λιγότερο σύγχυση ονόματα param για ανοιχτό χρονικού ορίου.
• Μην επαναλάβετε καταμέτρηση πολλαπλασιάσετε με τον αριθμό των συνδέσεων.
• δοκιμή εφαρμογών ΑΝΤΙΚΕΙΜΕΝΟ ΔΙΕΥΘΥΝΤΗΣ ΚΑΙ DEMO:
• id2_fetch_simple -. Προστιθέμενη -id επιλογές για αυθαίρετες Seq-id του
• test_bulkinfo -. Νέα δοκιμαστική εφαρμογή
• FASTA:
• λειτουργικότητα χαρακτηριστικό πίνακα C ++ έχει γίνει πιο λειτουργική, όπως για μέρος του έργου Bankit.
• asn2flat χρησιμότητα
• τεράστιος αριθμός των αλλαγών στο Flatfile μορφοποιητή για να φέρει πολύ πιο κοντά για να απελευθερώσει κατάσταση ετοιμότητας (πιθανώς ελευθερώνουν έτοιμοι σε αυτό το σημείο, αν και εξακολουθούν να υπάρχουν κάποιες σχετικά ήσσονος σημασίας ζητήματα).
• XMLWRAPP:
• Διορθώθηκε το σφάλμα κατάτμησης σε περίπτωση λήψης αναφορά στην έκφραση XPath τρέχει αποτελέσματα.
• Προστέθηκε βοηθούς για να πάρει δημόσια, η ταυτότητα του συστήματος και το όνομα DTD για εξωτερικές και εσωτερικές υποσύνολα.
• Προστέθηκε μεθόδους για την αναζήτηση ιδιότητες κόμβο.
• Σταθερή εκτέλεση της έκφρασης XPath:. Ξεκινά τώρα από το συγκεκριμένο κόμβο
• Σταθερή αναζήτηση ιδιότητες (συμπεριλαμβανομένης της αθέτησης) όταν παρέχεται ένα χώρο ονομάτων.
• Προστέθηκε δυνατότητα να τρέξει XPath έκφραση χωρίς να υπάρχει ανάγκη να ρητά εγγραφή ονομάτων.
• Προστέθηκε δυνατότητα να παράσχει δοχεία για τη συλλογή σφάλματα και προειδοποιήσεις κατά την ανάλυση των εγγράφων.
• Προστέθηκε δυνατότητα να τροποποιήσετε τις αξίες και ονομάτων των προεπιλεγμένα χαρακτηριστικά του κόμβου.
• Προστέθηκε δυνατότητα να ελέγξετε αν ένα χαρακτηριστικό είναι η προεπιλογή.
• Προστέθηκε δυνατότητα να τοποθετήσετε ή να αφαιρέσετε χαρακτηριστικά, λαμβάνοντας παράλληλα υπόψη ονομάτων τους.
• Προστέθηκε δυνατότητα να απομακρύνουν δήλωση XML, όταν αποθηκεύεται ένα έγγραφο.
• WindowMasker:
• Προστέθηκε μια νέα μορφή εισόδου, & quot? Seqids & quot ;; με την παρούσα μορφή της εισόδου, η είσοδος είναι ένα αρχείο που περιέχει ένα αναγνωριστικό ακολουθίας σε κάθε γραμμή, και ο αλγόριθμος χρησιμοποιεί τη Διαχείριση Bio-αντικείμενο να εξετάσει τις ακολουθίες.
• Προστέθηκε μια νέα κατηγορία CWinMaskConfig, για την αποθήκευση όλων των παραμέτρων διαμόρφωσης WindowMasker. Η τάξη μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προσθέσει τα απαραίτητα επιχειρήματα της γραμμής εντολών για CArgDescriptions, και στη συνέχεια να πάρει τις παραμέτρους διαμόρφωσης από τα επιχειρήματα της γραμμής εντολών.
• BUILD ΠΛΑΙΣΙΟ (UNIX):
• Ερμηνεύστε τις προδιαγραφές της γραμμής εντολών του APP_PROJ ή LIB_PROJ ως σύνθημα για να διευκρινιστούν άλλα * ρυθμίσεις _PROJ δεν παρέχεται επίσης εκεί. (Απαιτεί την GNU Make?. Χτίζει με του ήλιου κάνουν να συνεχίσουν να λειτουργούν όπως πριν)
• Προμήθεια περισσότερους στόχους σε υποκαταλόγους:. * _F (Χρησιμοποιώντας το τοπικό διαμέρισμα makefiles που παράγονται με τη ζήτηση, αγνοώντας τις εξαρτήσεις σε άλλα μέρη του δέντρου), * _fd (τυλίγοντας το top-level Makefile.flat), clean_sources και purge_sources
• Διαμόρφωση και ευκολία σενάρια του (μεταγλωττιστές / Unix / sh *.):
• Αξιοσημείωτα νέα σημαία --without-3psw -. Να μην χρησιμοποιούν με οποιοδήποτε λογισμικό 3ο μέρος
• Προστέθηκε μια επιταγή για Glew.
• Η βελτίωση των ελέγχων για Boost και OpenGL.
• στηρίξει, διευκρινίζοντας πορείες τρέχουν στο Ντάργουιν (Mac) συστήματα με σύγχρονες toolchains.
• BLAST:
• Στο Ντάργουιν (Mac OS X), να χτίσουν μόνο για επεξεργαστές της Intel, ακόμη και σε διαφορετικά καθολική χτίζει οφείλεται σε περιορισμό PowerPC εργαλειοθήκη.
• Προστέθηκε υποστήριξη για την ανάκτηση NCBI Taxonomy αναγνωριστικά για τις οποίες υποστήριξη WindowMasker είναι διαθέσιμη.
• Αφήστε τις προδιαγραφές μιας σειράς ερωτημάτων, μαζί με πολλαπλές αρχείο ευθυγράμμισης ακολουθίας σε psiblast.
• Προστέθηκε βάση δεδομένων σκληρού συγκάλυψης υποστήριξη.
• Προστέθηκε βάση δεδομένων μαλακό συγκάλυψης μεταφρασμένων αναζητήσεις.
• Προστέθηκε υποστήριξη για btop (λειτουργίες BLAST traceback) και το ερώτημα και το μήκος θέμα στην έκθεση πίνακα.
• εφαρμογές γραμμής εντολών - επιτρέπουν psiblast να αναζητήσετε πολλά ερωτήματα, πρόσθεσε προαιρετική -input_type για makeblastdb
• Να επιτρέπεται η χρήση των βέλτιστων χτύπημα και XML σε λειτουργία blast2sequences.
• Βελτιωμένη μορφοποίηση απόδοσης για απομακρυσμένες αναζητήσεις.
• makembindex μπορεί πλέον να στηριχθεί μασκοφόροι δείκτης MegaBLAST απευθείας από τη βάση δεδομένων νουκλεοτιδίων BLAST χρησιμοποιώντας τη συγκάλυψη πληροφοριών που είναι αποθηκευμένες στη βάση δεδομένων BLAST. Αυτό επιτυγχάνεται με τη νέα -db_mask επιλογή γραμμής εντολών για να makembindex. Η επιλογή δέχεται το αναγνωριστικό ακέραιο του αλγορίθμου φιλτραρίσματος που υποστηρίζεται από τη βάση δεδομένων BLAST. Η επιλογή μπορεί να εφαρμοστεί μόνο σε συνδυασμό με -iformat blastdb.
• Για να διευκολύνουν το χρήστη στην εύρεση των αριθμητικών ταυτότητες των αλγορίθμων φιλτραρίσματος υποστηρίζεται από μια βάση δεδομένων BLAST, οι -show_filters σημαία εισάγεται. Εφαρμόζοντας τη σημαία με -iformat blastdb και η βάση δεδομένων BLAST ως μια είσοδος προκαλεί makembindex στην έξοδο μια λίστα των διαθέσιμων αλγορίθμων φιλτραρίσματος και εξόδου.
• ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ NetCache:
• NetCache αναμορφώνεται να περιλαμβάνουν τα ακόλουθα χαρακτηριστικά:
• την καλύτερη διαχείριση του χώρου στο δίσκο?
• lock-λιγότερη δουλειά με σταγόνες, εκδόσεων χρησιμοποιείται αντ 'αυτού?
• πολυ-θύρα ακρόασης και ανά πελάτη ρυθμίσεις διαφοροποίησης.
• NetCache και ICache APIs:
• Χρησιμοποιήστε Uint8 παντού για το μέγεθος άμορφη μάζα.
• Να επιτρέπεται η μερική ανάκτηση άμορφη μάζα.
• Εισήγαγε προστασία με κωδικό πρόσβασης σταγόνα? Οι κενούς κωδικούς αντιμετωπίζονται ως δεν υπάρχει κωδικός πρόσβασης.
• Εργαζόμενος APIs κόμβο:
• Νέα παράμετρος για τον τερματισμό του κόμβου εργαζόμενος αν η κατανάλωση μνήμης της υπερβαίνει το καθορισμένο όριο (παράμετρος & quot? Total_memory_limit & quot?)
.
• Νέα παράμετρος για τον τερματισμό του κόμβου των εργαζομένων, αν ο χρόνος εκτέλεσης της υπερβαίνει το καθορισμένο όριο (παράμετρος & quot? Total_time_limit & quot?)
.
• ΕΦΑΡΜΟΓΕΣ GRID:
• netscheduled
• Διορθώθηκε ένα σφάλμα που δεν προκάλεσε καμία απάντηση στην εντολή διαγραφής ουρά.
• remote_app
• Νέα παράμετρος διαμόρφωσης (& quot? TMP_DIR & quot?). Να ελέγχουν τον τρόπο προσωρινό όνομα καταλόγου δημιουργείται - να μειώσει το μήκος της
• Συνδεθείτε άμορφη μάζα σφάλμα γραφής.
• netcache_control
• Να επιτρέπεται η μερική ανάκτηση άμορφη μάζα.
• Νέα κατάργησησε εντολή για να διαγράψετε σταγόνες από ταυτότητες τους.
• Νέα -auth παράμετρο για να καθορίσετε έλεγχο ταυτότητας string για να χρησιμοποιήσετε.
• Νέες εντολές -reconf και -reinit για χρήση από τους διαχειριστές NetCache.
• netschedule_control
• Ενεργοποιημένο λειτουργία συμβατότητας για να κάνουν την εργασία netschedule_control με μεγάλα κόμβους των εργαζομένων.
• cgi2rcgi.cgi
• Μην δημιουργείτε ένα άδειο άμορφη μάζα NetCache ως ένα σύμβολο κράτησης θέσης για το μήνυμα προόδου.
• λάθη Σύνδεση δικτύου που αναφέρονται στο χρήστη.
• Να επιτρέπεται χώρους στην παράμετρο αναγνωριστικό εργασίας.
• έξοδος Υποστήριξη της πληροφορίες κατάστασης της εργασίας σε μορφή JSON.
• Να επιτρέπεται προσαρμοσμένα πρότυπα HTML που θα ορίζεται για σφάλματα δικτύου και άλλες εκδηλώσεις.
• Προστέθηκε no-cache κεφαλίδες HTTP για να αποφευχθεί η προσωρινή αποθήκευση των ενδιάμεσων αποτελεσμάτων.
• ncfetch.cgi
• Νέα παράμετρος για να αποκτήσετε πρόσβαση προστατεύεται με κωδικό σταγόνες.
• Ερμηνεύστε επιπλέον παράμετρο & quot? Αρχείου & quot? ως όνομα αρχείου για το αρχείο.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 31 του Δεκεμβρίου 2008:

• Αυτή η έκδοση προσθέτει μια μέθοδο για τον υπολογισμό της στήλης ειδικών pseudocounts στο PSI-BLAST.
• Το refactors τη βιβλιοθήκη υπηρεσίες δικτύου.
• Προσθέτει πλαίσιο δοκιμής μονάδα και την καταγραφή σφαλμάτων για όλες τις κατηγορίες αρχείων API.
• Καθορίζει Pthread υποστήριξη για ΙΚΓΧ. Ενισχύει την υποστήριξη της XML serialization.
• Καθορίζει τη στήριξη της Sybase.
• Προσθέτει υποστήριξη για τους μικρότερους πίνακες αναζήτησης για μικρά ερωτήματα.
• Προσθέτει ένα API για να ανακτήσετε GenBank στατιστικές φορτωτή.
• Έχει ανάμικτες άλλες βελτιώσεις, επιταχύνσεις, και διορθώσεις σφαλμάτων.