CodonW

CodonW είναι ένα πρόγραμμα που έχει σχεδιαστεί για να απλοποιήσει την ανάλυση Η πολυπαραγοντική (ανάλυση αντιστοιχιών) της χρήσης κωδικονίων και αμινοξέων. Επίσης υπολογίζει πρότυπο δείκτες της χρήσης κωδικονίων. Έχει δύο μενού και γραμμής εντολών διεπαφές.
Το έργο CodonW γράφτηκε από τον John Peden στο εργαστήριο του Παύλου Sharp, Τμήμα Γενετικής, Πανεπιστήμιο του Nottingham. Ο John εργάζεται στην ανθρώπινη γενετική και αυτή τη στιγμή εργάζεται ως ProCardis διαχειριστής της βάσης δεδομένων στο WTCHG στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης.
Εδώ είναι μερικά βασικά χαρακτηριστικά του "CodonW":
· Γραπτή σε ANSI C συμβατό
· Καθοδηγούμενο από το μενού
· Εκτεταμένες αριθμός των επιλογών της γραμμής εντολών
· Γενετικός κώδικας ανεξάρτητες
· Δεν υπάρχουν περιορισμοί σχετικά με
1. Αριθμός των ακολουθιών
Μήκος 2. ακολουθία
· Υπολογισμός των δεικτών χρήση κωδικονίου
1. CAI: Κωδικονίου δείκτη προσαρμογής
2. Fop: Συχνότητα της βέλτιστης κωδικόνια
3. Nc: Αποτελεσματική αριθμός των κωδικονίων
4. CBI: πόλωση κωδικονίων Ευρετήριο
· Υπολογίζει δείκτες αμινοξέων
Βαθμολογία 1. GRAVY
2. Αρωματικότης
· Υπολογίζει ανάλυσης των αντιστοιχιών των
1. χρήση κωδικονίου
2. RSCU (Σχετική συνώνυμο χρήση κωδικονίου)
3. αμινο χρήση οξέος
· Ανάλυση Αλληλογραφία
1. μπορεί να συμπεριλαμβάνονται / εξαιρούνται κωδικόνια / αμινοξέα
2. μπορούν να δημιουργήσουν λεπτομερείς εκθέσεις των τάσεων
3. προσπάθειες για τον εντοπισμό της βέλτιστης κωδικόνια αυτόματα
4. Δεν μπορεί να επιτρέψει επιπλέον σύνολα δεδομένων που πρέπει να προστεθούν
5. καταγράφει οποιοδήποτε αριθμό των τάσεων
· Υπολογίζει τις παραμέτρους του γονιδίου
Μήκος 1. Gene
2. GC, GC3s και κωδικόνιο θέση συγκεκριμένες G + C
3. δινουκλεοτίδιο σύνθεση (σε όλες τις τρεις κωδικόνιο καρέ)
4. αμινο χρήση οξέος
5. Σχετική χρήση αμινοξέων
6. Η χρήση κωδικονίου
7. Σχετική Συνώνυμο χρήση κωδικονίου
· Μπορεί να μεταφράζεται εννοιολογικά ακολουθίες στην πρωτεΐνη
· Μορφοποιεί τα δεδομένα ακολουθίας
· Ανθρώπου ή μηχανικά αναγνώσιμη εξόδου
· Μπορεί να ενώσετε τα γονίδια (με παράλληλη διατήρηση του πλαισίου ανάγνωσης) για τον υπολογισμό
1. συνολική χρήση κωδικονίου
2. Περιεκτικότητα GC
Σύνθεση 3. δινουκλεοτίδιο
· Δημιουργεί πίνακες κωδικονίων, αμινοξύ, ή χρήση RSCU
· Μπορεί ακόμη και να σας βοηθήσει να μάθετε τον γενετικό κώδικα.
· Και