Biopython

αναπτύξει μια διεθνή ομάδα των προγραμματιστών είναι ένα κατανεμημένο συλλογική προσπάθεια για την ανάπτυξη Python βιβλιοθήκες και εφαρμογές που καλύπτουν τις ανάγκες των σημερινών και των μελλοντικών έργων στη βιοπληροφορική.

Τι είναι καινούργιο αυτή η έκδοση:.

• Bio.Phylo έχει τώρα την κατασκευή δέντρων και τη συναίνεση ενότητες, από τις εργασίες GSoC από Yanbo Ye
• Bio.Entrez τώρα θα κάνει αυτόματα λήψη και την προσωρινή αποθήκευση των νέων αρχείων NCBI DTD για την XML parsing στο home του χρήστη (χρήση ~ / .biopython στο Unix, όπως τα συστήματα, και $ AppData / biopython στα Windows).
• Bio.Sequencing.Applications περιλαμβάνει τώρα ένα περιτύλιγμα για το εργαλείο samtools γραμμής εντολών.
• Bio.PopGen.SimCoal τώρα υποστηρίζει επίσης fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-κείμενο, hmmer3-καρτέλα, και hmmer3-domtab υποστηρίζουν τώρα έξοδο από hmmer3.1b1.
• BioSQL μπορεί να χρησιμοποιήσει τώρα το πακέτο mysql-υποδοχή (διαθέσιμο για Python 2, 3 και PyPy) ως εναλλακτική λύση για MySQLdb (Python 2 μόνο) για να συνδεθείτε με μια βάση δεδομένων MySQL.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.63:

• Τώρα χρησιμοποιεί το Python 3 στυλ ενσωματωμένη στην επόμενη λειτουργία (μέθοδος τόπος .next των Python 2 iterators στυλ »).
• Η τρέχουσα έκδοση αφαίρεσε την απαίτηση της βιβλιοθήκης 2to3.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.62:.

• Πρώτη έκδοση του Biopython που υποστηρίζει επίσημα Python 3

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.60:

• Νέα ενότητα Bio.bgzf υποστηρίζει την ανάγνωση και εγγραφή αρχείων BGZF ( Αποκλεισμένοι μορφή zip GNU), μια παραλλαγή του GZIP με την αποτελεσματική τυχαίας προσπέλασης, χρησιμοποιείται πιο συχνά ως μέρος της μορφής αρχείου BAM και tabix.
• Το πρόγραμμα ανάλυσης GenBank / EMBL θα δώσει τώρα μια προειδοποίηση για μη αναγνωρισμένες θέσεις χαρακτηριστικό και να συνεχίσει την ανάλυση (αφήνοντας την τοποθεσία του χαρακτηριστικού ως Καμία).
• Η Bio.PDB.MMCIFParser τώρα καταρτίζονται από προεπιλογή (αλλά δεν είναι ακόμη διαθέσιμα από Jython, PyPy ή Python 3).

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.59:

• Νέα Bio.TogoWS μονάδα προσφέρει ένα περιτύλιγμα για την TogoWS ΥΠΟΛΟΙΠΟ API.
• Το NCBI Entrez Φέρτε λειτουργία Bio.Entrez.efetch έχει ενημερωθεί για να χειριστεί αυστηρότερη διαχείριση του NCBI των πολλαπλών επιχειρήματα ταυτότητας σε EFetch 2.0.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.58:

• Η νέα διεπαφή και αναλυτών για την PAML (φυλογενετική ανάλυση με Μέγιστη Πιθανότητα) πακέτο των προγραμμάτων, υποστηρίζοντας codeml, baseml και yn00 καθώς και Python εκ νέου εφαρμογή του chi2 προστέθηκε ως μονάδα Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO περιλαμβάνει πλέον διαβάσει υποστήριξη για τα αρχεία της ABI (& quot? Sanger & quot? Τριχοειδή αρχεία ίχνος αλληλουχίας, που περιέχουν ονομάζεται ακολουθία με PHRED ιδιότητες)
.
• Η Bio.AlignIO & quot? FASTA-M10 & quot? parser ενημερώθηκε για την αντιμετώπιση των γραμμών δείκτη, όπως χρησιμοποιείται στην FASTA έκδοση Bill του Pearson 3.36.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.57:.

• Biopython μπορεί πλέον να εγκατασταθεί με pip

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.56:

• Η μονάδα Bio.SeqIO έχει ενημερωθεί για την υποστήριξη πρωτεΐνη EMBL αρχεία (που χρησιμοποιείται για τη βάση δεδομένων διπλωμάτων ευρεσιτεχνίας), τα αρχεία IMGT (μια παραλλαγή της μορφής αρχείου EMBL, με τη βοήθεια του Uri Laserson), και UniProt XML αρχεία.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.55:

• Η πολλή δουλειά έχει γίνει προς την κατεύθυνση Python 3 υποστήριξη (μέσω το σενάριο 2to3), αλλά αν δεν έσπασε κάτι που δεν πρέπει να παρατηρήσετε οποιεσδήποτε αλλαγές.
• Σε ό, τι νέα χαρακτηριστικά, το πιο αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό είναι ότι οι τάξεις περιτύλιγμα γραμμή εντολών εφαρμογή του εργαλείου είναι τώρα εκτελέσιμο, γεγονός που θα καταστήσει πολύ πιο εύκολο να καλέσετε εξωτερικά εργαλεία.

Απαιτήσεις :

• Python 2.6 ή νεότερη έκδοση