BioRuby

BioRuby παρέχει ένα ολοκληρωμένο περιβάλλον για την Βιοπληροφορική (Βιολογία επιστήμη της πληροφορίας).
Αντικειμενοστρεφής γλώσσα προγραμματισμού Ruby έχει πολλά χαρακτηριστικά κατάλληλα για τη βιοπληροφορική έρευνα, για παράδειγμα, σαφή σύνταξη για να εκφράσουν πολύπλοκων αντικειμένων, κανονικές εκφράσεις για τον χειρισμό κειμένου τόσο ισχυρό όσο Perl & rsquo? S, μια μεγάλη ποικιλία από βιβλιοθήκες, συμπεριλαμβανομένων των υπηρεσιών web κ.λπ.
Καθώς η σύνταξη Ruby είναι απλό και πολύ καθαρό, πιστεύουμε ότι είναι εύκολο να μάθουν για αρχάριους, εύκολο στη χρήση για τους βιολόγους, καθώς επίσης και αρκετά ισχυρός για τους προγραμματιστές λογισμικού.
Σε BioRuby, ο κύριος του έργου μπορεί να ανακτήσει εγγραφές βιολογική βάση δεδομένων από αρχεία επίπεδη, διακομιστές web internet και τοπικές σχεσιακές βάσεις δεδομένων.
Αυτές οι εγγραφές της βάσης δεδομένων μπορεί να αναλυθεί για να εξαγάγετε τις πληροφορίες που χρειάζεστε. Βιολογικά αλληλουχίες μπορούν να αντιμετωπιστούν με τις μεθόδους εκπλήρωση της Ruby & rsquo? S τάξη String και με κανονικές εκφράσεις.
Η βιβλιοθήκη μπορεί να ενσωματωθεί με εργαλεία όπως έκρηξη, FASTA, Hmmer και πολλά άλλα πακέτα λογισμικού για την ανάλυση βιολογικών.
 BioRuby υποστηρίζει σημαντικές μορφές βιολογικών δεδομένων και παρέχει πολλούς τρόπους για την πρόσβαση σε αυτές μέσω Flatfile ευρετηρίασης, SQL, υπηρεσίες web, κλπ Διάφορες υπηρεσίες web, συμπεριλαμβανομένων KEGG API μπορεί να χρησιμοποιηθεί εύκολα από BioRuby.

Χαρακτηριστικά :

• BioRuby κέλυφος
• API
• Τεκμηρίωσης

Απαιτήσεις :

• Ruby 1.8.7 ή νεότερη έκδοση