InDelFixer

InDelFixer είναι Java πρόγραμμα για να καταργήσετε μετατόπιση πλαισίου που προκαλεί παρεμβολές ή διαγραφές από δεδομένα αλληλουχίας επόμενης γενιάς. Σε ορισμένες περιπτώσεις, είναι γνωστό ότι η πρωτεΐνη ενδιαφέροντος δεν έχει παραλλαγές με μετατοπίσεις πλαισίου. Αυτές οι μετατοπίσεις του πλαισίου μπορεί να διορθωθεί με ένα συγκεκριμένο γονιδίωμα αναφοράς (ή πολλαπλή στοίχιση σε μια μελλοντική έκδοση). Το πρόγραμμα δέχεται τυπική ροή γραμμάριο σχηματοποιημένα αρχεία, FASTA / PacBio αρχεία CCS, και Illumina ζεύγη τέλος δεδομένα, όπως αρχεία FASTQ

Απαιτήσεις :.

Java 7