mpiBLAST είναι ένα MPI βασίζεται παράλληλη εφαρμογή του NCBI BLAST. Το έργο αποτελείται από ένα ζευγάρι των προγραμμάτων που αντικαθιστούν formatdb και blastall με τις εκδόσεις που εκτελούν εργασίες BLAST παράλληλα σε ένα σύμπλεγμα από ηλεκτρονικούς υπολογιστές με MPI εγκατασταθεί. Υπάρχουν δύο κύρια πλεονεκτήματα για τη χρήση mpiBLAST έναντι των παραδοσιακών BLAST.
Πρώτον, mpiBLAST χωρίζει τη βάση δεδομένων σε όλη κάθε κόμβο του συμπλέγματος. Επειδή το τμήμα κάθε κόμβου της βάσης δεδομένων είναι μικρότερη μπορεί συνήθως διαμένουν στο ρυθμιστικό-cache, δίνοντας μια σημαντική επιτάχυνση λόγω της αποβολής του δίσκο I / O. Δεύτερον, επιτρέπει στους χρήστες ωστικό κύμα να επωφεληθείτε από το αποτελεσματικό, χαμηλού κόστους Beowulf clusters διότι οι απαιτήσεις επικοινωνίας μεταξύ των είναι χαμηλά.
mpiBLAST επιτυγχάνει υπερ-γραμμική επιτάχυνση σε καταστάσεις όπου η βάση δεδομένων είναι πολύ μεγάλο για να χωρέσει στη μνήμη RAM, και σχεδόν γραμμική επιτάχυνση σε άλλες καταστάσεις. Δεν απαιτεί ένα ειδικό σύμπλεγμα.
Απαιτήσεις:
Τα σχόλια δεν βρέθηκε