FlexS προβλέπει την διαμόρφωση και τον προσανατολισμό του ενός από τους συνδετήρες σε σχέση με το άλλο. Σε FlexS η αναφορά συνδέτη υποτίθεται ότι είναι άκαμπτο, έτσι, θα πρέπει να δοθεί σε μία διαμόρφωση η οποία είναι παρόμοια με την δεσμευμένη κατάσταση. Ο αλγόριθμος υπέρθεση σε FlexS απαιτεί μόνο λίγο χειροκίνητη παρέμβαση. Μπορείτε να ενσωματώσει αυτή τη γνώση σε υπολογισμούς με FlexS διενεργώντας μόνο βήματα με το χέρι. Έτσι, FlexS έχει σχεδιαστεί για διαδραστική εργασία επί ζεύγη συνδέτη καθώς και συνδετήρα που βασίζεται εικονική διαλογής. Οι δύο κυριότερες εφαρμογές του FlexS είναι συνδέτη σούπερ θέσης (π.χ.. Για CoMFA / QSAR) και εικονικής. Εάν έχετε μία πρωτεΐνη και ένα μικρό σύνδεση προς το μόριο (τα λεγόμενα αναφοράς συνδέτη) αλλά όχι δομή της πρωτεΐνης, μπορείτε να πάρετε τη δομή αναφοράς ως αρνητικός δακτυλικό αποτύπωμα της δραστικής θέσης. FlexS καθορίζει την ομοιότητα μεταξύ της δοκιμασίας και η δομή αναφοράς, ευθυγραμμίζοντας τους. Στην εικονική προβολή, έχετε μια αναφορά-συνδετήρα και ένα σύνολο ενώσεων και σας ενδιαφέρει η ιεράρχηση των ενώσεων για την πειραματική δοκιμή.
Τα σχόλια δεν βρέθηκε