Gabedit

Gabedit είναι μια γραφική διεπαφή χρήστη για Gaussian, Molcas, Molpro και MPQC πακέτα υπολογιστική χημεία.
 
 Gabedit περιλαμβάνει γραφικές εγκαταστάσεις για την παραγωγή λέξεις-κλειδιά και τις επιλογές, τις προδιαγραφές μορίου και τα τμήματα εισόδου λλες ακόμα και για τις πιο προηγμένες μορφές υπολογισμού Gabedit περιλαμβάνει ένα προηγμένο μόριο Builder.
 
 Μπορείτε να το χρησιμοποιήσετε για να σκίτσο γρήγορα σε μόρια και να τα εξετάσουμε σε τρεις διαστάσεις. Μπορείτε να χτίσετε μόρια από άτομο, δαχτυλίδι, ομάδα, αμινοξέων και νουκλεοσιδικά. Μπορείτε επίσης να διαβάσετε γεωμετρία από ένα αρχείο. Οι περισσότερες μεγάλες μορφές μοριακού αρχείων που υποστηρίζονται.
 
 Gabedit περιλαμβάνει ένα παράθυρο εγκατάστασης Υπολογισμός Gaussian, Molcas, Molpro και MPQC που σας επιτρέπει να ρυθμίσετε Gaussian, Molcas, Molpro και MPQC θέσεις εργασίας σε ένα απλό και ξεκάθαρο τρόπο.
 
 Gabedit περιλαμβάνει ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου για επεξεργασία Molcas, Molpro, Gaussian και MPQC αρχεία εισόδου.
 
 Gabedit μπορεί να εμφανίσει γραφικά μια ποικιλία Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC και (εν μέρει) τα αποτελέσματα των υπολογισμών του ADF, συμπεριλαμβανομένων των εξής:
 
 ย ท μοριακών τροχιακών.
 ย ท επιφανειών από την πυκνότητα των ηλεκτρονίων, ηλεκτροστατικό δυναμικό, NMR πυκνότητας θωράκιση, και άλλες ιδιότητες.
 ย ท επιφάνειες μπορεί να εμφανιστεί σε στερεά, διαφανή και σύρμα λειτουργίες των ματιών.
 ย ท επιφάνειες μπορούν να χρωματιστούν με χωριστή ιδιοκτησία.
 ย ท Περιγράμματα (με το χρώμα).
 ย ท Αεροπλάνα (με το χρώμα).
 ย ท Δίπολο
 ย ท άξονες ΧΥΖ και οι κύριοι άξονες του μορίου.
 ย ท Animation από τους συνήθεις τρόπους που αντιστοιχούν στις συχνότητες δόνησης.
 ย ท Animation της περιστροφής της γεωμετρίας, επιφάνεια, δίπολο, XYZ και τους κύριους άξονες του μορίου.
 ย ท Animation των περιγραμμάτων.
 ย ท Animation του με το χρώμα αεροπλάνα.
 
 Gabedit μπορεί να εμφανίσει IR και Raman φάσματα υπολογίζονται. Gabedit μπορεί να δημιουργήσει ένα povray αρχείο γεωμετρίας (άτομα + ομόλογα, συμπεριλαμβανομένων των ομολόγων του υδρογόνου), οι επιφάνειες (συμπεριλαμβανομένων των επιφανειών με το χρώμα), περιγράμματα, με το χρώμα αεροπλάνα.
 
 Gabedit μπορεί να σώσει την εικόνα σε ppm, BMP, (JPEG) και τη μορφή PS. Gabedit μπορεί να δημιουργήσει αυτόματα μια σειρά από εικόνες για animation (κραδασμοί, η σύγκλιση γεωμετρία, περιστροφή, περιγράμματα, με το χρώμα αεροπλάνα)

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:

• Μικρά σφάλματα έχουν καθοριστεί.
• NWChem υποστηρίζεται τώρα.
• Οι γηγενείς παιχνίδια των Windows υποστηρίζεται τώρα.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.3.5:.

• ήσσονος σημασίας σφάλματα έχουν καθοριστεί
• Τα άτομα μπορεί να καθοριστεί κατά τη διάρκεια μιας μοριακής προσομοίωσης δυναμική.
• Η μετανάστευση από το Κάιρο για να OpenGL για την κατάρτιση από το παράθυρο γεωμετρίας.
• Η μετανάστευση από gtkglarea να GtkGLExt.
• Παραλληλοποίηση χρησιμοποιώντας OpenMP.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.3.0:.

• ήσσονος σημασίας σφάλματα έχουν καθοριστεί
• Ο χρήστης μπορεί να διαβάσει τα τροχιακά, γεωμετρία και κανονικής λειτουργίας από fchk Gaussian αρχείο.
• Μπορεί κανείς να διαβάσει τα τροχιακά από τη νέα μορφή αρχείου ΜΟΡΑΟ AUX (συμπεριλαμβανομένων συμπιεσμένη μορφή).
• Αρκετές νέες επιλογές στο XYPlot και ContoursPlot παράθυρα (ένθετο κείμενο, γραμμή, βέλος, εικόνες, νέες θέματα ...).
• Τα μήκη των ομολόγων μπορεί να καθοριστεί κατά τη διάρκεια μιας προσομοίωσης MD.
• Μερική βελτιστοποίησης είναι τώρα δυνατό με τη δυνατότητα ΜΜ.
• Η εφαρμογή ενός εργαλείου για την πρόβλεψη των μαζών και αφθονίες των ισοτόπων για ένα συγκεκριμένο μόριο. Υλοποίηση ενός εργαλείου για τον υπολογισμό των ηλεκτροφιλική, πυρηνόφιλες και ριζοσπαστική ευαισθησίες για ένα μόριο.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.0:

• ήσσονος σημασίας σφάλματα έχουν καθοριστεί
• Όλες οι γεωμετρικές μεταβολές μπορεί να αναιρεθεί και να επαναληφθεί χρησιμοποιώντας την Αναίρεση και Επανάληψη (U / U ή Ctrl z / Ctrl y)
• Ο χρήστης έχει πλήρη έλεγχο επί των ομολόγων που εμφανίζονται σε ένα σχέδιο.
• Το σχέδιο του μορίου άτομο προς άτομο έχουν απλοποιηθεί.
• Το σχέδιο του μορίου θραύσματος με θραύσμα έχουν απλοποιηθεί.
• Gabedit διαβάσετε connectivities από gabedit, ιν, ΠΠ, mol2 και mol αρχεία.
• Ο χρήστης μπορεί να ρυθμίσει την τιμή της απόστασης, γωνίας ομολόγων και δίεδρο γωνία.
• Μοριακής Δυναμικής διαμορφωτική έρευνα υλοποιείται χρησιμοποιώντας ένα δυναμικό MM (Amber 99).
• Μοριακής Δυναμικής διαμορφωτική έρευνα υλοποιείται χρησιμοποιώντας ένα ημι-εμπειρική μέθοδο (από Open Mopac ή PCGamess).
• Η μετανάστευση από GDK λειτουργίες σχεδίασης στο Κάιρο:. Cross-συσκευή rendering των γραφικών διάνυσμα
• Κάιρο χρησιμοποιείται τώρα για το widget XYplot gabedit (που χρησιμοποιείται από gabedit για φάσματα ισοπαλία).
• Κάιρο χρησιμοποιείται τώρα για το παράθυρο σχεδίασης γεωμετρία.
• Γεωμετρία μπορούν να εξαχθούν σε eps, PS, PDF ή αρχείο SVG.
• Οι καμπύλες του παραθύρου XYplot μπορούν να εξαχθούν σε eps, PS, PDF ή αρχείο SVG.
• Νέο εργαλείο για την απόσταση υπολογίζουν μεταξύ δύο σημείων στο παράθυρο XYPlot. & Quot? Control + το πλήκτρο shift & quot? μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να κάνει ένα ζουμ στο παράθυρο XYPlot.
• Η νέα έκδοση του PCGamess (πυγολαμπίδα) υποστηρίζεται τώρα

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.1.13:

• Μικρά σφάλματα fixe
• Μοριακής Δυναμικής διαμορφωτική έρευνα υλοποιείται χρησιμοποιώντας ένα δυναμικό MM (Amber 99).
• Μοριακής Δυναμικής διαμορφωτική έρευνα υλοποιείται χρησιμοποιώντας ένα ημι-εμπειρικά δυναμικά (χρησιμοποιώντας ΜΟΡΑΟ ή PCGAMESS).
• Κάποιος μπορεί να βελτιστοποιήσει τη γεωμετρία διαδραστικά με ΜΟΡΑΟ ή PCGamess ημι-εμπειρική μέθοδο, από το παράθυρο Ισοπαλία Γεωμετρία
• Η μετανάστευση από GDK λειτουργίες σχεδίασης στο Κάιρο: Cross-συσκευή rendering των γραφικών φορέα. Κάιρο χρησιμοποιείται τώρα για το widget XYplot gabedit (που χρησιμοποιείται από gabedit για φάσματα ισοπαλία). Κάιρο τώρα χρησιμοποιείται για το παράθυρο σχεδίασης γεωμετρία.
• Γεωμετρία μπορούν να εξαχθούν σε eps, PS, PDF ή αρχείο SVG. Οι καμπύλες του παραθύρου XYplot μπορούν να εξαχθούν σε eps, PS, PDF ή αρχείο SVG.
• Νέο εργαλείο για την απόσταση υπολογίζουν μεταξύ δύο σημείων στο παράθυρο XYPlot. & Quot? Control + αριστερό κουμπί & quot? μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να κάνει ένα ζουμ στο παράθυρο XYPlot.
• Η νέα έκδοση του PC GAMESS / Firefly υποστηρίζεται τώρα

Απαιτήσεις :

• GTK +