Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Alignment Search Tool είναι σε σύντομη ριπή είναι μια σειρά από προγράμματα αναζήτησης ομοιότητας σχεδιαστεί για να διερευνήσει όλες τις διαθέσιμες βάσεις δεδομένων ακολουθίας, ανεξάρτητα από το αν το ερώτημα είναι πρωτεΐνη ή DNA.
Χρησιμοποιεί ένα ευρετικό αλγόριθμο ο οποίος επιδιώκει την τοπική, σε αντίθεση με την παγκόσμια ευθυγραμμίσεις, και είναι συνεπώς σε θέση να ανιχνεύσει τις σχέσεις μεταξύ των αλληλουχιών που μοιράζονται μόνο απομονωμένες περιοχές της ομοιότητας.
Μπορεί να τρέξει σε τοπικό επίπεδο ως πλήρες εκτελέσιμο, και μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να εκτελέσετε αναζητήσεις BLAST κατά ιδιωτικών, τοπικών βάσεων δεδομένων, ή κόπιες των βάσεων δεδομένων NCBI. Τρέχει σε Mac OS, Win32, Linux, Solaris, AIX της IBM, SGI, Compaq OSF, και HP-UX συστήματα

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Βελτιώσεις:
• Βελτιωμένη τεκμηρίωση, περιλαμβάνει απλοποιημένες οδηγίες εγκατάστασης, που διατίθεται σε http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Προστέθηκε υποστήριξη για το σκληρό-συγκάλυψης των βάσεων δεδομένων BLAST.
• Βελτίωση της απόδοσης της makeblastdb για είσοδο FASTA με μεγάλο αριθμό των σειρών, να βελτιώσει τον έλεγχο σφαλμάτων.
• Να επιτρέπεται καλύτερες επιλογές Hit και XML μορφοποίηση για τη λειτουργία Blast2Sequences
• Επιτρέψτε πολλαπλές ακολουθίες ερώτημα για psiblast.
• Αφήστε τις προδιαγραφές του κάθε αλληλουχία πολλαπλών ευθυγράμμιση ακολουθία ως master με το επιχείρημα -in_msa psiblast.
• Προσθέστε ένα προαιρετικό επιχείρημα -input_type να makeblastdb.
• Προστέθηκε υποστήριξη για το ερώτημα και το μήκος που υπόκεινται σε έξοδο πίνακα.
• Απόδοση του -seqidlist επιχείρημα βελτιωθεί.
• Το ελάχιστο του αριθμού των περιγραφών και ευθυγραμμίσεις χρησιμοποιείται τώρα για πίνακα και εξόδου XML (συνάδει με τη συμπεριφορά των ηλικιωμένων blastall εφαρμογές).
• Διορθώσεις σφαλμάτων:
• Makeblastdb και blastdbcmd προβλήματα με την ανάλυση, την αποθήκευση και την ανάκτηση των αναγνωριστικών ακολουθία.
• λείπουν αναγνωριστικά θέμα της παραγωγής πίνακα.
• Blast_formatter αγνοώντας -num_alignments και -num_descriptions
• Blast μορφή αρχείο μπορεί να αποθηκευτεί σωστά με πολλαπλά ερωτήματα.
• Blast_formatter δημιουργήσει ένα αχρείαστα σύνδεση δικτύου.
• Blast_formatter δεν έσωσε συγκάλυψης πληροφορίες σωστά.
• Rpstblastn θα μπορούσε να συντριβή εάν η αναζήτηση για διάφορες ακολουθίες.
• ευρετήριο megablast δεν θα εκτελεστεί σε κατάσταση λειτουργίας multi-threaded.
• Ερώτημα τίτλο στο PSSM σώθηκε από psiblast δεν ήταν αποθηκευμένα.
• Πιθανή αποτυχία να εκτελεστεί σε κατάσταση λειτουργίας multi-threaded με πολλαπλά ερωτήματα ή μεγάλες ακολουθίες της βάσης δεδομένων.
• tblastn τρέχει με συγκάλυψης της βάσης δεδομένων μπορεί να χάσετε αγώνες.
• περικομμένο εξόδου για είσοδο ακολουθία με επιπλέον χώρους στην defline
• Πρόβλημα με το MacOSX εκτελέσιμων σε MacOSX 10.5

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.24:

• Εισάγει BLAST Αρχείο μορφοποίησης ώστε να επιτρέπεται αναδιαμόρφωση του stand- μόνος BLAST έρευνες με την blast_formatter.
• Προσθέτει υποστήριξη για μεταφραστεί θέμα μαλακό συγκάλυψης στις βάσεις δεδομένων BLAST.
• Προσθέτει υποστήριξη για τις εργασίες (btop) μορφή εξόδου BLAST Trace-πίσω.
• Προσθέτει επιλογές γραμμής εντολών για να blastdbcmd για εισαγωγή διαθέσιμες βάσεις δεδομένων BLAST.
• Βελτιωμένη απόδοση της μορφοποίησης των απομακρυσμένων BLAST αναζητήσεις. Χρησιμοποιεί μια συνεπή κωδικό εξόδου για τις συνθήκες της μνήμης.
• Μια ενημέρωση κώδικα για ένα σφάλμα στο ευρετήριο megablast με πολλαπλές διαχωρισμένες με βάσεις δεδομένων BLAST.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.19:

• Η μεταβλητή περιβάλλοντος BLASTDB τώρα υποστηρίζει πολλαπλά μονοπάτια έρευνας σε βάση δεδομένων . Όταν είναι δυνατόν, ένα μικρότερο τραπέζι αναζήτησης πρωτεΐνη χρησιμοποιείται για να βελτιώσει την απόδοση.
• formatrpsdb τώρα υποστηρίζει τη δημιουργία βάσεων δεδομένων μεγαλύτερο από 2G.
• seedtop τώρα υποστηρίζει αναζητήσεις με λίστες gi.
• Η τιμή X3 για blastn / megablast διορθώθηκε.