Κυττάρου Ηλεκτροφυσιολογίας Περιβάλλον Προσομοίωσης (ΕΟΚΕ) είναι ένα ολοκληρωμένο πλαίσιο ειδικά σχεδιασμένο για να εκτελεί υπολογιστικές προσομοιώσεις ηλεκτροφυσιολογική, για παράδειγμα, προσομοιώσεις των καρδιομυοκυττάρων ηλεκτρική δραστηριότητα.
Κύτταρο Ηλεκτροφυσιολογία Προσομοίωσης Περιβάλλοντος είναι χρήσιμη για προσομοιώσεις των δυναμικών δράσης, ατομική ιοντικά ρεύματα, και οι αλλαγές σε ιοντική συγκεντρώσεις.
CESE είναι ένα cross-platform πρόγραμμα, που τρέχει σε οποιοδήποτε σύστημα που έχει Java runtime περιβάλλον (JRE) έκδοση 1.4 ή νεότερη έκδοση. Δοκιμάστηκε σε Windows, Linux, Solaris, MacOS X, και AIX.
CESE χρήστες
CESE είναι ένα ολοκληρωμένο περιβάλλον για την εκτέλεση υπολογιστικών προσομοιώσεις χρησιμοποιώντας μια ποικιλία από ηλεκτροφυσιολογική μοντέλα.
Σε αυτό το στάδιο της ΕΟΚΕ επιτρέπει τη δημιουργία και την εκτέλεση των μοντέλων απλών κυττάρων (που περιέχει τόσο Hodgkin-Huxley (HH) και Μαρκοβιανό την τρέχουσα κατάσταση). Τα μοντέλα της ηλεκτρικής δραστηριότητας των καρδιακών μυοκυττάρων με τον πηγαίο κώδικα που περιλαμβάνονται στη διανομή CESE. Ελπίζουμε να επεκτείνει τον αριθμό των διαθέσιμων μοντέλων, καθώς και την προσθήκη ορισμένων νευρωνικών μοντέλων για το μέλλον.
Η κύρια δύναμη της CESE είναι στην ομοιομορφία & # 65533 της? μία διεπαφή προγράμματος παραμένει η ίδια για τους διαφορετικούς τύπους μοντέλων. Μπορείτε εύκολα να πραγματοποιήσετε εναλλαγή μεταξύ των μοντέλων και να συγκρίνουν τα αποτελέσματα της προσομοίωσης. Παραμέτρων του μοντέλου μπορούν να τροποποιηθούν, επιλέγονται για την παραγωγή ή / και συσφίγγονται με τον ίδιο, πρότυπο τρόπο.
CESE επεκτείνει τη συμβατική ηλεκτροφυσιολογική έννοια της «καθήλωσης τάσης". Μπορείτε να συσφίγγουν σχεδόν οποιαδήποτε μεταβλητή μοντέλο, συμπεριλαμβανομένων τάση (δυναμικό της μεμβράνης), το συνολικό ή μεμονωμένα ιοντικά ρεύματα, ιοντική συγκεντρώσεις, θερμοκρασία, μεταβλητές gating κ.α. Οι εντολές σύσφιξης μπορεί να είναι πολύπλοκη κομμάτι σοφό λειτουργίες μεμονωμένα οριστεί για την μεταβλητή μοντέλο ενδιαφέροντος . Αυτό ανοίγει ατελείωτες δυνατότητες για την εξερεύνηση των πολύπλοκων συμπεριφορά του μοντέλου.
CESE παρέχει απλή, αλλά αποτελεσματική απεικονίσεις δεδομένων. Τα αποτελέσματα της προσομοίωσης μπορεί να παρουσιαστεί στα γραφικά και πίνακα μορφές. Οικόπεδα μπορεί να προσαρμοστεί, και περιοχές ενδιαφέροντος μεγεθύνεται.
Ακόμα κι αν CESE δεν σχεδιάστηκε για να είναι ένα εργαλείο ανάλυσης δεδομένων, μπορείτε να δημιουργήσετε σχέσεις ρεύματος-τάσης (I-Vs) και υπολογισμού των στατιστικών παραμέτρων για ένα συγκεκριμένο σήμα στο πλαίσιο του προγράμματος. Μπορείτε να εξάγετε τα δεδομένα σας σε ASCII, Axon κειμένου (ATF), και NetCDF μορφές για να συνεχίσει την ανάλυση στο αγαπημένο σας πακέτο.
CESE προγραμματιστές
CESE δημιουργήθηκε από το μηδέν για να ενσωματώσει τις βέλτιστες πρακτικές προγραμματισμού που ήταν διαθέσιμα για προγραμματιστές Java, τόσο από την άποψη της συνέπειας διεπαφή χρήστη και τον κωδικό σαφήνεια και την επαναχρησιμοποίηση. Όπου είναι δυνατόν, CESE βασίζονται στα διαθέσιμα APIs Java (για παράδειγμα Java2D, JavaBeans, JAXP) για την απλοποίηση του κώδικα.
Δημιουργία μοντέλο απαιτεί μια σειρά από λειτουργίες οικοκυρική να κωδικοποιηθεί & # 65533? αυτά περιλαμβάνουν ολοκληρωτές ODE, ρουτίνες για τον χειρισμό των παραμέτρων του μοντέλου, αποθήκευση / αποκατάσταση μοντέλο κράτους, οπτικοποίηση αποτελέσματα της προσομοίωσης, κλπ CESE σας παρέχει εφαρμογής των εν λόγω ρουτίνες, ως εκ τούτου, μπορείτε να επικεντρωθεί στην σύνταξη του κώδικα για συγκεκριμένες ρεύμα ιόντων (-ες), και CESE θα χειριστεί τα υπόλοιπα.
CESE δεν προσπαθεί να δημιουργήσει περίπλοκα πλαίσια του προγραμματισμού για τη δική & # 65533 της? Αντίθετα, χρησιμοποιεί πυρήνα APIs της Java. Για παράδειγμα, τα μοντέλα είναι Java συστατικά σύμφωνα με τις προδιαγραφές JavaBeans. Χρησιμοποιούμε XML για να καθορίσετε τις εντολές σύσφιξης, και Java αντικείμενο serialization να αποθηκεύσετε / επαναφέρετε τις παραμέτρους του μοντέλου.
Τι νέο υπάρχει σε αυτήν την έκδοση:
Τα σχόλια δεν βρέθηκε