DendroPy

Παρέχει μαθήματα και λειτουργίες για την εργασία με τη φυλογενετική δεδομένων, όπως τα δέντρα και πίνακες χαρακτήρων.
Υποστηρίζει, επίσης, ανάγνωση και τη γραφή των δεδομένων σε μια γκάμα στάνταρ φυλογενετική μορφές δεδομένων, όπως NEXUS, NeXML, Phylip, Newick, FASTA, κλπ ..
Επιπλέον, σενάρια για την εκτέλεση μερικά χρήσιμα φυλογενετικές υπολογισμούς διανέμονται ως μέρος της βιβλιοθήκης, όπως SumTrees, το οποίο συνοψίζει την υποστήριξη για σκισίματα ή κλάδους δίνεται από μια οπίσθια δείγμα φυλογενετικών δένδρων.
Υπάρχουν επεκταθεί τεκμηρίωση και φροντιστήριο αρχεία στο πακέτο λήψης

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Νέες υποδομές για τα μεταδεδομένα σημειώσεις:. AnnotationSet και σχολιασμού
• Πλήρης υποστήριξη NeXML 0,9 ανάλυσης μεταδεδομένων και τη γραφή.
• get_from_url () και read_from_url () μέθοδοι επιτρέπουν τώρα για την ανάγνωση των δεδομένων φυλογενετική από τις διευθύνσεις URL.
• ενότητα διαλειτουργικότητα Προστέθηκε GBIF (& quot? dendropy.interop.gbif & quot?)
.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.12.2:

• Νέες υποδομές για σχολιασμούς μεταδεδομένων: AnnotationSet και σχολιασμού.
• Πλήρης υποστήριξη NeXML 0,9 ανάλυσης μεταδεδομένων και τη γραφή.
• get_from_url () και read_from_url () μέθοδοι επιτρέπουν τώρα για την ανάγνωση των δεδομένων φυλογενετική από τις διευθύνσεις URL.
• ενότητα διαλειτουργικότητα Προστέθηκε GBIF (& quot? dendropy.interop.gbif & quot?)
.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.11.0:

• Νέο σενάριο εφαρμογή για συνένωση των ετικετών κλάδου από όλη την πολλαπλές δέντρα εισόδου:. sumlabels.py
• Νέα κατηγορία διαλειτουργικότητα dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. περιτύλιγμα για Seq-Gen ενσωματωθεί στη βιβλιοθήκη
• Νέα dendropy.interop.muscle.muscle_align λειτουργία διαλειτουργικότητας ():. περιτύλιγμα για ευθυγράμμιση ΜΥΣ
• Νέα κατηγορία διαλειτουργικότητα dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. περιτύλιγμα για RAxML
• μέθοδος prune_taxa () προστίθεται σε CharacterMatrix.
• ενότητες Μαθηματικά μετακόμισε στο δικό τους υποπακέτο:. dendropy.mathlib
• Νέα μονάδα για τη μήτρα και φορέα υπολογισμούς:. dendropy.mathlib.linearalg
• Νέα μονάδα για τον υπολογισμό των στατιστικών απόσταση:. dendropy.mathlib.distance
• Οικογένεια Mahalanobis λειτουργίες υπολογισμού απόσταση σε dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.9.0:

• Νέα Χαρακτηριστικά:
• Η φυλογενετική ανεξάρτητη αντιθέσεις (PIC) ανάλυση μπορούν πλέον να πραγματοποιούνται με την κατηγορία dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Απλοποιημένη περιέχονται συνένωσης (δέντρο γονιδίου σε είδη δέντρων) προσομοίωση.
• Αλλαγές:
• λέξης επιχειρήματα για να as_string (), write_to_path (), write_to_file, κλπ μέθοδοι έχουν πειραγμένο να γίνει πιο συνεπής για NEXUS και Newick μορφές. Προηγούμενο λέξεις-κλειδιά υποστηρίζονται ακόμα, αλλά θα πρέπει να καταργηθεί. Η νέα σειρά των επιχειρημάτων που υποστηρίζονται λέξη-κλειδί μπορεί να δει κανείς στο: Ref: NEXUS και Newick εγγράφως παραμετροποίηση & # X3C? Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e? ενότητα.
• NEXUS και Newick Μορφές τώρα προεπιλογή διάκριση πεζών-κεφαλαίων ετικέτες ταξινομική βαθμίδα? προσδιορίζει case_insensitive_taxon_labels = False για την υπόθεση-ευαισθησία.
• Διορθώσεις σφαλμάτων:
• Ανάγνωση διαφυλλωμένο χαρακτήρα πίνακες δεν είναι πλέον αποτέλεσμα στο επόμενο μπλοκ να παραλείπονται (NEXUS).
• Πιασμένος OverflowError κατά τον υπολογισμό συνοπτικά στατιστικά στοιχεία.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.8.0:

• Δέντρο αντικείμενα μπορεί τώρα να rerooted στο μέσο (βλέπε Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Οι σχολιασμοί (δηλαδή, τα χαρακτηριστικά του δέντρου, κόμβου ή της ακμής αντικείμενα που είχαν & quot? σχολιάζω () & quot? κάλεσε τους) μπορεί τώρα να γραφεί ως μεταδεδομένα σχόλια (& quot? [& πεδίου = τιμή] & quot?) όταν γράφετε NEXUS / μορφή Newick, εάν χρησιμοποιείται η λέξη-κλειδί annotations_as_comments επιχείρημα.
• Όταν διαβάζετε στο NEXUS / δέντρα μορφή Newick, διευκρινίζοντας extract_comment_metadata = True θα οδηγήσει σε μεταδεδομένα σχόλια που τράβηξε στο λεξικό, με τα πλήκτρα να είναι fieldnames και οι τιμές είναι οι τιμές των πεδίων.
• Κατά την ανάγνωση των δεδομένων μορφή NEXUS, ΣΕΤ μπλοκ θα υποβληθούν σε επεξεργασία, καθώς και τα σύνολα χαρακτήρων αναλύεται στο σχετικό CharacterDataMatrix.
• Τα σύνολα χαρακτήρων (όπως, για παράδειγμα, θα αναλυθεί από NEXUS ΣΕΤ μπλοκ: βλέπε παραπάνω) μπορεί να εξαχθεί ως νέα αντικείμενα CharacterDataMatrix, και να σωθούμε / χειραγωγείται / κλπ. independentally.
• Όταν γράφοντας στο NEXUS ή Newick μορφές, η write_item_comments επιχείρημα λέξη-κλειδί (Σωστό ή Λάθος) μπορεί να ελέγχει αν παραταθεί σχόλια που σχετίζονται με κόμβους στα δέντρα θα γραφτεί ή όχι.
• κατηγορίας TopologyCounter προστέθηκε στον dendropy.treesum:. επιτρέπει την παρακολούθηση των συχνοτήτων τοπολογία
• treesplits.tree_from_splits () επιτρέπει Κατασκευαστική του (τοπολογία μόνο) δέντρα από μια σειρά διασπάσεων.
• Οι περισσότερες λειτουργίες που χρησιμοποιούνται να είναι «dendropy.treemanip» έχει τώρα μετανάστευσαν ως μητρική μέθοδοι της κλάσης dendropy.Tree. «Dendropy.treemanip» θα καταργηθεί.
• Τα δέντρα μπορούν τώρα να κλαδεύονται βασίζεται σε μια λίστα των ετικετών taxa να αφαιρέσουν ή να κρατήσετε (προηγουμένως, οι μέθοδοι θα δέχονται μόνο καταλόγους Τβχοη αντικείμενα).

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.7.1:

• Νέα Χαρακτηριστικά:
• Η εφαρμογή της «γενική προσέγγιση δειγματοληψίας» (Hartman et al 2010:... Δειγματοληψία δέντρα από εξελικτικά μοντέλα? Syst Βίοι 49, 465-476). μέθοδο της προσομοίωσης δέντρων από το μοντέλο γέννηση-θάνατος
• Αλλαγές:
• Διορθώστε / συνεπής ονόματα για ορισμένες λειτουργίες πιθανότητα.
• Διορθώσεις σφαλμάτων:
• Bug επιβεβαιώνοντας την αντικατάσταση του αρχείου εξόδου όταν χρησιμοποιούν SumTrees '-e' / '- Διαίρεση άκρα ». επιλογή
• Αρχαία και σταξτύ ημι-απολιθωμένα αναφορά σε «taxa_block« διορθωθεί σε «taxon_set».

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.7.0:.

• μετανάστευσαν στην άδεια BSD-style

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.6.1:

• SumTrees τώρα λειτουργεί (σε σειριακή λειτουργία) σύμφωνα με παλαιότερες εκδόσεις Python (δηλαδή & # X3C? 2.6).
• Διορθώσεις για τη συμβατότητα με την Python 2.4.x.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.5.0:

• Προστέθηκε μέθοδο ladderize (), να διατάξει τους κόμβους αύξουσα (προεπιλογή) ή φθίνουσα (ladderize (δεξιά = True)) σειρά.
• Προστέθηκε & quot? θηρίο-περίληψη-δέντρο & quot? προδιαγραφή σχήμα για την επεξεργασία ΘΗΡΙΟ σχολιασμένο δέντρα συναίνεση.
• Προστέθηκε νέα ενότητα για την αλληλεπίδραση με βάσεις δεδομένων NCBI:. dendropy.interop.ncbi

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.4:..

• Πακέτο ez_setup.py ενημερωμένο με την τελευταία έκδοση

Απαιτήσεις :

• Python 2,4 - 3,0