InterMine

InterMine παρέχει ρουτίνες πρόσβαση σε datawarehouses τροφοδοτείται από την τεχνολογία InterMine.
InterMine είναι ένα ισχυρό σύστημα αποθήκης δεδομένων ανοικτού κώδικα. Χρησιμοποιώντας InterMine, μπορείτε να δημιουργήσετε βάσεις βιολογικών δεδομένων προσβάσιμες από εξελιγμένα εργαλεία ερώτημα στο Web. Οι αναλυτές που προβλέπονται για την ενσωμάτωση δεδομένων από διάφορες κοινή βιολογική μορφές και υπάρχει ένα πλαίσιο για την προσθήκη των δικών σας δεδομένων. InterMine περιλαμβάνει μια ελκυστική, φιλική προς το χρήστη web interface του που λειτουργεί «έξω από το κουτί» και μπορεί εύκολα να προσαρμοστεί για τις συγκεκριμένες ανάγκες σας.
Όλος ο κώδικας InterMine είναι ελεύθερα διαθέσιμο υπό την άδεια LGPL

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Σύνδεση για να InterMine:
• Υπάρχουν πολλούς νέους τρόπους να συνδεθούν σε ορυχείο σας. Δείτε Σύνδεσμοι για λεπτομέρειες.
• υπηρεσία Web μορφές JSON:
• Υπάρχουν αρκετά νέα αποτελέσματα webservice μορφές. Ενώνουμε jsonobjects που εμφανίστηκε στο 0,95, τώρα έχουμε JSON μορφές για λίγο πολύ όλα τα άλλα:
• Αποτελέσματα:
• jsonrows - αναπαράσταση πίνακα των στοιχείων με επιπλέον μετα-δεδομένων
• & quot? Jsontable & quot? . - Δοχείο μορφή για την οικοδόμηση ενσωματωμένα πρότυπα (βλέπε: εμβάπτισης φροντιστήριο)
• & quot? Καταμέτρηση & quot? και & quot? jsoncount & quot? - Μορφές μόνο για την παραλαβή του αριθμού του ενός ερωτήματος
• για διαδικτυακές υπηρεσίες μετα-δεδομένα (Μοντέλο και Πρότυπα):
• & quot? JSON & quot? - Εύκολα parsable εκδόσεις του μοντέλου δεδομένων και των διαθέσιμων λίστα προτύπων
• Πιστοποίηση τώρα εργάζεται σε Perl Webservice Πελάτης:
• Οι χρήστες του πελάτη Perl διαδικτυακές υπηρεσίες έχουν πλέον προγραμματική πρόσβαση στους καταλόγους και τα ιδιωτικά πρότυπα. Απλά συμπληρώστε τα στοιχεία σύνδεσής σας στον πελάτη για να αποκτήσετε πρόσβαση στο λογαριασμό σας (τα στοιχεία σας μεταδίδονται σε κρυπτογραφημένη μορφή). Αυτό το χαρακτηριστικό θα συνεργαστεί με όλα τα ορυχεία με webservices, όχι μόνο εκείνων που στις 0.96 και άνω.
• Αντικείμενο Αποτελέσματα με διαδικτυακές υπηρεσίες Πελάτες:
• Οι πελάτες Perl και Java είναι σε θέση να πάρει τα αποτελέσματα πίσω ως αντικείμενα (JSON αντικείμενα, ή στην Perl, φουσκωμένα μέχρι την πλήρη αντικείμενα αποτέλεσμα). Αυτό απλοποιεί κάποια σύνθετα θέματα επεξεργασίας δεδομένων, και ασχολείται με εξωτερικές συνδέσεις και συλλογές.
• Ενσωματωμένα Πίνακες:
• Μπορείτε τώρα να ενσωματώσετε εγγενώς πίνακες δεδομένων από οποιοδήποτε μεταλλείο με την υποστήριξη webservice στις ιστοσελίδες σας με JavaScript και CSS. Δείτε το φροντιστήριο εμπέδωση για μια επίδειξη και μια εισαγωγή στην τεχνική αυτή. Να είστε βέβαιος να παίξει γύρω με τη νέα βιβλιοθήκη JavaScript διαθέσιμα στο http://www.intermine.org/lib/imbedding.
• Μητρώο:
• Έχουμε ξεκινήσει μια κεντρική υπηρεσία καταχώρισης για InterMine εφαρμογές. Αυτό δεν θα χρησιμεύσουν μόνο ως & quot? Κίτρινο-σελίδες & quot ;, που επιτρέπει στους επισκέπτες να ανακαλύψουν νέες πηγές δεδομένων, καθώς και τη διευκόλυνση της διαλειτουργικότητας μεταξύ των ίδιων των μεταλλείων, αλλά υποστηρίζει επίσης τις υπηρεσίες Ιστού με την παροχή ενός μητρώου των διευθύνσεων URL webservice και εκδόσεις. Επισκεφθείτε το μητρώο με http://www.intermine.org/registry, και για βοήθεια στην καταγραφή δική σας ορυχείο, επισκεφθείτε RegisteringYourMine.
• Σύνδεσμος ανακατευθύνσεις:
• Μπορείτε να προσθέσετε ένα ακίνητο να έχουν συνδέσεις σε σελίδες αποτελεσμάτων ανακατεύθυνση σε οποιαδήποτε διεύθυνση URL. Δείτε LinkRedirects για περισσότερες πληροφορίες.

Περιεκτικότητα
• Αρχική Σελίδα:
• Η αρχική σελίδα για InterMine μπορεί τώρα να ρυθμιστεί να εμφανίζει διαφορετικές πληροφορίες με βάση το αν ή όχι ο χρήστης είναι νέα. Δείτε HomepageConfig για οδηγίες σχετικά με το πώς να ρυθμίσετε αυτή τη συμπεριφορά.
• Νέα ετικέτα:
• Προσθέσαμε μια νέα ετικέτα: IM: admin. Αν κάνεις tag ένα πρότυπο με IM: admin, δεν θα εμφανιστεί στην εφαρμογή ιστού σας. Αυτό είναι χρήσιμο για την απόκρυψη πρότυπα που απαιτούνται από webservices InterMine από τους χρήστες σας. Δείτε Επισήμανση για μια λίστα με όλες τις διαθέσιμες ετικέτες.
• Λίστα μεταφόρτωσης:
• Η διαδικασία αποστολής κατάλογος έχει βελτιωθεί.
• Άλλες αλλαγές:
• ΕΝΗΜΕΡΩΣΗ - πιο αυστηρή διόρθωση πολλαπλού ελέγχου υποθέσεων για εμπλουτισμό widgets. & Quot? Αριθμός εξετάσεων & quot? είναι τώρα ο αριθμός των όρων που συνδέονται με τη λίστα αναφοράς.
• Ενημέρωση - πιο χρήσιμες επιλογές φίλτρου για εμπλουτισμό widgets
• ΝΕΑ - Holm-Βοηίειτοηϊ επιλογή προστίθεται στον εμπλουτισμό widgets
• Ενημέρωση - Νέα & quot? Διαγράψετε & quot? κουμπί στη σελίδα λίστες
• Ενημέρωση - αλληλεπιδράσεις displayer φορτώνονται μέσω AJAX, αναφέρει η σελίδα φορτώνει γρηγορότερα
• ΦΙΞ - & quot? Σκορ & quot? εικόνες εμφανίζονται σωστά στα αποτελέσματα αναζήτησης
• Ενημέρωση - QueryBuilder πιο διαδραστική, επιλέγοντας ένα στοιχείο από τη λίστα, θα σας μεταφέρει πίσω στην αρχική θέση, ύστερα από ανανέωση της σελίδας / reload
• Ενημέρωση - σύνδεσμος προστίθεται στην περίληψη στήλη στα αποτελέσματα των επερωτήσεων, αποφάσεων είναι πιο εύκολο να δείτε διακριτές τιμές
• ΦΙΞ - Είσοδος bug σχετικά με τις μικτές ονόματα χρηστών περίπτωση
• ΦΙΞ - widget σφάλμα κατά την προβολή μετά την εξαγωγή δεδομένων widget
• ΝΕΑ - Τα ερωτήματα πρότυπο διέταξε με τη δημοτικότητά τους, εκτός και αν είστε συνδεδεμένοι, οπότε κατατάσσονται ανάλογα με την ημερομηνία κάθε ερώτημα ήταν το τελευταίο τρέξιμο
• ΦΙΞ - τα δεδομένα δεν επαναλαμβάνεται στο & quot? Διάφορα & quot? στις σελίδες έκθεση
• ΦΙΞ - πρότυπα εμφανίζονται σωστά στην έκθεση σελίδα, ακόμη και για υποτάξεις
• ΦΙΞ - πρότυπα σωστά απόδοση στις σελίδες πτυχή
• ΕΝΗΜΕΡΩΣΗ - ενημερωμένος μετατροπέας BioGRID να χειριστεί τις αλλαγές στο νεότερο αρχεία δεδομένων
• ΦΙΞ - Διάφορα & quot? Χρυσός & quot? θέμα CSS και βελτιωμένες φωτογραφίες και ενημερώθηκε
• ΦΙΞ - νήμα θέμα ασφάλειας απευθύνεται στο πρότυπο εντοπισμού
• Ενημέρωση - πίνακας widgets μπορούν ομάδα με ένα χαρακτηριστικό, καθώς και μια κατηγορία

Απαιτήσεις :

• Python