MacMolPlt

MacMolPlt είναι ένα εργαλείο οπτικοποίησης Χημείας που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την κατασκευή μορίων με ένα ολοκληρωμένο γραφικό οικοδόμος μοντέλο, δημιουργούν αρχεία εισόδου για την υπολογιστική χημεία πρόγραμμα GAMESS, και στη συνέχεια να απεικονίσει τα αποτελέσματα της υπολογιστικής χημείας τρέχει. Τα χαρακτηριστικά γνωρίσματα περιλαμβάνουν μια 3D οθόνη υψηλής ποιότητας, κινούμενα σχέδια των κανονικών τρόπων και ακολουθίες αντίδρασης και εξόδου σε μια ποικιλία μορφών, συμπεριλαμβανομένων υψηλής ποιότητας εικόνες και QuickTime και Flash ταινίες.

• Είσοδος με χρήση:
• μορφή αρχείου MolPlt γρονθοκόπησε έξω από GAMESS
• με επικόλληση σε καρτεσιανές συντεταγμένες από οποιαδήποτε GAMESS ή Gaussian αρχείο καταγραφής
• κάθε GAMESS εισόδου, συνδεθείτε ή αρχείο IRC
• Xmol αρχείο στυλ XYZ
• αρχεία μορφής Molden
• Protein Data Bank (ΠΣΠ ) αρχείο
• Χημική Markup Language (ΧΜΛ) αρχεία
• Δημιουργήστε γραφικά με ένα διαδραστικό πρόγραμμα επεξεργασίας μόριο
• Κατασκευάστηκε με το χέρι χρησιμοποιώντας καρτεσιανό ή Ζ-Matrix στυλ εσωτερικών συντεταγμένες
• 3D απεικόνιση της δομής και κανονική λειτουργία
• Κινούμενα Σχέδια των Κανονική κατάσταση.
• 3D περιστροφή σε πραγματικό χρόνο και μετάφραση υπό τον έλεγχο του ποντικιού
• Υπολογισμός της κάθε παραμέτρου Ζ-μήτρα
• Οπτικά μέτρο / αποστάσεις προβολής, γωνίες και δίεδρων.
• Αυτόματη δημιουργία γραμμικών ελαχίστων κίνησης (LLM) διαδρομές
• 2D και 3D υπολογισμό και την εμφάνιση του:
• μοριακών τροχιακών (ΑΟ, Μο, ή ΠΑΕ του)
• Σύνολο ηλεκτρονίων Πυκνότητα
• διαφορές πυκνότητας
• Μοριακή ηλεκτροστατικές πιθανότητες (MEPMaps)
• Βασική γεννήτρια αρχείο εισόδου για GAMESS
• OpenGL χρησιμοποιείται για υψηλής ποιότητας 3D rendering
• Υποστήριξη για μοριακή συμμετρία
• Δημιουργία εξαρτάται συμμετρία άτομα
• Καθορίστε συμμετρία μοναδικά άτομα
• Αυτόματη καθοριστεί ο κατάλογος των υποστηριζόμενων ομάδων σημείο για ένα σύνολο συντεταγμένων.
• Περιστροφή συντεταγμένες στην κατάλληλη αρχή προσανατολισμού
• φορείς Εμφάνιση συμμετρίας για πολλές ομάδες σημείων
• ποιότητα εξόδου Δημοσίευση (έγχρωμη ή ασπρόμαυρη) μέσω άμεση εκτύπωση ή αντιγραφή και επικόλληση σε άλλη εφαρμογή.
• Έξοδος σε μια ποικιλία μορφών, συμπεριλαμβανομένων των Windows bitmap, JPEG, PNG, CML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, ταινίες Flash και ταινίες QuickTime.

Τι είναι καινούργιο σε αυτήν την έκδοση:

Πολλές βελτιώσεις έχουν γίνει στον κώδικα της οθόνης. Οι επιλογές έχουν προστεθεί στο παράθυρο 3D των prefernces για την ομαλή σκίαση με και χωρίς σκιές.
Προστέθηκε στοιχειώδη υποστήριξη για αρχεία Mopac.
Προστέθηκε επιλογή για να αλλάξετε την προβολή της ab initio, ΜΜ, και άτομα ΠΠΕ.
Βελτιωμένη υποστήριξη για το μοντέλο πυρήνα του δυναμικού.
Προστέθηκε ένα γάντζο στο οικοδόμος εισόδου για το νέο πρόγραμμα GAMESSQ.
Βελτιώθηκε το ΠΣΠ αναλυτή αρχείο.