Marvin

Το έργο Marvin προσφέρει μια συλλογή από εργαλεία της Java για την κατάρτιση, την εμφάνιση και τη χαρακτηρίζουν χημικές δομές, υποδομές και τις αντιδράσεις.
Marvin μπορεί εύκολα να εγκατασταθεί στην επιφάνεια εργασίας σας και ενσωματωμένη σε ιστοσελίδες και εφαρμογές τρίτων μέσω της διεπαφής προγραμματισμού εφαρμογών του (API).
Η οικογένεια Marvin αποτελείται από τα ακόλουθα εργαλεία:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets ή φασόλια;
Marvin είναι διαθέσιμο σε δύο πακέτα ανάλογα με τη χρήση:
* Marvin Applets για την ανάπτυξη Ιστού
* Marvin Φασόλια για την επιφάνεια εργασίας του φαρμακεία και για την ανάπτυξη λογισμικού.
Marvin Applets είναι εργαλεία για την κατασκευή χημικών ιστοσελίδες, τα οποία είναι συμβατά με τα περισσότερα προγράμματα περιήγησης (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, κλπ) Προσφέρουν πρόσβαση από / προς το JavaScript και μπορούν να προσαρμοστούν από τις παραμέτρους μικροεφαρμογή.
Marvin φασόλια είναι εύκολα εφαρμογές με δυνατότητα εγκατάστασης για την επιφάνεια εργασίας και τα εργαλεία για την ενσωμάτωση των δυνατοτήτων Μάρβιν σε οποιαδήποτε εφαρμογή Java

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• MarvinSketch:
• αναζήτηση δημόσια βάση δεδομένων στην chemicalize.org.
• Δυνατότητα να αλλάξετε τη σειρά συνδετήρα σε MarvinSketch.
• ομίχλη-αποτελέσματος μπορεί να ελεγχθεί με διάφορους τρόπους:
• Υπάρχει ένα ρυθμιστικό στην καρτέλα Οθόνη του διαλόγου προτιμήσεων στην Σκίτσο / Προβολή GUI για να ρυθμίσετε τη δύναμη της ομίχλης αποτέλεσμα και ένα πλαίσιο ελέγχου για να απενεργοποιήσετε την αυτόματη ομίχλης αποτέλεσμα.

Οι
• Applet και φασόλια παραμέτρων που υπεισέρχονται: fogFactor, automaticFogEnabled. (Θέμα συζήτησης).
• Τοποθέτηση σε ένα σημείο προσάρτησης της ομάδας δεν καταργήσετε την ομαδοποίηση αυτόματα το Sgroup πια.
• Προσδιορισμός της περιεκτικότητας σε S-ομάδα:. Πολλαπλές και των γενικών S-ομάδες πρέπει να περιέχουν το σύνολο υπογράφο μεταξύ των ομολόγων που διασχίζουν τα στηρίγματα
• Ενημέρωση του περιεχομένου S-ομάδα εάν οι θέσεις του βραχίονα αλλάζει: είτε παρένθεση ή η κατασκευή κινείται
.
• S-ομάδα ενσωμάτωσης και επικάλυψη ελέγχονται στο μόριο ελέγχους συνέπειας.
• Smarts εισαγωγή υποστηρίζει αλειφατικούς άνθρακες με διπλό δεσμό (θέμα συζήτησης).
• SMILES εισαγωγή / εξαγωγή υποστηρίζει αλλενίων.
• Δημιουργία παραδοσιακή ονομασία για τα θραύσματα μέσα σε ένα μεγαλύτερο ένωση (π.χ. & quot? Υδροβρωμική δεξτρομεθορφάνη & quot?).
• Υποστήριξη για CAS μετατροπή αριθμού.
• Βελτιωμένη OCR διόρθωση σφάλματος σε DocumentExtractor (λείπουν κόμματα, παραγνωρίζεται τύπου παρένθεση, επιπλέον χώρους, ...).
• Έγγραφο Extractor για έγγραφα PDF δίνει τώρα τον αριθμό σελίδας των χτυπημάτων.
• Βελτιωμένη υποστήριξη για κοινά ονόματα στη δομή-να-το όνομα και το όνομα-προς-δομή. Η γενική υποστήριξη για το όνομα εισαγωγών αυξήθηκε κατά περίπου 5% για το κοινό και το 10% για τη συστηματική ονόματα. Ταχύτητα μετατροπής είναι αυξημένη κατά περίπου 20%.
• JChem και Marvin Φασόλια εγκαταστάτες για τα Windows εξάγει επίσης το σενάριο κελύφους για Cygwin.
• Διατηρήστε exocycyclic ομάδες στην Bemis-Murcko πλαισίων.
• αλογόνου μπορεί να έχει περισσότερες από μία συνδέσεις κατά τη διάρκεια της καταμέτρησης.

Οι
• Αρωματικά ομόλογα θεωρούνται κατά τον υπολογισμό του αριθμού των διπλών δεσμών για τον έλεγχο ιδιοκτησίας ομολογία.
• Lasso λειτουργία επιλογής μπορεί να ρυθμιστεί ώστε να είναι η προεπιλεγμένη στο MSketchPane (θέμα συζήτησης).
• Μια νέα λειτουργία, isChiral έχει προστεθεί στο TopologyAnalyzer.
• Νέα chmical Όροι λειτουργίες: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfixes:
• Όνομα κουτί δεν έχουν ενημερωθεί μετά τη δημιουργία της ομάδας επειδή η δημιουργία μιας ομάδας δεν αυξάνουν γράφημα αμετάβλητη μέτρηση της αλλαγής (θέμα συζήτησης).
• εφαρμογή MarvinSketch δεν κατάλαβαν & quot? - {Όνομα} & quot? παράμετρο γραμμής εντολών.
• Όταν η Δομή & gt? Βρείτε δόμηση σε απευθείας σύνδεση μενού έγινε επίκληση στο Linux, το προεπιλεγμένο πρόγραμμα περιήγησης δεν μπορούσε να ανιχνευθεί για να εμφανιστεί αποτέλεσμα (θέμα συζήτησης).
• Η φόρτωση του isotopes.data αρχείου από τη μνήμη cache java απέτυχε αν μη συμπιεσμένη έκδοση του αποθηκεύτηκε στη μνήμη cache (δηλαδή εάν η αποσυμπίεση έγινε αυτόματα από τον server, και όχι από τον Marvin). Φόρουμ θέμα, τεκμηρίωση.
• Γραφική αντικείμενα δεν εμφανίζονται στο παράθυρο αποτέλεσμα Γεωμετρία Plugin.
• Από το βέλος ηλεκτρονίων-ροής, το μπλε κουτί για την ανάδειξη χάθηκε (θέμα συζήτησης).
• Για ρίζας δεν είχε αναρτηθεί στο ικρίωμα αν έχουν διαγραφεί οι ορισμοί, ακόμη και αν η & quot? Πάντα & quot? επιλογή εμφάνισης ορίστηκε για & quot? ρίζας Παραγγελίες & quot? στο διάλογο προτιμήσεων.
• Δείκτης πολυκεντρική άτομο διαφθάρηκε μετά την εξαγωγή σε μορφή MDL Mol αν συνδέθηκε με ένα R-ομάδα.
• Arrow κολλήσει σε ορθογώνια υπέστη ζημιές κατά ΜΑΕ εισαγωγής / εξαγωγής (θέμα συζήτησης).
• Εισαγωγή 1-επιστολή πεπτίδιο απέτυχε σε ένα ενιαίο ιστιδίνη (θέμα συζήτησης).
• Σιωπηρή υδρογόνα έλειπαν με εισαγωγές από SKC.
• Μηδενική αξία της περιουσίας του MolAtom δεν εξάγονται / εισάγονται σε μορφή MRV.
• Με την εισαγωγή ορισμένων SMARTS, λάθος είδος ομολόγων προσδιορίστηκε αντί του ενιαίου ή αρωματικό δεσμό.
• Ορισμένα παρένθεση που εισάγονται από τα αρχεία CDX συντάχθηκε στην ChemDraw εκτέθηκαν σε λάθος κατεύθυνση.
• Smarts εξαγωγή:. 1-άτομο απλό δεσμό γείτονας ενός αρωματικού δακτυλίου εξήχθη ως απλό δεσμό αντί του ενιαίου / αρωματικών
• Εξαγωγή ερωτήματα με τη σύνδεση του κόμβου και R-ομάδες σε μορφή SMARTS ήταν λανθασμένες.
• Ο χειρισμός άτομο Η δεν ήταν σαφής σε SMARTS εκφράσεις.
• Mol εισαγωγή πεδίο σχόλιο αρχείου απέτυχε.
• Η εισαγωγή ορισμένων SMILES ήταν λάθος (θέμα συζήτησης).
• Αν το πρότυπο περιέχει ένα μέρος της αλυσίδας που μπορεί να βρίσκονται στο στόχο, ως μέρος ενός δακτυλίου (ή σύστημα δακτυλίου) θα πρέπει να αγνοήσουμε το μέρος του προτύπου.
• Η Πρόστιμο με Hydrogenize επιλογή του Clean3D δεν καταργήσετε την ομαδοποίηση αυτόματα S-ομάδες (θέμα συζήτησης).
• Molecule.contractSgroups () μπέρδεμα τις συντεταγμένες μόριο (θέμα συζήτησης).
• Ρητή υδρογόνα δεν ελήφθησαν δεόντως υπόψη στην cis / trans υπολογισμό στερεοχημεία.
• Ταυτομερές γεννήτρια έριξε ArrayIndexOutOfBoundsException σε ορισμένες περιπτώσεις.
• Η ομολογία απαρίθμηση που παράγεται ασυνεπής μόρια για κάποια είσοδο VMN.
• Λάθος χρέωση μετράνε μετά την εφαρμογή CovalentCounterion σταθεροποιητή.
• Η μορφή ημερολογίου της StructureChecker γραμμής εντολών διαφέρει από τη μορφή εξόδου του οδηγού.
• ChiralFlagErrorChecker δεν χειριστεί σωστά χειρομορφικότητα. Αντί του υπολογισμού χειραλικότητας από τα δεδομένα ισοτιμίας, χρησιμοποιείται μια εφαρμογή που βασίζεται στη μέθοδο isChiral του TopologyAnalyser.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 5.4.0.1:

• Highlighting των βελών ροής ηλεκτρονίων ήταν λάθος όταν η βάση ή τελικό σημείο ήταν ένας δεσμός (θέμα συζήτησης).
• Συνέχειες διαμόρφωση του μενού δεν λειτούργησε.
• Ο δείκτης της πολυκεντρικής άτομο ήταν λάθος που δημιουργήθηκε κατά τη διάρκεια του MDL MOLFile εξαγωγή στην περίπτωση των δομών όπου η R-ομάδα συνδέθηκε με την πολυκεντρική άτομο (ομόλογα παραλλαγή θέση).
• Σιωπηρή υδρογόνων έλειπαν από τα άτομα μετά την εισαγωγή ή την πάστα των δομών στο / Symyx μορφή αρχείου Σκίτσο (μορφή αρχείου SKC) ISIS.
• δεν μπορούν να εισαχθούν αρχεία CDX συμπεριλαμβανομένων περιστρέφονται γραφικά αντικείμενα που εξήχθησαν από παλιές εκδόσεις του ChemDraw.
• υπολογισμό Ταυτομερές
• Γενική ταυτομερούς δεν ήταν αρκετά μοναδικά σε ορισμένες περιπτώσεις. Λόγω της ενημέρωσης κώδικα, η γενική ταυτομερές παρέχεται αρωματική μορφή.
• Canoncical υπολογισμό ταυτομερές έχει βελτιωθεί λόγω της αποτύπωση της αποαρωματοποίηση.
• Ορισμένες δομές με ρητή υδρογόνα που συνδέονται με δεσμό σφήνα έδωσε μια εξαίρεση κατά τη διάρκεια της γενικής ταυτομερείωση.
• υπολογισμό όγκου έλειπε από cxcalc.
• Δομή Checker έριξε NullPointerException αντί να αγνοεί εσφαλμένο αρχείο ρυθμίσεων.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 5.1.03.2:

• IUPAC Όνομα εισαγωγής: μετατροπή ονόματα IUPAC για τις δομές.
• OLE 2 υποστήριξη:. Βελτιωμένη υποστήριξη του επικόλληση MarvinSketch αντικείμενα σε έγγραφα του Office MS
• χημικούς όρους:. Διαθέσιμα από Marvin στην γραμμή εντολών, API και μπορεί να χρησιμοποιείται στα σενάριά του Java (σε applets)
• Ταχεία εκκίνηση του MarvinSketch και MarvinView κατά την εκκίνηση, τόσο ως αυτόνομη έκδοση, και όπως εφαρμόζεται συστατικό σε άλλες εφαρμογές.

Απαιτήσεις :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment