NeuronVisio

NeuronVisio συνδέεται με NEURON χρήση της νέας διεπαφής Python νευρώνα.
Εγκατάσταση:
Για να εγκαταστήσετε NeuronVisio θα πρέπει να πληρούν τις ακόλουθες εξαρτήσεις
& Nbsp? * PyGTK
& Nbsp? * Οπτική
& Nbsp? * Matplotlib
Εύκολη εγκατάσταση
Ο ευκολότερος τρόπος για να πάρετε neuronvisio είναι αν έχετε εγκαταστήσει setuptools:
easy_install neuronvisio
Χωρίς setuptools, είναι ακόμα αρκετά εύκολο. Κατεβάστε το αρχείο neuronvisio.tgz από Cheeseshop σελίδα neuronvisio του, αποσυμπιέστε το και εκτελέστε:
python setup.py εγκαταστήσετε
Τεκμηρίωση
Η τεκμηρίωση είναι διαθέσιμη στο φάκελο doc ή σε απευθείας σύνδεση.
Γρήγορη εκκίνηση
Ο κωδικός αυτός είναι ακριβώς για να δώσει μια ιδέα για το πώς να χρησιμοποιήσετε nrnvisio ενότητα:
1. φωτιά μέχρι μια κονσόλα ipython με διακόπτη pylab .:
& Nbsp? Ipython -pylab # Εάν δεν θέλετε να χρησιμοποιήσετε το διακόπτη που δεν θα δείτε καμία γραφική παράσταση.
2. Εισάγετε τη μονάδα:
& Nbsp? Από neuronvisio.controls ελέγχους εισαγωγών
& Nbsp? Έλεγχοι Έλεγχοι = ()
Όταν nrnvisio ξεκινήσει το νήμα έχει ξεκινήσει. Σε αυτό το νήμα σε όλη τη διαδικασία της nrnvisio θα συμβεί χωρίς να εμποδίζει την κονσόλα.
Ως ένα γρήγορο παράδειγμα ο παρακάτω κώδικας:
& Nbsp? 1. Δημιουργεί ένα ενιαίο τμήμα που ονομάζεται Soma
& Nbsp? 2. Τοποθετήστε ένα κανάλι Hodgkey-Huxley και μια παθητική αγωγιμότητα
& Nbsp? 3. Εισάγετε μια alphaSynapse να παρέχει μια Stimul.
Ένα γρήγορο παράδειγμα μπορεί να είναι το εξής ::
Έλεγχοι από nrnvisio.controls εισαγωγής
= έλεγχοι Έλεγχοι () # Αρχίζοντας το GUI
από την εισαγωγή νευρώνα h # πάρει το HocInterpreter
soma = h.Section () # Δημιουργία τμήμα
soma.insert («hh») # Εισαγωγή κανάλι HH
soma.insert («pas») # εισάγοντας ένα παθητικό αγωγιμότητα
ΣΥΝ = h.AlphaSynapse (0,5 δευτ = soma) εισόδου # συναπτική
syn.onset = 0.5 # όταν στη φωτιά
syn.gmax = 0.05 # η αγωγιμότητα των συνάψεων
syn.e = 0 # η δυνατότητα αναστροφής
Περισσότερα παράδειγμα στο σόου παράδειγμα κατάλογο πώς να χρησιμοποιήσετε Neuronvisio με πιο σύνθετο μοντέλο

Χαρακτηριστικά :.

• 3D απεικόνιση του μοντέλου με τη δυνατότητα να το αλλάξετε Runtime
• Δημιουργία φορέων να καταγράφει όλες τις μεταβλητές που υπάρχουν στο τμήμα
• Pylab ολοκλήρωσης για να σχεδιάσει άμεσα το αποτέλεσμα της προσομοίωσης
• Εξερεύνηση της χρονικής πορείας της κάθε μεταβλητής μεταξύ του χρόνου χρησιμοποιώντας ένα χρωματιστό κλίμακα
• το GUI τρέχει στο δικό της νήμα, ώστε να είναι δυνατή η χρήση της κονσόλας (έντονα προτάθηκε ipython)

Απαιτήσεις :

• Python