picme

picme είναι ένα πακέτο Python, που περιέχει τα προγράμματα για την εκτίμηση και σχεδιάζει φυλογενετική πληροφορήσεως για μεγάλα σύνολα δεδομένων.
installation
Προς το παρόν, ο ευκολότερος τρόπος για να εγκαταστήσετε το πρόγραμμα είναι:
GIT κλώνος GIT: //github.com/faircloth-lab/picme.git / path / to / picme
Για να εκτελέσετε τις δοκιμές:
cd / path / to / picme /
δοκιμή python / test_townsend_code.py
Χρησιμοποιήστε
Ο κώδικας estimate_p_i.py καλεί ένα αρχείο δέσμης για Hyphy που είναι σε πρότυπα /. Αυτό το αρχείο πρέπει να είναι στην ίδια θέση σε σχέση με οπουδήποτε κι αν βάλετε estimate_p_i.py. Αν εγκαταστήσετε λεπταίνει όπως παραπάνω, θα είστε μια χαρά, προς το παρόν.
Τρέχω:
cd / path / to / picme /
python picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp? - Εξόδου Output_Directory
& Nbsp? - Εποχές = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp? - Φορές = 37,93,100,170
& Nbsp? - Πολυ
--multiprocessing είναι προαιρετική, χωρίς αυτό, κάθε θέση θα πραγματοποιείται διαδοχικά.
Αν έχετε ήδη τρέξει τα παραπάνω και να αποθηκευτούν τα αποτελέσματα στο φάκελο εξόδου σας (δείτε παρακάτω), μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τα προ-υπάρχοντα αρχεία τοποθεσία ρυθμό παρά την εκτίμηση αυτών και πάλι με:
python picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp? - Εξόδου Output_Directory
& Nbsp? - Εποχές = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp? - Φορές = 37,93,100,170
& Nbsp? - Πολυεπεξεργασία
& Nbsp? - Ιστοσελίδα ποσοστά
Αποτελέσματα
picme γράφει αποτελέσματα σε SQLite βάση δεδομένων στον κατάλογο εξόδου της επιλογής σας. Αυτός ο κατάλογος έχει επίσης αρχεία ρυθμό ιστοσελίδα σε μορφή JSON για κάθε θέση πέρασε από picme_compute.py.
Μπορείτε να δείτε τα αποτελέσματα στη βάση δεδομένων ως εξής. Για περισσότερα παραδείγματα, συμπεριλαμβανομένων σχεδίαση, ανατρέξτε στην τεκμηρίωση
- Δυναμώστε SQLite:
& Nbsp? Sqlite3 Output_Directory / φυλογενετική-informativeness.sqlite
- Να πάρει αναπόσπαστο δεδομένα για όλες τις εποχές:
& Nbsp? Επιλέξτε τόπο, διάστημα, πίν από τόπους, διάστημα στο οποίο loci.id = interval.id
- Να πάρει αναπόσπαστο δεδομένων για μια συγκεκριμένη εποχή:
& Nbsp? Επιλέξτε τόπο, διάστημα, πίν από τόπους, διάστημα
& Nbsp? Όπου διάστημα = '95 -105 'και loci.id = interval.id?
- Να πάρει την καταμέτρηση των τόπων που έχουν max (PI) σε διαφορετικές εποχές:
& Nbsp? Δημιουργούν προσωρινά max πίνακα ως επιλέξτε id, max (π) ως μέγιστο από ομάδα διαστήματος από την id?
& Nbsp? Δημιουργία προσωρινού πίνακα t όπως επιλέξτε interval.id, διάστημα, max από το διάστημα, max
& Nbsp? Όπου interval.pi = max.max?
& Nbsp? Επιλέξετε το διάστημα, μετράνε (*) από t ομάδα από το διάστημα?
Επικαλούμενη picme
Όταν χρησιμοποιείτε picme, παρακαλώ αναφέρετε:
- Faircloth π.Χ., Chang J, Alfaro ME: picme επιτρέπει υψηλή ανάλυση διακίνηση φυλογενετική πληροφορήσεως.
- Townsend JP: Profiling φυλογενετική πληροφορήσεως. Συστηματική Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: υπόθεση δοκιμή χρησιμοποιώντας φυλογένεση. Βιοπληροφορική 2005, 21:. 676 - 679

Απαιτήσεις :

• Python
• hyphy2
• NumPy
• SciPy
• DendroPy