POY

POY είναι ένα φυλογενετικό πρόγραμμα ανάλυσης που υποστηρίζει πολλά είδη δεδομένων (π.χ. μορφολογία, νουκλεοτίδια, γονιδίων και γονιδιακών περιοχών, χρωμοσώματα, και ολόκληρων γονιδιωμάτων). POY είναι κυρίως γιατί μπορεί να κάνει πραγματική ευθυγράμμιση και φυλογένεση συμπέρασμα δηλαδή ακολουθίες εισόδου δεν χρειάζεται να prealigned. Εισαγωγές, διαγραφές και αναδιατάξεις, μπορούν στη συνέχεια να συμπεριληφθούν στη συνολική βαθμολογία δέντρο κάτω από το Ανώτατο Φειδωλότητας, ή στο πρότυπο πλαίσιο Μέγιστης Πιθανοφάνειας. Μια ποικιλία από ευρετική αλγορίθμων έχουν αναπτυχθεί για το σκοπό αυτό και εφαρμόζονται σε ΡΟΥ.