relax

χαλαρώσετε είναι ένα open source και διανέμεται ελεύθερα έργου λογισμικό που έχει σχεδιαστεί για τη μελέτη μοριακής δυναμικής με την ανάλυση των πειραματικών δεδομένων NMR, υποστηρίζοντας οργανικά μόρια, RNA, πρωτεΐνες, σάκχαρα, DNA, και πολλά άλλα βιομόρια.

χαλαρώσετε υποστηρίζει αρκετές NMR θεωρίες, υλοποιεί διάφορα εργαλεία ανάλυσης δεδομένων, όπως αρθρωτά εξαρτήματα, και μπορούν να διασυνδεθούν με άλλα προγράμματα, όπως Dasha και Modelfree. Επιπλέον, υποστηρίζει ένα ευρύ φάσμα των θεωριών NMR, ενσωματώνει διάφορα εργαλεία ανάλυσης δεδομένων, επιτρέπει στους χρήστες να απεικονίσει τα δεδομένα, καθώς και να αλληλεπιδρά με άλλα προγράμματα.

Παρά το γεγονός ότι η εφαρμογή έρχεται με τόσο CLI (Command-line Interface) και GUI (Graphical User Interface) front-end, πολλά από τρίτους γραφικές διεπαφές χρήστη (GUIs) υπάρχουν για να χαλαρώσετε.

Ανάμεσα στους υποστηριζόμενους τύπους των αναλύσεων, να χαλαρώσετε μπορεί να χειριστεί διασπορά χαλάρωση, τον έλεγχο της συνέπειας των πολλαπλών NMR πεδίου (Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού) δεδομένων χαλάρωσης, Ν-κράτος μοντέλο και προκειμένου το πλαίσιο, δωρεάν μοντέλο ανάλυσης, R1 και R2, ΝΟΕ, RSDM (μειωμένη Spectral Density Mapping), καθώς και τις έρευνες στερεοχημεία.

Για να αυτοματοποιήσει τη διαδικασία της ανάλυσης των δεδομένων, είναι δυνατόν να δημιουργηθούν πολύ περίπλοκες σενάρια με τη χρήση δομικών στοιχείων. Για το σκοπό αυτό, οι προγραμματιστές παρέχουν διάφορες δείγμα σενάρια που θα σας βοηθήσουν να καταλάβετε την κατασκευή σενάριο και να δημιουργήσουν πιο εύκολα τα δικά σας.

Κοιτάζοντας κάτω από την κουκούλα, μπορούμε να παρατηρήσουμε ότι το πρόγραμμα είναι γραμμένο εξ ολοκλήρου στη γλώσσα προγραμματισμού Python και χρησιμοποιεί το cross-platform Qt GUI toolkit για γραφική διεπαφή χρήστη του, πράγμα που σημαίνει ότι τρέχει σε Linux, Microsoft Windows και Mac OS X λειτουργικά συστήματα.

Η εφαρμογή είναι διαθέσιμη για λήψη ως δυαδικά αρχεία για πολλά GNU / Linux λειτουργικά συστήματα, υποστηρίζοντας τόσο 32-bit (x86) και 64-bit (x86_64) σετ εντολών αρχιτεκτονικές, καθώς και ένα tarball πηγή.

Τι είναι καινούργιο σε αυτήν την έκδοση:

• Χαρακτηριστικά:
• Πολλές βελτιώσεις για την κατάρτιση του HTML έκδοση του εγχειριδίου χαλαρώσετε.
• Ενημέρωση χαλαρώσουν για την εξάλειψη όλων FutureWarnings από NumPy & ge? 1.9, για το μέλλον-απόδειξη χαλαρώσετε κατά τις επικείμενες αλλαγές συμπεριφοράς NumPy.
• Δυνατότητα να χειριστεί αναπαραχθεί R2, eff σημεία δεδομένων από τη λειτουργία relax_disp.r2eff_read χρήστη, αλλά προσθέτοντας 0,001 στην τιμή της συχνότητας για την αναπαραχθεί σημείο.
• Ένα νέο δείγμα δέσμης ενεργειών για τη φόρτωση ενός αρχείου ελεύθερης αποτελέσματα του μοντέλου και πίσω-υπολογισμό των δεδομένων χαλάρωσης.
• Βελτιώσεις για το χειρισμό των ΠΠ διαρθρωτικών δεδομένων.
• Εφαρμογή της λειτουργίας χρήστη structure.pca για την εκτέλεση των αναλύσεων αρχής συστατικό (PCA) ενός συνόλου δομών.
• Προσθήκη μιας δέσμης ενεργειών για ταχεία ανάπτυξη στην υποδομή του Google Cloud Computing.
• Αλλαγές:
• Fix για το άκαμπτο μοντέλο ώστε καρέ 2ου βαθμού μήτρα προκειμένου πλαίσιο στο εγχειρίδιο. Το λάθος σύμβολο είχε χρησιμοποιηθεί.
• Αφαιρέθηκε τα newparagraph και newsubparagraph ορισμούς από το εγχειρίδιο LaTeX. Αυτά προκαλούν συγκρούσεις με latex2html, εμποδίζοντας την έκδοση HTML του εγχειριδίου από το να καταρτίζονται. Οι ορισμοί αυτοί είναι περιττές για την τρέχουσα σύσταση της τομής στο εγχειρίδιο.
• Τροποποιημένο τις σύντομες λεζάντες στα νέα μοντέλα καρέ κεφάλαιο του εγχειριδίου. Η ρουνικός A> χαρακτήρα Ζ έχει αντικατασταθεί απλά με «Daeg». Αυτό οφείλεται σε ασυμβατότητες με latex2html που εμποδίζει το εγχειρίδιο HTML από το να καταρτίζονται.
• Η απομάκρυνση του ορισμού ενός σταθερού πλάτους-στήλης του πίνακα από το εγχειρίδιο LaTeX προοίμιο. Αυτό απαιτείται καθώς τα διαλείμματα ορισμό latex2html συμβατότητα, προκαλώντας τη διαφθορά στην αρίθμηση σχήμα με αποτέλεσμα οι εικόνες στην HTML για να είναι τυχαία ουσιαστικά.
• Η αφαίρεση της συσκευασίας τόνους για να επιτρέψει το εγχειρίδιο HTML που πρέπει να καταρτιστούν. Το πακέτο εμφάσεις LaTeX δεν είναι συμβατή με latex2html, οπότε ο ευκολότερος λύση είναι να εξαλείψει το πακέτο.
• Μη αυτόματη περιστροφή το στοιχείο του πλαισίου μήτρα προκειμένου EPS εγχειρίδιο στοιχεία, για latex2html συμβατότητα. εντολή του '90 περιστροφή »έχει διαγραφεί και το πλαίσιο οριοθέτησης μετατεθούν ως β γ δ - & gt? β-γ δ -a. Αυτό επιτρέπει το επιχείρημα γωνία στα includegraphics {} εντολή να πέσει, όπως latex2html δεν αναγνωρίζει αυτό. Επιτρέπει τα στοιχεία να είναι ορατές στην έκδοση HTML του εγχειριδίου.
• Επανασχεδιασμός της τάξης καρέ πίνακα παραμέτρων φωλιάζουν στο εγχειρίδιο για latex2html συμβατότητα. Ο πίνακας χρησιμοποιεί το πακέτο tikz, η οποία είναι θανατηφόρα για latex2html, ακόμη και αν δεν χρησιμοποιείται. Ως εκ τούτου, ο πίνακας του docs / latex / frame_order / αρχείο parameter_nesting.tex έχει μετατραπεί σε ένα αυτόνομο έγγραφο LaTeX για να δημιουργήσετε μια περικομμένη έκδοση υστερόγραφο της tikz μορφοποιηθεί πίνακα. Ένα σενάριο συλλογή έχει προστεθεί επίσης. Η προκύπτουσα αρχείο * .ps περιλαμβάνεται πλέον στο τμήμα αριθμητική ολοκλήρωση PCS, παρά αυτή την ενότητα δημιουργία του πίνακα tikz. Όλα τα κείμενα tikz σκέψη έχει αφαιρεθεί για να επιτρέψει latex2html να τρέξει.
• Η λύση για latex2html δεν είναι σε θέση να χειριστεί το πακέτο allrunes ή συνδέονται γραμματοσειρά. Στο προοίμιο htmlonly περιβάλλον, τα σύμβολα, προκειμένου πλαίσιο επαναπροσδιοριστεί χρησιμοποιώντας το κείμενο «Daeg» αντί του ρουνική χαρακτήρα A> Z.
• Διορθώσεις για την υποκατηγορία και εκθέτες σε όλο το εγχειρίδιο. Αυτό εισάγει {} γύρω από όλους τους επιμέρους και superscripted textrm {} περιπτώσεις. Αυτό δεν είναι απαραίτητη για την έκδοση PDF του εγχειριδίου, όπως τα ελλείποντα πρόβλημα στήριγμα αποφεύγεται, αλλά επηρεάζει την HTML έκδοση του εγχειριδίου που καταρτίζονται από latex2html, η οποία απαιτεί τη σωστή σημειογραφία. Οι διορθώσεις είναι τόσο για το νέο κεφάλαιο προκειμένου πλαισίου, καθώς και στο κεφάλαιο διασπορά χαλάρωσης.
• Επιμέλεια και διορθώσεις για το χαλαρώσει 4.0.0 μέρος του αρχείου ΑΛΛΑΓΕΣ.
• Ενημέρωση και βελτίωσε τις οδηγίες wiki στο έγγραφο χαλαρώσετε απελευθερώσει λίστα ελέγχου.
• Μία ακόμη εντολή wiki σχετικά με τον έλεγχο για νεκρούς συνδέσμους στο έγγραφο λίστα ελέγχου απελευθέρωσης.
• Περισσότερα μικρές αλλαγές στην ενότητα «Ανακοίνωση» του εγγράφου λίστα ελέγχου απελευθέρωσης.
• Ενημέρωση το σενάριο κελύφους για την εύρεση διπλές τίτλους στα αρχεία LaTeX του εγχειριδίου.
• αναπαλαιωμένο το αντίγραφο του τίτλου εξεύρεση σενάριο κελύφους σε Python script. Το σενάριο Python είναι πολύ πιο προηγμένη και χρησιμοποιεί μια διαφορετική λογική για να παράγουν ένα πίνακα αναπαραχθούν οι τίτλοι και ο αριθμός τους. Το σενάριο επιστρέφει επίσης μια αποτυχημένη κατάσταση εξόδου όταν υπάρχουν επαναλήψεις.
• Μετατροπή της αναπαραχθεί τίτλο εξεύρεση σενάριο Python να χρησιμοποιήσετε μια ταξική δομή. Αυτό επιτρέπει το σενάριο που πρόκειται να εισαχθεί ως μονάδα. Το εύρημα επανάληψη έχει μετατοπιστεί σε ένα εύρημα () μέθοδος της κατηγορίας.
• Μετονομάστηκε τον τίτλο επανάληψη εύρεση σεναρίου.
• Αφαιρέθηκε το αντίγραφο του τίτλου LaTeX εύρεση σενάριο κελύφους. Αυτό τώρα εξυπηρετείται από την πολύ πιο προχωρημένο σενάριο Python.
• Η κατάρτιση Scons των εγχειριδίων PDF και HTML ελέγχει τώρα για αναπαραχθεί τίτλους. Ένας νέος στόχος replicate_title_check έχει προστεθεί στις scons σενάρια. Αυτή καλεί τη μέθοδο find () του επαναληπτικές LaTeX σενάριο εύρημα τίτλο για να καθοριστεί αν υπάρχουν τίτλοι αναπαράγονται, και αν ναι, τα scons στοχεύουν επιστρέφει με ένα sys.exit (1) κλήση. Ο στόχος αυτός έχει οριστεί κατά την έναρξη των στόχων της user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons. Το αποτέλεσμα είναι ότι το εγχειρίδιο δεν μπορεί να συνταχθεί αν υπάρχουν πανομοιότυπα τίτλους, αναγκάζοντας οι τίτλοι που πρέπει να αλλάξει. Το αποτέλεσμα θα είναι ότι οι σελίδες HTML θα είναι όλα μοναδικά, όπως αναπαραχθούν αποτελέσματα τίτλους σε μία μόνο σελίδα HTML που δημιουργήθηκε για όλα τα τμήματα.
• Εξάλειψη της αναπαραχθεί τίτλους στις πηγές LaTeX ότι εισήγαγε τα νέα κεφάλαια προκειμένου πλαίσιο.
• Η αφαίρεση ενός παλιού αναπαραχθεί τίτλο στις πηγές LaTeX για το εγχειρίδιο. Αυτός είναι ο τίτλος «ανάλυση Model-free», η οποία χρησιμοποιείται για το σύνολο του κεφαλαίου που αφορά ειδικά την ανάλυση, καθώς και για το τμήμα ανάλυσης δωρεάν μοντέλο των τιμών, κλίσεις, και Hessians για το κεφάλαιο βελτιστοποίησης.
• Διορθώσεις και βελτιωμένες εκτυπώσεις για τον στόχο της replicate_title_check scons.
• Ενημέρωση όλων των χαλαρώσουν για την προστασία από μελλοντικές αλλαγές που συμβαίνουν στο πακέτο NumPy Python. Από NumPy έκδοση 1.9, η FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: σύγκριση με `Ουδέν θα οδηγήσει σε μια σχέση αντικειμένου elementwise στο μέλλον. παρατηρείται σε ένα μεγάλο ποσοστό του συνόλου χαλαρώσουν λειτουργίες χρήστη. Αυτό είναι που αλιεύονται και να μετατραπεί σε ένα RelaxWarning με το ίδιο μήνυμα. Το θέμα είναι ότι η συμπεριφορά των τελεστές σύγκρισης == και! = Θα αλλάξει με τις μελλοντικές NumPy εκδόσεις. Αυτά έχουν αντικατασταθεί με είναι και δεν είναι σε όλη τη βάση χαλαρώσετε κώδικα. Αλλαγές έχουν γίνει επίσης στα πακέτα minfx και bmrblib να ταιριάζουν.
• Περισσότερα μελλοντική προστασία ενάντια NumPy αλλαγές. Η FutureWarning είναι `rank` έχει καταργηθεί? χρησιμοποιήσετε το `ndim` χαρακτηριστικό ή λειτουργία αντ 'αυτού. Για να βρείτε το βαθμό του πίνακα δείτε `numpy.linalg.matrix_rank`. Ως εκ τούτου, η Ν-κράτος μέθοδο λειτουργίας μοντέλο στόχου paramag_info () έχει ενημερωθεί ώστε να χρησιμοποιεί το .ndim ιδιότητα και τη χρήση πλέον numpy.rank () συνάρτηση.
• Δημιουργήθηκε η δοκιμή του συστήματος Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Αυτό έχει σχεδιαστεί για να πιάσει το bug # 23933, το "NameError: δεν έχει οριστεί παγκόσμια ονομασία« ταυτότητες »πρόβλημα κατά τη φόρτωση των δεδομένων χαλάρωσης. Μια περικομμένη έκδοση του ΠΣΠ αρχείο δεδομένων και τη χαλάρωση, οι πλήρεις εκδόσεις των οποίων επισυνάπτεται στην αναφορά σφάλματος, η οποία αποτελείται αποκλειστικά από τα υπολείμματα 329, 330, και 331 έχουν προστεθεί στους δοκιμαστικούς σουίτα κοινόχρηστους καταλόγους δεδομένων, και η δοκιμή του συστήματος γραμμένο για να πιάσει το NameError.
• Ενημερώθηκε η δοκιμή του συστήματος Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids να πιάσει το RelaxMultiSpinIDError. Αυτό επιτρέπει τη δοκιμή του συστήματος για να περάσει, όπως αναμένεται μια RelaxMultiSpinIDError.
• Ενημέρωση των minfx και bmrblib εκδόσεις του εγγράφου λίστα ελέγχου απελευθέρωσης για να 1.0.12 και 1.0.4. Αυτό γίνεται για να αφαιρέσετε τα NumPy μηνύματα FutureWarning για το == Κανένας και =! Καμία σύγκριση με NumPy δομές δεδομένων, τα οποία στο μέλλον θα αλλάξει στη συμπεριφορά.
• Αυξήθηκε το Gna! είδηση ​​τομή βάθους στο έγγραφο λίστα ελέγχου απελευθέρωσης.
• Διευρυμένη η περιγραφή της λειτουργίας sequence.attach_protons χρήστη. Αυτό προκύπτει από http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Προστέθηκε αρχικά στοιχεία για τα δεδομένα δοκιμών από τον Παύλο Schanda. Αυτό θα αποδείξει ότι υπάρχουν πολλές δυνατότητες για την ενίσχυση της R2, μέθοδο eff σημείο.
• Προστέθηκε η δοκιμή του συστήματος Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Αυτό θα πιάσει το δανεισμό των τιμών nan.
• Made πρόσθετος έλεγχος στην ανάγνωση ακολουθία, ότι οι τιμές nan παραλείπονται.
• Αφού βεβαιωθείτε ότι το αναπαραχθεί 4000 σημείο Hz για το πείραμα 950 MHz δεν αντικαθίσταται.
• Στη δοκιμή σύστημα Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, πρόσθεσε μια δοκιμή της καταμέτρησης το R2, eff τιμές. Αυτό δείχνει ότι η αναπαραχθεί R2, eff στα 950 MHz / 4000 σημείο Hz αντικαθίσταται. Μια λύση θα μπορούσε να αλλάξει τη συχνότητα διασποράς πολύ μικρή, για να επιτρέπει την προσθήκη του σημείου δεδομένων.
• Προστέθηκε περαιτέρω δοκιμές για να Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Αυτό θα δείξει ότι αντίγραφα των R2, eff τιμές δεν χειρίζεται καλά.
• Σε λειτουργία των r2eff_read στην ενότητα δεδομένων της διασποράς, προστίθενται οι δυνατότητες για να διαβάσετε R2, eff αξίες που αναπαράγονται. Αυτό γίνεται πρώτα έλεγχος αν υπάρχει το κλειδί διασπορά στο R2, eff λεξικό. Αν υπάρχει, να συνεχίσει να προσθέσετε 0,001 με τη συχνότητα έως ότου υπάρξει μια νέα δυνατότητα. Αυτό θα βοηθήσει να χειριστεί πολλαπλές R2, eff σημεία, ως ξεχωριστές αξίες και δεν λαμβάνει καμία απόφαση για την κατά μέσο όρο.
• Προστέθηκε την προσδοκία της αύξησης μια χαλαρώσετε σφάλμα, αν προσπαθείτε να σχεδιάσετε και όχι το μοντέλο οι πληροφορίες αποθηκεύονται.
• Ανεβάζοντας ένα σφάλμα αν συνωμοτούν καμπύλες διασποράς, και δεν το μοντέλο έχει αποθηκευτεί.
• Άλλαξε παράδειγμα σεναρίου για την ανάλυση των δεδομένων.
• Εκτεταμένη τη δοκιμή του συστήματος Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 να περιλαμβάνει αυτόματη ανάλυση και συγκεντρωμένα ταιριάζει. Αυτό θα πρέπει να δείξει ότι η ανάλυση είναι πλέον δυνατή.
• Προστέθηκε μια προσωρινή κατάσταση και ένα σενάριο για την εγκατάσταση GUI στα δεδομένα Paul Schanda.
• Προστέθηκε η δοκιμή Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Αυτό θα δείξει ότι η φόρτωση ενός κράτους θα δημιουργήσει πρόβλημα. Traceback (πιο πρόσφατη κλήση τελευταία): TypeError:. Int () επιχείρημα αυτό πρέπει να είναι ένα string ή ένας αριθμός, δεν «NoneType»
• Προστέθηκε ένα δείγμα σενάριο για τα δεδομένα χαλάρωση πίσω τον υπολογισμό από ένα ελεύθερο πρότυπο αρχείο αποτελεσμάτων. Αυτό είναι χρήσιμο όταν το αρχείο αποτελέσματα δεν είναι το τελικό μοντέλο, όπως αυτά του αρχείου αποτελέσματα δεν περιέχουν τα δεδομένα πίσω-υπολογιστεί. Αυτή είναι η απάντηση στην υποστήριξη της Χριστίνας Μόλερ του αιτήματος # 3303.
• Χρήση lib.float.isNaN του Gary () αντί math.isnan (), για να έχει προς τα πίσω συμβατότητα με python 2.5.
• Fix για το ορθογραφικό λάθος και τεκμηριώνουν τη νέα συμπεριφορά των relax_disp.r2eff_read, κατά την ανάγνωση R2, eff σημεία με την ίδια συχνότητα. Αν το spin-δοχείο περιέχει ήδη R2, eff αξίες με τη «συχνότητα του παλμού CPMG» ή «spin-lock ένταση του πεδίου», η συχνότητα θα αλλάξει από μια απειροελάχιστη μικρή αξία + 0.001 Hz. Αυτό επιτρέπει την διπλότυπα ή περισσότερα από τα ίδια συχνότητα.
• Τροποποιημένο η εσωτερική δομική αντικείμενο να επηρεάζονται λιγότερο από την μορφή του προσχεδίου του προϋπολογισμού. Ο σειριακός αριθμός ΠΣΠ τώρα έξυπνα χειρίζεται, υπό την έννοια ότι επανέρχεται στο 1 όταν δημιουργείται ένα νέο μοντέλο. Αυτές οι πληροφορίες είναι ακόμα διατηρείται για την υποστήριξη της λογικής της ανάγνωσης των αρχείων conect, και θα πρέπει να εξαλειφθούν στο μέλλον. Οι πληροφορίες ταυτότητας αλυσίδα τώρα πια είναι αποθηκευμένα στην εσωτερική δομική αντικειμένου, καθώς αυτή η πληροφορία αναδημιουργείται από τη λειτουργία χρήστη structure.write_pdb με βάση το πώς έχει δημιουργηθεί η εσωτερική δομική αντικείμενο.
• Ενημερώσεις για τις τάξεις δοκιμή Noe και το σύστημα δομής για τις εσωτερικές διαρθρωτικές αλλαγές στο αντικείμενο. Ο σειριακός αριθμός μπορεί τώρα να μηδενιστεί, και τα στοιχεία ταυτότητας της αλυσίδας δεν είναι πλέον αποθηκευτεί.
• Προστέθηκε ένα αρχείο με τα δεδομένα που ανταλλάσσονται σουίτα δοκιμών για να βοηθήσει την εφαρμογή της PCA δομική ανάλυση. Αυτό είναι το Ν-πεδίο του συμπλόκου CaΜ-IQ χρησιμοποιούνται σε μια ανάλυση προκειμένου πλαίσιο. Είναι τα πρώτα 5 δομές από μια κλήση στη λειτουργία χρήστη frame_order.distribute, με τις διάφορες άκαμπτο-φορείς συγχωνεύονται πίσω μαζί σε ένα μόνο μόριο.
• Δημιουργήθηκε από το χρήστη structure.pca μπροστά λειτουργίας τέλος. Αυτή τη στιγμή το πρότυπο του structure.rmsd πλαίσιο λειτουργίας χρήστη.
• Βασική εφαρμογή του χρήστη structure.pca λειτουργία πίσω τέλος. Αυτή είναι η λειτουργία νέων PCA () της μονάδας pipe_control.structure.main. Εκτελεί απλά ορισμένους ελέγχους, συγκεντρώνει τις ατομικές συντεταγμένες, και τα περάσματα έλεγχο στη λειτουργία χαλαρώσετε pca_analysis βιβλιοθήκη () του παρόντος ανεφάρμοστες μονάδα lib.structure.pca.
• Μερική εφαρμοστεί της ανάλυσης PCA στη βιβλιοθήκη χαλαρώσετε. Αυτό είναι για τη νέα λειτουργία χρήστη structure.pca. Η μονάδα lib.structure.pca έχει δημιουργηθεί, και τη λειτουργία pca_analysis () δημιουργήθηκε για να υπολογίσει τη μήτρα δομή συνδιασποράς, μέσω της λειτουργίας calc_covariance_matrix (), και στη συνέχεια να υπολογίσει τις ιδιοτιμές και τα ιδιοδιανύσματα του πίνακα συνδιακύμανσης, τη διαλογή τους και περικοπή στην επιθυμητό αριθμό των τρόπων PCA.
• Προστέθηκε ο αλγόριθμος και num_modes επιχειρήματα για τη λειτουργία χρήστη structure.pca. Αυτά έχουν περάσει όλη τη διαδρομή μέσα στο backend χαλαρώσετε βιβλιοθήκη.
• Υλοποιήθηκε τον αλγόριθμο SVD για την ανάλυση PCA στη βιβλιοθήκη χαλαρώσετε. Αυτό απαιτεί απλά numpy.linalg.svd ().
• Η ανάλυση PCA στη βιβλιοθήκη χαλαρώσετε υπολογίζει πλέον τις ανά δομή προεξοχές κατά μήκος των PCs.
• Η λειτουργία ανάλυσης PCA στη βιβλιοθήκη χαλαρώσετε τώρα επιστρέφει δεδομένα. Αυτό περιλαμβάνει τις τιμές PCA και φορείς, καθώς και τις ανά δομή προβλέψεις.
• Οι τιμές και οι φορείς PCA, και οι ανά δομή προβλέψεις είναι τώρα αποθηκεύονται. Αυτό είναι σε λειτουργία backend χρήστη structure.pca στην ενότητα pipe_control.structure.main.
• Προστέθηκε η μορφή και το dir επιχειρήματα για τη λειτουργία χρήστη structure.pca. Αυτό είναι προς τα εμπρός και πίσω άκρα.
• Τροποποιημένο οι assemble_structural_coordinates () μέθοδος για να επιστρέψει περισσότερες πληροφορίες. Αυτό είναι από τη μονάδα pipe_control.structure.main. Το λίστες boolean επιχείρημα είναι πλέον αποδεκτή η οποία θα προκαλέσει τη λειτουργία για να επιπλέον να επιστρέψει τη λίστα αντικειμένων ID ανά μόριο, τον κατάλογο αριθμό μοντέλου ανά μόριο, και το μόριο λίστα ονομάτων ανά μόριο.
• Η λειτουργία χρήστη structure.pca δημιουργεί τώρα γραφήματα των προβολών του υπολογιστή. Αυτό περιλαμβάνει PC1 έναντι PC2, PC2 εναντίον PC3, κλπ.
• Προστέθηκε τα αποτελέσματα Gromacs PCA για το αρχείο distribution.pdb. Αυτό περιλαμβάνει μια δέσμη ενεργειών που χρησιμοποιείται για να εκτελέσει όλα τα μέρη του Gromacs και όλα τα αρχεία εξόδου.
• Ενημέρωση τα αποτελέσματα Gromacs PCA για την τελευταία έκδοση 5.1.1 Gromacs.
• Δημιουργήθηκε μια αρχική δοκιμή του συστήματος Structure.test_pca. Αυτό εκτελεί τη νέα λειτουργία χρήστη structure.pca, και ελέγχει αν τα δεδομένα είναι αποθηκευμένα σε cdp.structure.
• Βελτιωμένη τα γραφήματα στο backend της λειτουργίας χρήστη structure.pca. Τα γραφήματα είναι πλέον συγκεντρωμένα έτσι ώστε διαφορετικά μοντέλα της ίδιας δομής με τον ίδιο σωλήνα δεδομένα είναι μέσα σε ένα σύνολο γράφημα. Η κεφαλίδα γράφημα έχει επίσης βελτιωθεί.
• Διευρυμένη οι Structure.test_pca ελέγχους δοκιμή του συστήματος σε σύγκριση με τις τιμές από Gromacs.
• Η σταθμισμένη μέση δομή μπορεί τώρα να υπολογιστεί. Αυτό είναι για τη λειτουργία calc_mean_structure () των χαλαρώσουν βιβλιοθήκης lib.structure.statistics μονάδα. Βάρη μπορούν πλέον να παρέχονται για κάθε δομή να καταστεί δυνατή η σταθμισμένη μέση τιμή πρέπει να υπολογίζεται και να επιστραφεί.
• Προστέθηκε υποστήριξη για τις δομές παρατηρητή στη λειτουργία χρήστη structure.pca. Αυτό επιτρέπει ένα υποσύνολο των δομών που χρησιμοποιούνται στην ανάλυση PC έχουν μηδενικές βάρος έτσι ώστε αυτές οι δομές μπορούν να χρησιμοποιηθούν για σκοπούς σύγκρισης. Οι obs_pipes, obs_models και obs_molecules επιχειρήματα έχουν προστεθεί στο εμπρόσθιο άκρο λειτουργία χρήστη. Το backend χρησιμοποιεί αυτό για να δημιουργήσετε μια σειρά από βάρη για κάθε δομή. Και οι λειτουργίες lib.structure.pca χρησιμοποιούν τις μηδενικές βάρη για να αφαιρέσετε τις δομές του παρατηρητή από τους υπολογισμούς λειτουργία PC.
• Δημιουργήθηκε η δοκιμή του συστήματος Structure.test_pca_observers. Αυτό είναι για τη δοκιμή της νέας δομές παρατηρητή αντίληψη της λειτουργίας χρήστη structure.pca.
• Βελτιωμένη οι εκτυπώσεις από τη βιβλιοθήκη ανάλυση χαλαρώσετε κύριο συστατικό. Αυτό είναι σε λειτουργία pca_analysis () της μονάδας lib.structure.pca.
• Διορθώσεις και βελτιώσεις για τα γραφήματα που παράγονται από τη λειτουργία χρήστη structure.pca. Τα διαφορετικά σύνολα τώρα σωστά δημιουργήθηκαν, και τώρα επισημαίνονται στα οικόπεδα.
• Η προσθήκη μιας δοκιμής σενάριο Ανάπτυξη, για την ταχεία ανάπτυξη στο Google Cloud Computing. Πρόκειται για προβλεπόμενη εγκατάσταση σε Ubuntu 14.04 LTS.
• Επέκταση σενάριο για την εγκατάσταση.
• Κάνοντας εγκατάσταση σε λειτουργίες στο σενάριο εκπυρσοκρότησης.
• Διάσπαση αναπτύξει σενάριο σε πολλά μικρά λειτουργίες.
• Προσθήκη δηλώσεις ελέγχου για να εγκαταστήσετε το σενάριο.
• Όταν προμηθεύονται τα σενάρια, πολλές λειτουργίες μπορούν να εκτελεστούν αντ 'αυτού.
• Προστέθηκε κενά για να εγκαταστήσετε το σενάριο για καλύτερη εκτύπωση.
• Προσθέτοντας ένα σεμινάριο σεναρίου.
• Προσθήκη 2 σενάρια φροντιστήριο.
• Fix για το μικρό λάθος ID γύρισμα στο σενάριο φροντιστήριο.
• Δημιουργήθηκε μια δοκιμή συστήματος για την αλίευση bug # 24131, η αποτυχία των εξαγωγών BMRB όταν το αντικείμενο SpinContainer δεν έχει κανένα χαρακτηριστικό S2, όπως αναφέρθηκε από τον Martin Ballaschk.
• Τροποποιημένο τη δοκιμή του συστήματος Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition για να ελέγξετε την RelaxError. Τα αποτελέσματα των δοκιμών σε RelaxError, όπως το αρχείο αποτελέσματα δεν περιέχει επιλεγμένα περιστροφές.
• Προστέθηκε η δοκιμή του συστήματος Mf.test_bug_24131_missing_interaction να πιάσει ένα άλλο πρόβλημα. Αυτό είναι μέρος του bug # 24131, την αποτυχία των εξαγωγών BMRB με το αντικείμενο SpinContainer έχει καμία αξία S2. Ωστόσο, η προηγούμενη λύση του παρακάμπτοντας απενεργοποιημένη περιστροφές εισήγαγε ένα νέο πρόβλημα να χαλαρώσουν εξακολουθούν να ψάχνουν για τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ ατόμων για την εν λόγω απενεργοποιημένη γύρισμα.
• Bugfixes:
• Αναπαραχθεί τίτλους στην έκδοση HTML του εγχειριδίου να χαλαρώσετε, και ως εκ τούτου να αναπαραχθεί HTML ονόματα αρχείων αντικατάσταση προηγούμενα κεφάλαια, έχουν εξαλειφθεί.
• Fix για το bug # 23933, το "NameError: δεν έχει οριστεί παγκόσμια ονομασία« ταυτότητες »πρόβλημα κατά τη φόρτωση των δεδομένων χαλάρωσης. Το bug εισήχθη το Νοέμβριο 2014 και οφείλεται σε κάποια ατελή κωδικό αντιμετώπιση των λαθών. Το πρόβλημα είναι ότι ο τύπος γύρισμα που τα δεδομένα χαλάρωσης ανήκει (@N εναντίον @H) δεν έχει καθοριστεί. Τώρα η σωστή RelaxMultiSpinIDError αυξάνεται. Η μεταβλητή ταυτότητες δεν υπήρχε -. Ήταν κώδικα που είχε προγραμματιστεί να προστεθούν, αλλά ποτέ δεν ήταν και ξεχάστηκε
• Fix για τη συνεχή εξίσωση CSA στην ελεύθερη-μοντέλο κεφάλαιο του εγχειριδίου. Αυτό επισημάνθηκε από Χριστίνα Moller και αναφέρθηκε στις χαλαρώσετε χρήστες λίστα.
• Διόρθωση σφάλματος για την αποθήκευση των XML διαρθρωτικών αντικείμενο στα κρατικά και τα αποτελέσματα των αρχείων. Προηγουμένως οποιαδήποτε αντικείμενα προστίθενται στο cdp.structure (ή οποιοδήποτε αντικείμενο δομή) δεν θα σωθεί με τη μέθοδο to_xml διαρθρωτικές αντικείμενο (), εκτός εάν η λειτουργία ρητά τροποποιηθεί για να αποθηκεύσετε αυτό το αντικείμενο. Τώρα όλα τα αντικείμενα του παρόντος θα μετατραπούν σε XML.
• Fix για την ανάλυση διασποράς χαλάρωσης στο GUI, όπως έχουν αλιευθεί από τη δοκιμή Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Κατά τη φόρτωση από μια κατάσταση αρχείο δέσμης ενεργειών, η αξία των Κανείς δεν μπορεί να είναι παρόντες. Αυτό καλείται τώρα να τις τυπικές τιμές.
• Fix για τρέξιμο χαλαρώσουν σε ένα διακομιστή χωρίς οθόνη γραφικών και χρησιμοποιώντας matplotlib. Το σφάλμα βρέθηκε με τη δοκιμή του συστήματος Relax_disp.test_repeat_cpmg. Και το σφάλμα που δημιουργείται ήταν: QXcbConnection: Δεν ήταν δυνατή η σύνδεση για να εμφανιστεί. Ματαιώθηκε (πυρήνας που αποτελούν αντικείμενο ντάμπινγκ). Το backend του matplotlib πρέπει να αλλάξει. Αυτό είναι για παράδειγμα περιγράφεται στο: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display και http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Τροποποιημένο η συμπεριφορά του bmrb.write backend λειτουργία του χρήστη για μια ελεύθερη-μοντέλο ανάλυσης (fix για bug # 24131). Αυτή είναι η μέθοδος bmrb_write () της ελεύθερης μοντέλο ανάλυσης API. Καταργηθεί η επιλογή περιστροφές τώρα παραλείπονται και μια επιταγή έχει προστεθεί για να είστε σίγουροι ότι τα δεδομένα σπιν έχει συναρμολογηθεί.
• Μια άλλη λύση για το bug # 24131, το BMRB αποτυχία των εξαγωγών, όταν το αντικείμενο SpinContainer δεν έχει κανένα χαρακτηριστικό S2. Τώρα δεν υπάρχουν δεδομένα αποθηκεύονται στο αρχείο BMRB αν ένα ελεύθερο πρότυπο μοντέλο δεν έχει συσταθεί για το γύρισμα. Αυτό επιτρέπει το πακέτο ελέγχου για να περάσει.
• Bug fix για να επιτραπεί η δοκιμή του συστήματος Mf.test_bug_24131_missing_interaction να περάσει. Αυτό είναι μέρος του bug # 24131, την αποτυχία των εξαγωγών BMRB με το αντικείμενο SpinContainer έχει καμία αξία S2. Το πρόβλημα ήταν όταν τη συναρμολόγηση των δεδομένων τανυστή διάχυσης. Η λειτουργία spin_loop () είχε ονομάζεται, όπως η τανυστή διάχυσης αναφέρεται για όλα τα υπόλοιπα. Ως εκ τούτου, η skip_desel = True έχει προστεθεί για να ταιριάζει με το ελεύθερο μοντέλο μέρος.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 4.0.0:

• Χαρακτηριστικά:
• Η τελική, πλήρη και ορθή εφαρμογή της θεωρίας προκειμένου πλαίσιο για τη μελέτη άκαμπτο κινήσεις του σώματος. Αυτό είναι προς το παρόν για την ανάλυση των δεδομένων RDC και PCS από εσωτερικά εναρμονίσει τα συστήματά της.
• Αλλαγές:
• Η διαγραφή της λειτουργίας χρήστη frame_order.average_position και όλες τις συνδεδεμένες κωδικό backend. Αυτή η λειτουργία χρήστη τη δυνατότητα στο χρήστη να καθορίσει πέντε διαφορετικούς τύπους μετατόπιση προς τη μέση θέση κινούμενο τομέα: μια καθαρή περιστροφή, χωρίς μετάφραση, γύρω από τον άξονα της κίνησης στο σύστημα? μια περιστροφή γύρω από τον άξονα της κίνησης του συστήματος μαζί με την μετάφραση? μια καθαρή μετάφραση χωρίς περιστροφή? μια περιστροφή γύρω από το κέντρο μάζας του κινούμενου τομέα χωρίς μετάφραση? μια περιστροφή γύρω από το κέντρο μάζας του κινούμενου τομέα μαζί με την μετάφραση. Τώρα η τελευταία επιλογή θα είναι η προεπιλεγμένη και μόνη επιλογή. Αυτή η επιλογή είναι ισοδύναμη με το πρότυπο αλγόριθμο υπέρθεση (ο αλγόριθμος Kabsch) σε ένα υποθετικό δομή σε πραγματικό μέση θέση. Οι άλλες τέσσερις οφείλονται στην ιστορία της ανάπτυξης της θεωρίας. Περιορίζουν τη χρησιμότητα της θεωρίας και θα προκαλέσει μόνο σύγχυση.
• Clean up της τάξης του πλαισίου κώδικα συνάρτηση στόχου. Αυτό ταιριάζει με την προηγούμενη αλλαγή της διαγραφής της λειτουργίας χρήστη frame_order.average_position. Οι αλλαγές περιλαμβάνουν την αφαίρεση της σημαίας της βελτιστοποίησης της μετάφρασης, όπως αυτό τώρα εκτελείται πάντα, και την απομάκρυνση της σημαίας που προκαλεί το μέσο σημείο περιστροφής τομέα περιστροφής για να ταιριάζει με το κινησιακών σημείο περιστροφής, όπως αυτά έχουν πλέον μόνιμα αποσυνδεδεμένες.
• Αλφαβητικά παραγγελία των λειτουργιών στην ενότητα lib.frame_order.pseudo_ellipse.
• Αποκλεισμός όλων των μοντέλων «γραμμής» ώστε πλαισίου, δεδομένου ότι δεν έχουν υλοποιηθεί ακόμη. Αυτό είναι ακριβώς κωδικός frontend -. Το backend δεν υπάρχει
• Ενημερώθηκε η ισοτροπική κώνο CaM σενάριο μοντέλο δοκιμής προκειμένου πλαίσιο βελτιστοποίησης. Λόγω όλων των αλλαγών στην ανάλυση προκειμένου πλαίσιο, το παλιό σενάριο δεν ήταν πλέον λειτουργικό.
• Δημιουργήθηκε ένα σενάριο για τα μοντέλα της δοκιμής, προκειμένου πλαίσιο CaM για την εύρεση της μέσης θέσης του τομέα. Όπως έχει εξαλειφθεί η περιστροφή γύρω από σταθερό άξονα, η μετάβαση από 1J7P_1st_NH_rot.pdb να 1J7P_1st_NH.pdb πρέπει να μετατραπεί σε μετάφραση και περιστροφή γύρω από τον ΚΟΑ. Αυτό το σενάριο θα πρέπει να χρησιμοποιηθεί για να αντικαταστήσει την περιστροφή γύρω από άξονα Euler γωνίες με το φορέα μετάφραση και η περιστροφή γωνίες Euler ΚΟΑ. Ωστόσο, η λειτουργία structure.superimpose χρήστης θα πρέπει να τροποποιηθεί για να χειριστεί τόσο το πρότυπο υπέρθεση κέντρο βάρους, καθώς και μια υπέρθεση ΚΟΑ.
• Ενημέρωση του πλαισίου CaM τεστ προκειμένου μοντέλο υπέρθεση σενάριο. Η λειτουργία structure.superimpose χρήστης είναι σωστά ονομάζεται. Το αρχείο καταγραφής εξόδου έχει προστεθεί στο αποθετήριο, καθώς περιέχει τη σωστή μετάφραση και Euler πληροφορία περιστροφής που απαιτείται για τα μοντέλα της δοκιμής.
• ενημέρωση Παράμετρος για την ισοτροπική κώνο CaM σενάριο μοντέλο δοκιμής προκειμένου πλαίσιο βελτιστοποίησης. Η Euler γωνίες για την περιστροφή γύρω από τον άξονα κινησιακών έχουν αντικατασταθεί από τις παραμέτρους περιστροφής Δημάρχων φορέα μετάφραση και η γωνία Euler.
• Fix για έναν αριθμό από τα μοντέλα ώστε πλαισίου που δεν έχουν περιορισμούς παράμετρο. Η λειτουργία linear_constraint () επιστρέφει a, b = [], [] για τα μοντέλα αυτά, αλλά αυτά τα κενά συστοιχίες NumPy προκαλούσαν η βιβλιοθήκη minfx να αποτύχει. Αυτές οι τιμές είναι τώρα που αλιεύονται και ο αλγόριθμος περιορισμός απενεργοποιημένη στο () συγκεκριμένη μέθοδο ελαχιστοποίηση API.
• Αυξημένη την ακρίβεια όλων των στοιχείων στο πλαίσιο CaM δοκιμών προκειμένου γενιά βάσης δεδομένων σεναρίου. Αυτά όλα έχουν μετατραπεί από float16 να float64 NumPy τύπους.
• Fix για τη ρύθμιση σφάλματος RDC στο πλαίσιο CaM δοκιμών προκειμένου γενιά βάσης δεδομένων σεναρίου. Η δομή των δεδομένων rdc_err βρίσκεται στα interatomic δοχεία δεδομένα, δεν τα δοχεία γύρισμα.
• Τροποποίηση του τμήματος κατασκευής φόρτωσης του πλαισίου CaM βάση παραγωγής ψηφιακών δεδομένων προκειμένου σενάριο. Οι δομές τώρα μόνο φορτωθεί εάν η σημαία DIST_PDB έχει οριστεί, όπως αυτοί χρησιμοποιούνται μόνο για την παραγωγή του διανομή 3D δομών. Αυτό εξοικονομεί πολύ χρόνο και τη μνήμη του υπολογιστή.
• Τεράστια επιτάχυνση του πλαισίου CaM βάσης γενιά δεδομένα δοκιμών προκειμένου σενάριο. Με τη χρήση πολυδιάστατους πίνακες NumPy για την αποθήκευση των ατομικών θέσεων και των φορέων μονάδα XH όλων των γυρισμάτων, και εκτελεί τις περιστροφές σε αυτές τις δομές, χρησιμοποιώντας numpy.tensordot (), οι υπολογισμοί είναι τώρα ένα παράγοντα 10 φορές πιο γρήγορα. Η ένδειξη προόδου έπρεπε να αλλάξει για να δείξει κάθε 1000 αντί για 100 επαναλήψεις. Οι περιστροφές των θέσεων και των φορέων τώρα εκτελούνται διαδοχικά, κατά λάθος τον καθορισμό ενός bug με τα μοντέλα διπλό κίνησης (δηλαδή το μοντέλο «διπλό ρότορα»).
• Τροποποιημένο το πλαίσιο CaM τεστ προκειμένου βάσης δεδομένων γενιά σενάριο για τη διατήρηση της μνήμης RAM του υπολογιστή. Ο φορέας XH και δομών ατομικό δεδομένα θέσης για όλες τις περιστροφές N είναι τώρα της numpy.float32 όχι τύπου numpy.float64. Η κύρια αλλαγή είναι για τον υπολογισμό των κατά μέσο όρο ΠΕΔ και κατά μέσο όρο PCSs χωριστά, διαγράφοντας τις Ν-μεγέθους δομές δεδομένων τη στιγμή που τα αρχεία δεδομένων γραμμένο.
• Πλήρης επανασχεδιασμός του πλαισίου CaM παραγωγής ψηφιακών δεδομένων προκειμένου σενάριο βάσης για την εξοικονόμηση ταχύτητα και τη μνήμη. Παρά το γεγονός ότι ο φορέας περιστραφεί XH ομολόγων και ατομικό κωδικό θέσης ήταν πολύ γρήγορη, το ποσό της μνήμης που απαιτείται για την αποθήκευση αυτών των δοχείων περιστροφή και interatomic δοχεία δεδομένα ήταν τεράστια όταν Ν & gt? 1Ε6. Οι επόμενες rdc.back_calc και ο χρήστης pcs.back_calc κλήσεων λειτουργίας θα λαμβάνει επίσης πάρα πολύ καιρό. Ως εκ τούτου, το σενάριο βάσης έχει επανασχεδιαστεί. Η μέθοδος _create_distribution () έχει χωριστεί σε τέσσερις: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), και _pipe_setup (). Η μέθοδος _pipe_setup () καλείται πρώτα να ρυθμίσετε το σωλήνα δεδομένων με όλα τα απαιτούμενα στοιχεία. Στη συνέχεια, η _calculate_rdc () και _calculate_pcs () μεθόδους, και τελικά _create_distribution () εάν η σημαία DIST_PDB έχει οριστεί. Οι κλήσεις προς τις λειτουργίες του χρήστη rdc.back_calc και pcs.back_calc έχουν εξαλειφθεί. Αντ 'αυτού η _calculate_rdc () και _calculate_pcs () μέθοδοι υπολογίζουν το μέσο όρο RDC και PCS τους εαυτούς τους ως NumPy δομές array. Αντί να αποθηκεύσετε το τεράστιο περιστραφεί φορείς και ατομικές δομές δεδομένων θέσεις, οι ΠΕΔ και PCSs αθροίζονται. Αυτά στη συνέχεια διαιρούνται με self.N στο τέλος για να ο μέσος όρος των τιμών. Σε σύγκριση με τον παλιό κωδικό, όταν N έχει οριστεί σε 20 εκατομμύρια η χρήση μνήμης RAM πέφτει από ~ 20 GB έως ~ 65 MB. Ο συνολικός χρόνος λειτουργίας μειώνεται επίσης σε ένα σύστημα από μερικές ημέρες έως μερικές ώρες (παραγγελία ή δύο μεγέθους).
• Άλλαξε το μετρητή ενημέρωση προόδου για το πλαίσιο CaM δοκιμών προκειμένου γενιά βάσης δεδομένων σεναρίου. Η κλωστή ήταν πάρα πολύ γρήγορα, ενημέρωση κάθε 5 βήματα, και τώρα ενημερώνεται κάθε 250. Και ο συνολικός αριθμός είναι τώρα μόνο εκτυπώνεται κάθε 10.000 βήματα.
• Βελτιώσεις στο μετρητή προόδου για το πλαίσιο CaM βάσης γενιά δεδομένα δοκιμών προκειμένου σενάριο. Κόμματα είναι πλέον τυπωμένες μεταξύ των χιλιάδων και οι αριθμοί είναι τώρα σωστά δικαιολογημένη.
• Μεγάλη αύξηση της ακρίβειας της RDC και PCS μέσου όρου. Αυτό είναι για το πλαίσιο CaM βάσης γενιά δεδομένα δοκιμών προκειμένου σενάριο. Αθροίζοντας τα ΠΕΔ και PCSs σε συστοιχίες numpy.float128 1D (για αυτό, απαιτείται ένα σύστημα 64-bit), και στη συνέχεια διαιρώντας με Ν στο τέλος, η μέση τιμή μπορεί να υπολογιστεί με πολύ μεγαλύτερη ακρίβεια. Όπως Ν γίνεται μεγαλύτερο, η αριθμητική μέσου όρου εισάγει μεγαλύτερη και μεγαλύτερες ποσότητες αντικειμένων αποκοπής. Έτσι, η αλλαγή αυτή ανακουφίζει αυτό.
• Fix για το RDC και PCS κατά μέσο όρο στο πλαίσιο CaM δοκιμών προκειμένου γενιά βάσης δεδομένων σεναρίου. Για το διπλό μοντέλο στροφείο, ή οποιοδήποτε μοντέλο πολλαπλής κινησιακών λειτουργία, η κατά μέσο όρο ήταν εσφαλμένη. Αντί της διαίρεσης με Ν, οι τιμές θα πρέπει να διαιρείται με Ν ^ Μ, όπου Μ είναι ο αριθμός των κινησιακών τρόπους.
• Τεράστια αύξηση στην ακρίβεια για τα δεδομένα δοκιμής μοντέλου δωρεάν ρότορα CaM προκειμένου πλαίσιο. Η μεγαλύτερη ακρίβεια είναι επειδή ο αριθμός των δομών στην κατανομή είναι τώρα είκοσι εκατομμύρια και όχι ένα εκατομμύριο, και το πολύ υψηλότερο numpy.float128 ακρίβεια μέσου όρου της βάσης σενάριο ενημερωμένο παραγωγής ψηφιακών δεδομένων έχει χρησιμοποιηθεί. Αυτά τα δεδομένα θα πρέπει να επιτρέπει μια πολύ καλύτερη εκτίμηση των τιμών των παραμέτρων θέσης βήτα και γάμα μέσο όρο τομέα για τις ελεύθερες μοντέλα ρότορα που επηρεάζονται από την κατάρρευση της παραμέτρου άλφα στο μηδέν.
• Τεράστια αύξηση στην ακρίβεια για τα δεδομένα δοκιμής μοντέλου διπλό ρότορα CaM προκειμένου πλαίσιο. Η μεγαλύτερη ακρίβεια είναι επειδή ο αριθμός των δομών στη διανομή είναι τώρα πάνω από είκοσι εκατομμύρια (4500 ^ 2) και όχι από το ένα τέταρτο του εκατομμυρίου (500 ^ 2). Και έχει χρησιμοποιηθεί το πολύ υψηλότερο numpy.float128 ακρίβεια μέσου όρου της βάσης σενάριο επικαιροποιημένο γενιάς των δεδομένων.

• Αλλαγές:



• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:















• Αλλαγές:












































































































Δηλ

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.3.4:

• Χαρακτηριστικά:






• Αλλαγές:






































































• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:








• Αλλαγές:





















































• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:








• Αλλαγές:








































































































































• Bugfixes:

• Αλλαγές:












































































































































































































































• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.3.0:

• Χαρακτηριστικά:



















• Αλλαγές:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.5:

• Αλλαγές:




• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:




• Αλλαγές:
























• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.3:

• Αλλαγές:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.2:

• Αλλαγές:













• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.1:

• Χαρακτηριστικά:













• Αλλαγές:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.0:

• Χαρακτηριστικά:






























• Αλλαγές:


































































- & Gt?

• Χαρακτηριστικά:




• Αλλαγές:























































• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.1:

• Χαρακτηριστικά:






• Αλλαγές:







































































































• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:





















• Αλλαγές:





























































































































































































































































































































• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:







• Αλλαγές:










































• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:


• Αλλαγές:

• Χαρακτηριστικά:









• Αλλαγές:














































































































































• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.2:

• Χαρακτηριστικά:


• Αλλαγές:


























• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.1:

• Αλλαγές:









• Bugfixes:

• Χαρακτηριστικά:













• Αλλαγές:




















































































































• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.1.2:

• Χαρακτηριστικά:





• Αλλαγές:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.1.1:

• Χαρακτηριστικά:










• Αλλαγές:


















































































































































• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.1.0:

• Χαρακτηριστικά:





• Αλλαγές:




































































































































• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.0:

• Χαρακτηριστικά:





















• Αλλαγές:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.3.16:

• Χαρακτηριστικά:


• Αλλαγές:


• Bugfixes:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.3.8:

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.3.6:

Απαιτήσεις :

• Python