SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter είναι ένα γραφικό εργαλείο Python για να διαδραστικά τμήμα στοίβες εικόνα των κυττάρων στον ιστό με την άκρη-ετικέτες & nbsp (γνωστός και ως λευκά περιγράμματα.)?. Οι αλληλεπιδράσεις βασίζονται εξ ολοκλήρου στην επεξεργασία των σπόρων, τα οποία στη συνέχεια επεκτάθηκε από μια λεκάνη απορροής αλγόριθμο. Η κύρια διαφορά μεταξύ των ΥΚΕ και άλλα εργαλεία είναι ότι μπορείτε να τοποθετήσετε περισσότερα από ένα σπόρο ανά κύτταρο, το οποίο μπορεί να σας βοηθήσει να ρυθμίσετε τα όρια των δύσκολων κυττάρων.
SWS είναι χτισμένο στην κορυφή του wxPython, matplotlib, NumPy, SciPy, και mahotas.
Στον πυρήνα της, χρησιμοποιεί μια αστραπιαία αλγόριθμος των λεκανών απορροής (χάρη στο έργο mahotas) και επιτρέπει ενημερώσεις σε πραγματικό χρόνο. Έχει μια απλή (αν γεμάτα) UI και είναι πλήρως διαδραστικό, συμπεριλαμβανομένων ακόμη και σε 1 επίπεδο αναίρεσης.
Η δημοσίευση για ΥΚΕ που δίνει όλες αυτές τις λεπτομέρειες και περισσότερο στην Cytometry Μέρος Α:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Ο πηγαίος κώδικας αντικατοπτρίζεται σε τέσσερις αποθήκες και να PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Το Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Η σελίδα Google Code έχει επίσης κάποια δυαδικά κυκλοφορίες (http://code.google.com/p/seedwater/) που θα πρέπει να εργαστεί για 32-bit των Windows ή 64-bit Linux, αλλά αυτά είναι πλέον παλιά. Παρακαλούμε χρησιμοποιήστε την "easy_install" μέθοδος τώρα.
Για περισσότερες λεπτομέρειες, ανατρέξτε στην Python οδηγίες εγκατάστασης 20XX.txt Μπορεί επίσης να θέλετε να διαβάσετε το εγχειρίδιο: SeedWater Segmenter V xx Manual.txt
Εγκατάσταση και Λειτουργία
Εγκατάσταση είναι τελικά εύκολο!
Στην πραγματικότητα, μπορείτε τώρα "easy_install SeedWaterSegmenter"
Γρήγορες οδηγίες:
Windows / Mac:
& Nbsp? Εγκατάσταση Enthought Python Διανομή http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp? Sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-NumPy python-SciPy python-matplotlib python-απεικόνισης python-xlrd python-xlwt
Σε ένα παράθυρο CMD (πρέπει να εκτελέσετε ως διαχειριστής στα Windows Vista / 7) ή Terminal (Mac / Linux), εκτελέστε:
& Nbsp? Easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Λεπτομερείς οδηγίες:
Η τελευταία έκδοση ονομάζεται:
"Python οδηγίες εγκατάστασης 2012.txt του Αυγούστου»
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Εγκαταστήστε Οδηγίες 2012.txt Αύγουστο

Απαιτήσεις :

< li> Python