Η Spindel είναι μια εναλλακτική προσέγγιση για τη βιολογική αναγνώριση με βάση το μήκος του ριβοσωματικού RNA (rRNA) γονίδιο περιοχές. Σε γενικές γραμμές, οι ευθυγραμμίσεις των αλληλουχιών γονιδίων πρωτογενούς rRNA από διαφορετικά είδη παρουσιάζουν εναλλασσόμενες περιοχές διατήρησης νουκλεοτιδίων και παραλλαγή, τόσο από την άποψη του υποκαταστάσεις νουκλεοτιδίων (κοινώς ονομάζεται "SNPs") και την εισαγωγή / διαγραφή (Indel) γεγονότα. Η παρουσία των indels αποτελέσματα σε ακολουθίες που έχουν διαφορετικά μήκη και εισάγει κενά στην ευθυγράμμιση, συνήθως συμβολίζεται με μια παύλα "-".
Η δική μας αντίληψη για το βιολογικό προσδιορισμό χρησιμοποιεί αλληλουχίες γονιδίων rRNA ως εξής: Τα συντηρημένες περιοχές χρησιμοποιούνται για να καθορίσουν μεταβλητά τμήματα («Spindel υπερμεταβλητές περιοχές»), στην οποία ένας συνδυασμός ακολουθία μήκη είναι χαρακτηριστική του κάθε είδος (ένα "προφίλ Spindel»). Έτσι, κάθε είδος μπορεί να οριστεί από ένα μοναδικό αριθμητικό προφίλ.
Θεωρητικά, μια έρευνα του μόλις 6 υπερμεταβλητές περιοχές με 20 αλληλόμορφα καθένα (ή 11 περιφέρειες με 5 αλληλόμορφα καθένα) είναι αρκετό για να διευκρινίσει το σύνολο ευκαρυωτικών ειδών στη Γη, οι οποίες εκτιμάται ότι θα είναι μεταξύ 5 και 15 εκατομμύρια σε αριθμό. Στην πράξη, Spindel είναι σε θέση να διακρίνει το 93,3% των ευκαρυωτικών ειδών με χαμηλό ενδοειδικές διακύμανσης και του υψηλού φυλογενετική ανάλυση.
Τα σχόλια δεν βρέθηκε