SSuMMo

SSuMMo είναι μια βιβλιοθήκη λειτουργιών για περίπου επαναληπτικό χρησιμοποιώντας hmmer να εκχωρήσετε ακολουθίες σε taxa & nbsp?. Τα αποτελέσματα είναι εξαιρετικά σχολιασμένη δέντρα δείχνουν ότι το γένος / κατανομής του γένους εντός της κοινότητας.
Προγράμματα που περιλαμβάνονται με τον πηγαίο κώδικα περιλαμβάνει εργαλεία για: -
- Φτιάξτε μια ιεραρχική βάση δεδομένων του Hidden Markov Models - dictify.py?
- Κατανομή των ακολουθιών σε αναγνωρισμένους ταξινομική ονόματα - SSUMMO.py?
- Ανάλυση της βιολογικής ποικιλότητας, χρησιμοποιώντας Simpson, του Shannon και άλλα μεθόδους- rankAbundance.py?
- Απεικονίσει τα αποτελέσματα ως cladograms με μια ιδιαίτερη ικανότητα να διασχίζουν εύκολα-συγκρίνουν σύνολα δεδομένων - comparative_results.py
- Μετατροπή των αποτελεσμάτων σε μορφή phyloxml: dict_to_phyloxml.py?
- Κατασκευή html παράσταση - dict_to_html.py.
- Καμπύλες αραίωση οικόπεδο και να υπολογίσετε αντίστοιχους δείκτες βιοποικιλότητας
Python πηγαίος κώδικας παρέχεται εδώ, σχετικά με τον κώδικα της Google. Η προμεταγλωτισμένο ιεραρχική βάση δεδομένων του ΗΜΜ, καθώς και μια βελτιστοποιημένη βάση δεδομένων SQL ταξινόμησης (που χρησιμοποιείται για τη συναγωγή τάξεις του κάθε ταξινομικής κατηγορίας) μπορείτε να το κατεβάσετε από: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Για να εγκαταστήσετε πληροφορίες, ανατρέξτε στο αρχείο readme. Για πληροφορίες για τη χρήση, υπάρχει ένα wiki (παραπάνω), και μία προκαταρκτική Εγχειρίδιο χρήσης έχει προστεθεί στον κορμό SVN

Απαιτήσεις :.

• Python