Πακέτο Staden είναι ένα πλήρως ανεπτυγμένο σύνολο του συνέρχεσθαι αλληλουχία DNA (Gap4), επεξεργασία και εργαλεία ανάλυσης (Spin) για Unix, Linux, MacOSX και MS Windows.
Στο μπροστινό Gap4 υπήρξαν αρκετές ήσσονος σημασίας που ενώνει συναφών
βελτιώσεις στο πώς βαθμολογίες ενώνει Αναζητήστε Εσωτερική ενώνει και η
λειτουργικότητα του κουμπιού align στην Join Editor.
Επίσης συνέπεια να Gap4 είναι οι διάφορες αλλαγές στο io_lib (το
βιβλιοθήκης για όλα τα I / O σε διάφορες μορφές αρχείων trace). Με την προσθήκη
ενός νέου προγράμματος hash_exp επιτρέπει πλέον για τα αρχεία πείραμα να είναι
συνενώνονται μαζί και ευρετήριο. Ο κατάλογος των ονομάτων αρχείων πειράματος
πρέπει Stil να παρέχεται Gap4, αλλά με την προϋπόθεση το περιβάλλον EXP_PATH
μεταβλητή έχει ρυθμιστεί σωστά Gap4 θα είναι σε θέση να προσκομίσει μεμονωμένες
αλληλουχίες από το συνεχόμενα αρχείο πείραμα
Αρχείο. Βελτιώσεις στην διεπαφή χρήστη γι 'αυτό πρέπει ακόμη να
γίνεται.
454 SFF αρχεία είναι τώρα καλύτερα υποστηρίζονται. Οι defsult 454 δείκτες
τώρα εργάζονται, αν και το πρόγραμμα hash_sff μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να παρέχει μια
εναλλακτική στρατηγική δεικτοδότησης (πιθανώς γρηγορότερα σε ορισμένες περιπτώσεις).
Gap4 και Trev έχει επίσης ένα άλλο στυλ εμφάνισης ίχνος για ίχνη που
έχουν ένα δείγμα σάρωσης (κανάλια x4) ανά βάση κλήσης. Σε αυτή την περίπτωση μπορεί να
επίσης να επιστήσω 4 τιμές εμπιστοσύνη αντί του 1 ανά βάση. Αυτές οι ικανότητες
θα επιτρέψει την καλύτερη ενσωμάτωση των Solexa ίχνη όταν ευκολότερα
διαθέσιμες.
Συν φυσικά το συνηθισμένο μείγμα διορθώσεις σφαλμάτων και μικρές τσιμπήματα. Δείτε το
πλήρες αρχείο αλλαγής στοιχεία (μέσω της ιστοσελίδας SourceForge).
Άλλες αξιοσημείωτες αλλαγές
Gap4
Τα σχόλια δεν βρέθηκε