ZOOM Lite

ZOOM Lite είναι μια χαρτογράφηση των δεδομένων αλληλουχίας και την οπτικοποίηση λογισμικού επόμενης γενιάς. Γονιδιώματα χρήστες είσοδο αναφοράς και Illumina / Solexa σύντομο διαβάζει αρχεία ή ΑΒ στερεών χρωματικό χώρο διαβάζει αρχεία σε διάφορες μορφές, όπως * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta κλπ ZOOM εξάγει τα αποτελέσματα της χαρτογράφησης σε αυτές τις βραχυπρόθεσμες διαβάζει την ακολουθία αναφοράς. ZOOM Lite έχει μια γρήγορη και ακριβή πυρήνα χαρτογράφηση βασίζεται σε ένα πρόσφατα σχεδιασμένο θεωρία πολλαπλών απόσταση σπόρους. Τόσο ενιαίο τέλος και αντιστοιχισμένο-end διαβάζει διάφορα μήκη από μπορεί να αντιμετωπιστεί 15bp με 240bp. Οποιοσδήποτε αριθμός των αναντιστοιχιών και μία εισαγωγής / διαγραφής διαφόρων μηκών μεταξύ της ανάγνωσης και της περιοχής-στόχου της στην αλληλουχία αναφοράς επιτρέπονται. Μοναδικά χαρτογραφηθεί αποτελέσματα ή καλύτερα (top N) τα αποτελέσματα για κάθε ανάγνωση θα πρέπει να αναφέρονται σύμφωνα με τις ελάχιστες αναντιστοιχίες και μήκος Indel. Οι βαθμολογίες ποιότητας που χρησιμοποιούνται για την ενίσχυση της ακρίβειας χαρτογράφηση. Βασισμένο στον πυρήνα χαρτογράφηση, ZOOM Lite επιτρέπει στους χρήστες για να φορτώσει τα τοπικά δεδομένα διαβάζονται και δεδομένα ακολουθία αναφοράς, επιλέξτε τη σωστή παραμέτρους, τα δεδομένα διεργασίας υψηλό όγκο παράλληλα μεταξύ έως και τέσσερις επεξεργαστές, παρακολουθεί τα καθήκοντα λειτουργίας, αποθηκεύστε τα αποτελέσματα της χαρτογράφησης, δείτε τα γραφήματα του αποτελεσμάτων της χαρτογράφησης και αποτελέσματα της χαρτογράφησης της παραγωγής είτε * .BED ή * μορφές αρχείων .GFF για περαιτέρω τοπογραφικά με την UCSC πληροφορίες κομματιού του προγράμματος περιήγησης. Αποτελεσμάτων της χαρτογράφησης μπορούν να προβληθούν σε οποιαδήποτε επιθυμητή κλίμακα, από το γράφημα βάθος ανάγνωσης διάρκεια ενός ολόκληρου χρωμοσώματος σε λεπτομέρειες στοιχίσεις μεταξύ διαβάζει και η σειρά αναφοράς. Οι χρήστες εύκολα να πλοηγηθείτε σε περιοχές ενδιαφέροντος απλά μέσω κλικ και σύρετε ή κύλιση. ZOOM Lite είναι ένα παράγωγο του λογισμικού ZOOM Στούντιο

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

Η έκδοση 1.5 περιλαμβάνει SAM μορφή εξαγωγής, αρχιτεκτονική προσαρμόσει, καλύτερη βελτιστοποίηση κώδικα, μικρότερα Πρόγραμμα δυαδικό μέγεθος, και να αναβαθμιστεί engining dabase για καλύτερη απόδοση.