Pathomx

Pathomx (πρώην MetaPath) είναι ένα γραφικό λογισμικό ανοικτού κώδικα εφαρμόζονται σε IPython, Qt και PyQt, έχουν σχεδιαστεί από το μηδέν για να ενεργήσει ως ένα διαδραστικό εργαλείο για την οπτικοποίηση και την ανάλυση των μεταβολικών δεδομένων σύμφωνα με την GNU / Linux και άλλα POSIX & nbsp? Λειτουργίας συστήματα. Αρχικά είχε σχεδιαστεί για να χρησιμοποιηθεί για την επεξεργασία μεταβολομική data.Features σε ένα glanceKey χαρακτηριστικά περιλαμβάνουν υποστήριξη για την εισαγωγή και εξαγωγή NMR (Πυρηνικού Μαγνητικού Συντονισμού), την επεξεργασία φασμάτων, συμπεριλαμβανομένης της εξομάλυνσης, κατακερματισμός και η ευθυγράμμιση, καθώς και μεταβολικό μονοπάτι οπτικοποίηση και την εξόρυξη. Θα είναι επίσης σε θέση να εισάγουν γονιδιωματική και η μεταβολισμική δεδομένων μέσω διαφόρων οδών για την οπτικοποίηση σε συγκεκριμένες οδούς.
Διάφορα MetaCyc σχολιασμούς βάση δεδομένων περιλαμβάνονται επίσης στην εφαρμογή Pathomx, μεταξύ των οποίων μπορούμε να αναφέρουμε τις συνδέσεις ενοποίηση βάσεων δεδομένων, συνώνυμα, καθώς και τις συναφείς οδούς και τις αντιδράσεις. Παρακαλώ σημειώστε ότι η βάση δεδομένων MetaCyc προέρχεται από το δημόσιο API.
Η εφαρμογή χρησιμοποιεί την ισχυρή βάση δεδομένων MetaCyc για την ταχεία διερεύνηση των πολύπλοκων συνόλων δεδομένων, χάρη στην Extensible και διαμορφώσιμες plugins. Επιπλέον, χρησιμοποιεί τις NumPy και SciPy βιβλιοθήκες για τον αριθμό χειρισμό, Matplotlib για γραφήματα, nmrglue για την εισαγωγή των δεδομένων NMR, d3.js για διαδραστικά γραφήματα, και scikit μάθουν για την ανάλυση των στατιστικών methods.Under η κουκούλα και υποστήριξε OSesLooking κάτω από την κουκούλα του Pathomx, μπορούμε να παρατηρήσουμε ότι η αίτηση έχει οικοδομηθεί πάνω σε IPython κέλυφος εντολών. Επίσης, λειτουργεί καλά κάτω από τα λειτουργικά συστήματα Microsoft Windows και Mac OS X, για το οποίο είναι διαθέσιμο για download, όπως προ-χτισμένο δυαδικά πακέτα. Για το GNU / Linux, το λογισμικό έχει διανεμηθεί μόνο ως ένα συμπιεσμένο αρχείο πηγή συμβατό με 32-bit και 64-bit πλατφόρμες υλικού.
Όταν χρησιμοποιείτε Pathomx, οι χρήστες θα πρέπει να έχετε κατά νου ότι η εφαρμογή κάνει χρήση των δεδομένων από το ίδιο μονοπάτι δεδομένων MetaCyc, η οποία αποτελεί μέρος της οικογένειας BioCyc. Η MetaCyc API χρησιμοποιείται για να δημιουργήσει την παρεχόμενη βάση δεδομένων, η οποία είναι αποθηκευμένη τοπικά

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Μια εντελώς νέα drag-drop visual editor προστέθηκε.
• Σας επιτρέπει να δημιουργήσετε ροές εργασιών ανάλυσης, σύροντας τα εργαλεία στο χώρο εργασίας, την επεξεργασία συνδέσεις σύροντας τις γραμμές δεδομένων μεταξύ των εργαλείων, και χρησιμοποιώντας τις απόψεις inline για να πάρετε μια επισκόπηση της τρέχουσας επεξεργασίας.
• Τα δεδομένα μπορούν να πέσει μέσα στο χώρο εργασίας για άμεση εισαγωγή.
• Πρόσθεσε επίσης ζωντανά ανά εργαλείο προόδου κοινοποιήσεις, μπαρ, καθώς και ενδείξεις κατάστασης.
• Λάθη επισημαίνονται με τη βοήθεια κειμένου (επεξηγήσεις, για τα εργαλεία, όταν ενδείκνυται κόκκινο).

Απαιτήσεις :

• Graphviz