Ghost in the Shell 2: Innocence, λαμβάνει χώρα κατά το έτος 2032 και η γραμμή μεταξύ ανθρώπων και μηχανών έχει θολώσει σχεδόν πέρα από τη διάκριση. Οι άνθρωποι έχουν ξεχάσει ότι είναι άνθρωποι και εκείνοι που έχουν απομείνει συνυπάρχουν με cyborgs...