Expression2Kinases

Ολόκληρου του γονιδιώματος προφίλ mRNA παρέχει μια συνοπτική εικόνα της παγκόσμιας κατάσταση των κυττάρων κάτω από διαφορετικές συνθήκες. Ωστόσο, τα επίπεδα mRNA δεν παρέχουν άμεση κατανόηση των ανάντη ρυθμιστικών μηχανισμών. Expression2Kinases (X2K) είναι μια νέα προσέγγιση για τον εντοπισμό ανάντη ρυθμιστικές πιθανόν υπεύθυνο για την παρατηρούμενη αλλαγές στο γονιδίωμα-ευρεία γονιδιακή έκφραση. Με την ενσωμάτωση τσιπ seq / chip και η θέση-βάρους-μήτρες (PWMs) δεδομένα, αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης, και οι αντιδράσεις φωσφορυλίωσης της κινάσης-υπόστρωμα X2K μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον προσδιορισμό ρυθμιστικών μηχανισμών ανάντη διαφορές γονιδιώματος σε επίπεδο γονιδιακής έκφρασης. Η ιδέα είναι πρώτα να συμπεράνουμε τις πιο πιθανές παράγοντες μεταγραφής που ρυθμίζουν τις διαφορές στην γονιδιακή έκφραση, τότε η χρήση αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης για τη σύνδεση των προσδιορισμένων παραγόντων μεταγραφής χρησιμοποιώντας επιπλέον πρωτεΐνες για την οικοδόμηση μεταγραφική ρυθμιστική υποδίκτυα επικεντρώνεται σε αυτούς τους παράγοντες, και, τέλος, χρησιμοποιήστε κινάση υπόστρωμα αντιδράσεις φωσφορυλίωσης πρωτεϊνών, για τον εντοπισμό και των υποψήφιων βαθμό πρωτεΐνη-κινάσες που πιθανότατα ρυθμίζουν τη διαμόρφωση των προσδιορισμένων μεταγραφικών συμπλόκων. X2K περιλαμβάνει επίσης εργαλεία για να εκτελέσει το γονίδιο λίστα αναλύει τον εμπλουτισμό και την πρόβλεψη των φαρμάκων που μπορεί να ανατρέψει ή να επιδεινώσει τις αλλαγές στη γονιδιακή έκφραση. . Η προσέγγιση X2K μπορεί να διευρύνει την κατανόηση της κυτταρικής σηματοδότησης και να ξετυλίγει μηχανισμούς φάρμακα της δράσης

Απαιτήσεις :

Java Runtime Environment 6.0