QuasiRecomb

QuasiRecomb είναι μια ελαφριά εφαρμογή που τρέχει στην κονσόλα εντολών, προσομοιώνοντας ένα μοντέλο Markov για την παραγωγή τύπος ιού. Περιγράφει την παραγωγή του τύπου ιού και μια μέθοδο να συμπεράνουμε τις παραμέτρους του από την ανάλυση των δεδομένων αλληλούχισης επόμενης γενιάς. Το μοντέλο έχει επικυρωθεί σε δεδομένα προσομοίωσης, που δείχνει το πλεονέκτημα που λαμβάνει ρητά τη διαδικασία ανασυνδυασμού υπόψη, και εξετάζονται με την εφαρμογή να διαβάζει ληφθούν από πειραματικά δείγματα του ιού HIV. Προσφέρει μια υλοποίηση του αλγορίθμου EM για να βρείτε εκτιμήσεις μέγιστης εκ των υστέρων των παραμέτρων του μοντέλου και μια μέθοδο για την εκτίμηση της κατανομής στελεχών του ιού στα οιονεί είδους

Απαιτήσεις :.

Java