STEME

Το έργο STEME άρχισε τη ζωή ως μια προσέγγιση για τον αλγόριθμο μεγιστοποίησης-Προσδοκία για τον τύπο του μοντέλου που χρησιμοποιείται σε ανιχνευτές μοτίβο όπως MEME.
STEME & rsquo? S ΕΜ προσέγγιση τρέχει μια τάξη μεγέθους πιο γρήγορα από ό, τι η εφαρμογή MEME για τυπικές ρυθμίσεις παραμέτρων. STEME έχει πλέον εξελιχθεί σε μια ολοκληρωμένη εύρεσης μοτίβο από μόνη της.
Γιατί να χρησιμοποιήσετε STEME;
Δοκιμασμένες τεχνικές ανεύρεσης μοτίβο
STEME βασίζεται στη δοκιμασμένη και δοκιμασμένο αλγόριθμο MEME. MEME είναι ένα από τα πιο ώριμα και δημοφιλείς ανιχνευτές μοτίβο. Ήταν ένας από τους κορυφαίους καλλιτέχνες στην Tompa κ.ά. & rsquo?. S σύγκριση αναφοράς των μετρητών μοτίβο.
Σχεδιασμένο για μεγάλα σύνολα δεδομένων
STEME έχει σχεδιαστεί για να χρησιμοποιηθεί με το είδος των μεγάλων συνόλων δεδομένων τυπικά παράγονται από τη σύγχρονη βιολογικά πειράματα. STEME έχει δοκιμαστεί στην είσοδο σε δεκάδες μεγαβάσεων, αλλά δεν υπάρχει κανένας λόγος για τον οποίο δεν πρέπει να χρησιμοποιείται για μεγαλύτερα σύνολα δεδομένων.
Γρήγορα
STEME είναι γρήγορη. Συνήθως μοτίβο ανιχνευτές έχουν χρόνο εκτέλεσης που αναπτύσσεται γρήγορα με το μέγεθος της εισόδου. Λόγω STEME & rsquo? S χρήση των δένδρων επιθεμάτων δεν πάσχουν από αυτό το πρόβλημα. STEME παρέχει επιλογές για τον έλεγχο της εκτέλεσης, έτσι ώστε ο χρήστης να ελέγχει πόσο καιρό είναι διατεθειμένοι να περιμένουν για τα αποτελέσματα.
Ευέλικτα μοντέλα μοτίβο
Πολλοί ανιχνευτές μοτίβο (ιδιαίτερα γρήγορα enumerative ανιχνευτές μοτίβο) χρησιμοποιούν συναινετικές αλληλουχίες, όπως τα μοντέλα των θέσεων πρόσδεσης. Αυτά δεν είναι τόσο ευέλικτη όσο PWMs που STEME χρήσεις και δεν μπορεί να συλλάβει το ίδιο φάσμα των μοτίβων ως PWMs.
Εύχρηστος
STEME παράγει έξοδο σε MEME & rsquo? S καθιερωμένη μορφή που καθιστά εύκολο στη χρήση σε κατάντη εργαλεία. STEME & rsquo? Εξόδου S έχει δοκιμαστεί με εργαλεία από MEME, BioPython και BioPerl.
Ακριβείς υπολογισμούς σημασία
STEME & rsquo? Οι υπολογισμοί σημασία ειδικά σχεδιασμένη με μεγάλα σύνολα δεδομένων στο μυαλό. Ανιχνευτές μοτίβο που δεν έχουν γραφτεί για μεγάλα σύνολα δεδομένων μπορεί συχνά να υπολογίσει σωστά άσχημα τη σημασία των μοτίβων που βρίσκουν. Αυτό είναι ένα ιδιαίτερα ύπουλη πρόβλημα και δύσκολο για το χρήστη να αναγνωρίσει.
Διατίθεται ως υπηρεσία Ιστού
STEME μπορεί να εγκατασταθεί τοπικά στον υπολογιστή σας ή μπορεί να τρέξει πάνω από το διαδίκτυο σχετικά με τους διακομιστές μας.
Πακέτο Τεκμηρίωσης

Απαιτήσεις :

• Python