Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer (γνωστός και ως DeepView) είναι μια εφαρμογή που παρέχει ένα φιλικό προς το χρήστη interface που επιτρέπει να αναλύσει αρκετές πρωτεΐνες ταυτόχρονα. Οι πρωτεΐνες μπορούν να τοποθετούνται έτσι ώστε να συμπεράνουμε διαρθρωτικές ευθυγραμμίσεις και συγκρίνετε ενεργές θέσεις τους ή οποιαδήποτε άλλα σχετικά μέρη. Μεταλλάξεις αμινοξέων, Η-ομόλογα, γωνίες και αποστάσεις μεταξύ των ατόμων είναι εύκολο να επιτευχθεί χάρη στο διαισθητικό γραφικό περιβάλλον και μενού.

Swiss-PdbViewer (γνωστός και ως DeepView) έχει αναπτυχθεί από το 1994 από τον Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer είναι στενά συνδεδεμένη με SWISS-MODEL, ένα αυτοματοποιημένο διακομιστή ομολογία μοντέλων που αναπτύχθηκαν στο Ελβετικό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (ΚΑΣ) στην Βιοπληροφορική ομάδα των διαρθρωτικών στο Biozentrum στη Βασιλεία.

Εργασία με τα δύο αυτά προγράμματα μειώνει σημαντικά την ποσότητα των εργασιών που απαιτούνται για τη δημιουργία μοντέλων, όπως είναι δυνατό να περαστεί μια πρωτεΐνη πρωτογενή αλληλουχία σε ένα 3D πρότυπο και να πάρετε μια άμεση ανατροφοδότηση για το πόσο καλά το σπείρωμα πρωτεΐνη θα είναι αποδεκτή από την δομή αναφοράς πριν από την υποβολή της αίτησης για την κατασκευή λείπουν βρόχους και να τελειοποιήσουν πλευρικής αλυσίδας συσκευασίας.

Swiss-PdbViewer μπορεί επίσης να διαβάσει χάρτες πυκνότητας ηλεκτρονίων, και παρέχει διάφορα εργαλεία για τη δημιουργία μέσα στην πυκνότητα. Επιπλέον, διάφορα εργαλεία μοντελοποίησης είναι δυνατόν να δημιουργούνται ολοκληρωμένη και εντολή των αρχείων για τα δημοφιλή πακέτα ελαχιστοποίησης ενέργειας.

Τέλος, ως ένα ειδικό μπόνους, POV-Ray σκηνές μπορούν να δημιουργηθούν από την τρέχουσα προβολή, ώστε να κάνουν εντυπωσιακές φωτογραφίες ποιότητας ακτίνων-ανιχνευθούν.

Τι είναι καινούργιο σε αυτήν την έκδοση:

• Το άτομο Θυμίνη C6 είναι τώρα σωστά φορτωμένο
  
• Διορθώθηκε η έξοδος ατελείωτες βρόχο POV-Ray για την έκδοση για PC
  
• Η περιστασιακή σύγκρουση με παράλληλη εξοικονόμηση αρχεία ΠΣΠ (όπως 2i37) στο PC έχει καθοριστεί
  
• Ενημέρωση η διεύθυνση της Ουψάλα Electron χάρτη πυκνότητας διακομιστή