Open Babel

Άνοιγμα Babel είναι ένα ανοικτού κώδικα, συνεργατική, δωρεάν και multiplatform λογισμικό βιβλιοθήκη που έχει σχεδιαστεί για να λειτουργεί ως χημική εργαλειοθήκη ειδικά σχεδιασμένοι να αναγνωρίζουν πολλές γλώσσες των χημικών στοιχείων. Είναι απλά βαπτιστεί & ldquo? Το Ανοικτό Χημεία Toolkit & rdquo?. Χαρακτηριστικά σε glanceWith Ανοίξτε Βαβέλ, οι χρήστες θα είναι σε θέση να ψάξει, να αναλύσει, να μετατρέψετε και να αποθηκεύουν δεδομένα από τη χημεία, μοριακή μοντελοποίηση, βιοχημεία, καθώς και άλλα συναφή θέματα. Υποστηρίζει ένα ευρύ φάσμα κοινών μορφές χημικών αρχείων, συμπεριλαμβανομένων των Mol2, SDF / MOL, ΠΠ, XYZ, χαμόγελα, και ΧΜΛ.
Επιπλέον, το Open Βαβέλ παρέχει υποστήριξη εργαλειοθήκη, χημική MIME Ένα πλήρες εξοπλισμένο προγραμματιστή, Smarts προσαρμογέα, ευέλικτο άτομο / ομολόγων Typer, διαγραφή του υδρογόνου και προσθήκη, bitvector τάξη, μήτρας και φορέα μετασχηματισμούς, καθώς και ένα μοριακό τεστ suite.Under την κουκούλα και υποστηριζόμενων λειτουργικών systemsOpen Βαβέλ είναι γραμμένο εξ ολοκλήρου στη γλώσσα προγραμματισμού C ++. Είναι & rsquo? Sa πραγματική cross-platform λογισμικό που υποστηρίζει το GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows και τα λειτουργικά συστήματα Mac OS X. Και οι δύο υπολογιστές 32-bit και 64-bit υποστηρίζονται επίσημα κατά τη στιγμή της γραφής this.Getting ξεκίνησε με το Open BabelFirst απ 'όλα, σας συνιστούμε να εγκαταστήσετε Ανοίξτε Βαβέλ με τη χρήση των προ-χτισμένο δυαδικά πακέτα από τα αποθετήρια προεπιλεγμένο λογισμικό της σας διανομή Linux. Αν το σύστημά σας GNU / Linux doesn & rsquo? T έχουν το λογισμικό ανοικτού Βαβέλ σε repos του, τότε & rsquo? Ll πρέπει να καταρτίζουν και εγκατάσταση της εφαρμογής, χρησιμοποιώντας τις παγκόσμιες πηγές Αρχείο παρέχονται σε Softoware.
Κατεβάστε το συμπιεσμένο αρχείο (αρχείο tar.gz), εξαγάγετε αυτό σε μια τοποθεσία της επιλογής σας, ανοίξτε ένα τερματικό, μεταβείτε στο φάκελο που έχει εξαχθεί και να εκτελέσει το & ldquo?. Cmake & rdquo? εντολή (χωρίς εισαγωγικά) για να ρυθμίσετε το έργο. Στη συνέχεια, θα πρέπει να εκτελέσετε το & ldquo? Να & rdquo? εντολή, χωρίς εισαγωγικά, βέβαια, για να το υπολογίσουν. Παρακαλώ βεβαιωθείτε ότι το εργαλείο CMake σε εγκατασταθεί στο λειτουργικό σας σύστημα πριν από τις παραπάνω οδηγίες

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Αυτή η έκδοση αποτελεί ένα σημαντικό bug-fix-αποδέσμευσης και θα πρέπει να είναι μια σταθερή αναβάθμιση, συνιστάται έντονα για όλους τους χρήστες του Ανοικτού Βαβέλ. Πολλά σφάλματα και βελτιώσεις έχουν προστεθεί κατά το τελευταίο έτος από την 2.3.0 έκδοση.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.2:

• Αυτή η έκδοση αποτελεί μια σημαντική έκδοση bug-fix και είναι μια σταθερή αναβάθμιση, συνιστάται έντονα για όλους τους χρήστες του Ανοικτού Βαβέλ. Αν και δεν μπορεί να υπάρχουν πολλά νέα χαρακτηριστικά, πολλά ατυχήματα και άλλα σφάλματα έχουν καθοριστεί από το 2.2.1.
• αναβαθμιστεί στη νέα InChI 1,02 απελευθέρωσης για την παραγωγή τυποποιημένων InChI και InChIKey εξόδου.
• Σταθερό πολλά λάθη στερεοχημεία κατά την ανάγνωση / γραφή χαμόγελα. Αυτό είναι μέρος ενός μεγαλύτερου έργου, που θα ολοκληρωθεί σε 2,3 απελευθέρωση.
• Σταθερή μεταγλώττισης και εγκατάστασης για Cygwin και MinGW πλατφόρμες.
• Σημαντικά βελτιωμένη αρωματικότητα και εκχώρηση ομολόγων Κέκουλε.
• Βελτιωμένη 2D - & gt? 3D δημιουργία συντεταγμένων
• Βελτιωμένη δημιουργία συντεταγμένων χρησιμοποιώντας την --gen3d λειτουργία γραμμής εντολών
• Βελτιωμένη απόδοση για την δημιουργία συντεταγμένων.
• Νέα --fillUC λειτουργία της γραμμής εντολών για Βαβέλ.
• Διορθώσεις εξαρτάται από το ρΗ προσθήκη υδρογόνου.
• Προστέθηκε υποστήριξη για την ανάγνωση δεδομένων από δονητικά Molden, Molpro, και NWChem αρχεία εξόδου.
• Ενημέρωση ατομική ακτίνα από την πρόσφατη θεωρητικούς υπολογισμούς.
• Διορθώθηκε το σφάλμα κατά την ανάγνωση gzip συμπιεσμένο Mol2 ή XML αρχεία.
• Κλείστε τα αρχεία μετά από ένα σφάλμα. Διορθώνει ένα bug με Pybel όπου τα αρχεία θα παραμείνει ανοικτή.
• Πολλές διορθώσεις σφαλμάτων και πιο μικρές βελτιώσεις χαρακτηριστικό. == Νέες μορφές αρχείων == Import & Export:
• Molpro εισόδου και εξόδου.
• VASP συντεταγμένων αρχεία (CONTCAR και POSCAR).

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.2.1:

• βελτιωμένη διεπαφή scripting, συμπεριλαμβανομένων των Python 3 υποστήριξη και τη βελτίωση της Java και C # υποστήριξη.
• Προστέθηκε υποστήριξη για MACCS δακτυλικά αποτυπώματα. Χάρη στο έργο RDKit.
• Πολλές διορθώσεις και βελτιώσεις στον κώδικα πεδίου δυνάμεων. Ειδικότερα, η εφαρμογή πεδίο δύναμη UFF πρέπει να χειριστεί πολλά περισσότερα μόρια.
• Βελτιωμένη 3D συντεταγμένων γενιά, ιδιαίτερα με θραύσματα του δακτυλίου. Μπορείτε να δώσετε αυτό μια δοκιμή με το obgen χρησιμότητα.
• Διορθώθηκε μια ποικιλία του ΠΣΠ σφάλματα εισαγωγής με τους τύπους άτομο.
• Προστέθηκε υποστήριξη για την ανάγνωση χρεώσεις και ακτίνες από μορφές αρχείων PQR.
• Προστέθηκε υποστήριξη για τα κύτταρα μονάδα ανάγνωσης και γραφής στο ΠΣΠ μορφές.
• Νέα & quot? Εξόδου & quot? μορφή αρχείου για τη λήψη γενόσημων & quot? .out & quot ;, & quot? .log & quot ;, και & quot? .dat & quot? αρχεία και ανάγνωση με κατάλληλο τύπο αρχείων με βάση το περιεχόμενο. Σήμερα λειτουργεί εξαιρετικά καλά για την κβαντική χημεία πακέτα.
• Προστέθηκε βελτιωμένη αντιμετώπιση των λαθών και την υποβολή εκθέσεων, όταν δεν μπορεί να φορτώσει μορφές αρχείων.
• Βελτιωμένη CIF στήριξη μορφή αρχείου.
• Πολλά, πολλά, πολλά επιπλέον διορθώσεις σφαλμάτων και μικρές βελτιώσεις.