goby

γοβιούς είναι ένα Python API για την ανάγνωση δυαδικά αρχεία δεδομένων που δημιουργούνται με τη χρήση του Goby next-gen πλαίσιο διαχείρισης δεδομένων.
Κανονικά, αυτός ο κατάλογος έρχεται ως μέρος του πλήρους πακέτου Goby, διαθέσιμο από:
& Nbsp? Http: //goby.campagnelab.org/
Το πλήρες πακέτο περιλαμβάνει τον πηγαίο κώδικα της Java. Αν έχετε κατεβάσει αυτό το πακέτο από PyPI ή κάποια άλλη πηγή Python ειδικά, μπορεί να έχετε λάβει μόνο το τμήμα Python του κώδικα.
Ανάπτυξη Προειδοποίηση
Οι βιβλιοθήκες Goby Python δεν είναι τόσο ώριμος όσο την εφαρμογή Java. Μπορεί να είναι πιο προβληματικό και δεν προορίζεται για να παρέχει την πλήρη δέσμη των χαρακτηριστικών που βρέθηκε στην έκδοση Java.
Εγκατάσταση:
& Nbsp? 1. Βεβαιωθείτε ότι έχετε την Python 2.5 ή νεότερη έκδοση. Σε περίπτωση αμφιβολίας, εκτελέστε:
python -V
& Nbsp? 2. Κατεβάστε και εγκαταστήστε τα προαπαιτούμενα πακέτα python:
& Nbsp? 1. Ρυθμιστικά πρωτόκολλο
& Nbsp? Διαθέσιμο από http://code.google.com/p/protobuf/ ή PyPI
& Nbsp?
2. pyjavaproperties - Python αντικατάσταση για java.util.Properties
& Nbsp? Διαθέσιμο από http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp? 3. Εγκαταστήστε το πακέτο Goby:
python setup.py εγκαταστήσετε
& Nbsp? Το βήμα αυτό ενδέχεται να απαιτεί προνόμια υπερχρήστη.
Χρήση:
Παράδειγμα σενάρια που να καταδεικνύουν τον τρόπο πρόσβασης στο περιεχόμενο των αρχείων Goby στην Python.
& Nbsp? * Εδώ είναι πώς να σαρώσετε ένα αρχείο ευθυγράμμιση Goby:
& Nbsp? GobyAlignmentStats.py basename
(Οι basename.entries αρχεία και basename.header πρέπει να βγείτε.)
& Nbsp? * Η επόμενη εντολή θα εκτυπώσει το περιεχόμενο ενός αρχείου ευθυγράμμιση όπως κείμενο:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp? * Η επόμενη εντολή θα μετατρέψει ένα συμπαγές διαβάζει το αρχείο σε μορφή FASTA:
GobyCompactToFasta.py file.compact-διαβάζει
& Nbsp? * Η επόμενη εντολή θα εκτυπώσει στατιστικά στοιχεία σχετικά με το περιεχόμενο ενός συμπαγούς διαβάζει το αρχείο:
GobyReadsStats.py file.compact-διαβάζει

Απαιτήσεις :

• Python