Malign

Οι πολλαπλές διαδικασίες ευθυγράμμισης που εφαρμόζονται σε διασύρουν είναι στενές ομοιότητες με εκείνα που χρησιμοποιούνται για να ψάξετε ελάχιστο cladograms μήκος. Οι εντολές λογική και το πρόγραμμα θα είναι σαφές σε όσους είναι εξοικειωμένοι με προγράμματα όπως Hennig86, NONA, και PAUP. Τοπολογίες Ευθυγράμμιση κατασκευάζονται μέσω διαφορετικών αλληλουχιών και βελτιώθηκε με εναλλαγή υποκαταστήματος. Κάθε τοπολογία ευθυγράμμιση δίδει πολλαπλή ευθυγράμμιση και cladograms κατασκευάζονται από την εν λόγω ευθυγράμμιση. Το κόστος του πιο φειδωλή cladogram αποδίδεται στη συνέχεια ως πολλαπλάσιο του κόστους ευθυγράμμισης.