snakemake

Build συστήματα, όπως κάνουν συχνά χρησιμοποιείται για να δημιουργήσει πολύπλοκες ροές εργασίας, π.χ. στη βιοπληροφορική & nbsp?. snakemake έχει ως στόχο να μειωθεί η πολυπλοκότητα της δημιουργίας ροών εργασίας, παρέχοντας ένα καθαρό και σύγχρονο τομέα συγκεκριμένης γλώσσας προδιαγραφών (DSL) στο στυλ πύθωνα, μαζί με ένα γρήγορο και άνετο περιβάλλον εκτέλεσης.
installation
- Στο Ubuntu 12.04, μπορείτε να εγκαταστήσετε το πακέτο Debian είναι διαθέσιμο python3-snakemake στο αποθετήριο Launchpad μας.
- Σε άλλα συστήματα, θα πρέπει να έχετε μια εγκατάσταση της Python εργασίας> = 3.2. Ανάλογα με το σύστημά σας, μπορείτε στη συνέχεια να εγκαταστήσετε snakemake με την έκδοση είτε easy_install snakemake ή easy_install3 snakemake στη γραμμή εντολών. Αν δεν έχετε προνόμια διαχειριστή, ρίξτε μια ματιά στο επιχείρημα --user του easy_install.
- Τέλος, snakemake μπορεί να εγκατασταθεί χειροκίνητα κατεβάζοντας το αρχείο πηγαίου κώδικα από pypi.
Χρήση
Snakemake προσφέρει μια απλή DSL για να περιγράψει τις ροές εργασίας που δημιουργούν αρχεία σε πολλά επόμενα βήματα:
δείγματα = ["01", "02"]
# Προαιρετικά να ορίσετε έναν κατάλογο όπου θα πρέπει να γίνει η δουλειά.
workdir: "path / to / workdir"
# Παρόμοιο να κάνει, καθορίζουν εικονική κανόνες που δρουν ως στόχους κατασκευής.
αποκλείσει όλα:
& Nbsp? Εισόδου: "diffexpr.tsv", ...
αποφανθεί συνοπτικά τα εξής:
& Nbsp? Εισόδου: "{} δείγμα .mapped.bam" .format (δείγμα = s) για s σε δείγματα
& Nbsp? Εξόδου: "diffexpr.tsv"
& Nbsp? Τρέχει:
& Nbsp? # ... Παρέχουν κάποια κώδικα python για να παράγει την έξοδο από τα αρχεία εισόδου
& Nbsp? # Π.χ. αρχεία εισόδου πρόσβαση από το δείκτη
& Nbsp? Εισόδου [1]
& Nbsp? # Τιμές πρόσβασης μπαλαντέρ
& Nbsp? Wildcards.sample
& Nbsp? # Τρέξει εύκολα εντολές του κελύφους αυτόματα χρησιμοποιώντας το προεπιλεγμένο κέλυφος σας, ενώ έχει άμεση πρόσβαση
& Nbsp? # Σε όλες τις τοπικές και παγκόσμιες μεταβλητές με τη μορφή μικρή γλώσσα
& Nbsp? Κλωστές = 6
& Nbsp? Κέλυφος («--threads somecommand {νήματα} {εισόδου [0]} {εξόδου [0]}")
αποφανθεί map_reads:
& Nbsp? # Εκχωρήσετε ονόματα για τα αρχεία εισόδου και εξόδου
& Nbsp? Εισόδου: διαβάζει = "{} δείγμα .fastq", hg19 = "hg19.fasta"
& Nbsp? # Αρχεία εξόδου σήματος να είναι προστατευμένη από εγγραφή μετά τη δημιουργία
& Nbsp? Εξόδου: χαρτογραφηθεί = προστατευμένο ("{} δείγμα .mapped.sai")
& Nbsp? # Καθορίζουν Προαιρετικά τα μηνύματα που εμφανίζονται αντί της γενικής περιγραφής κανόνα σχετικά με την εκτέλεση του κανόνα:
& Nbsp? Μήνυμα: "Χαρτογράφηση διαβάζει {} input.hg19"
& Nbsp? Νήματα: 8
& Nbsp? Κέλυφος:
& Nbsp? # Παρέχουν άμεσα εντολές του κελύφους (σε ένα πολυ ή ενιαία γραμμή χορδών) αν σύνταξη της Python δεν είναι απαραίτητη.
& Nbsp? # Ξανά, οι παγκόσμιες και τοπικές μεταβλητές μπορούν να προσπελαστούν μέσω του μικρή γλώσσα μορφή.
& Nbsp? # Επιπλέον, ο αριθμός των νημάτων που χρησιμοποιούνται από τον κανόνα μπορεί να προσδιοριστεί. Ο προγραμματιστής snakemake εξασφαλίζει ότι ο κανόνας λειτουργεί με τον καθορισμένο αριθμό των νημάτων εάν αρκετά πυρήνες που διατίθενται μέσω της επιλογής -j γραμμή εντολών.
& Nbsp? "" "
& Nbsp? BWA ALN-t {νήματα} {} {input.hg19 input.reads}> {} output.mapped
& Nbsp? Μερικοί --Άλλα --command
& Nbsp? "" "
Λαμβάνοντας υπόψη ένα "Snakefile" με μια τέτοια σύνταξη, η ροή εργασίας μπορεί να εκτελεστεί (π.χ. χρησιμοποιώντας έως 6 παράλληλες διαδικασίες) με issueing:
& Nbsp? Snakemake -j6 -s Snakefile
Για περισσότερες λεπτομέρειες παρακαλούμε δείτε το φροντιστήριο

Χαρακτηριστικά :.

• Ορίστε τις ροές εργασιών με τρόπο κειμένου με τους κανόνες γραφής πώς να δημιουργήσετε εξόδου αρχεία από τα αρχεία εισόδου σε μια σύνταξη απλή πύθωνα βάση. Σε αντίθεση με το GNU make (που είναι κυρίως ένα σύστημα κατασκευής), snakemake επιτρέπει σε ένα κράτος να δημιουργήσει πολλαπλά αρχεία εξόδου.
• Snakemake υπολογίζει αυτόματα τα οποία πρέπει να εκτελούνται κανόνες για τη δημιουργία της επιθυμητής εξόδου.
• Τόσο κέλυφος κανόνες που βασίζονται, καθώς και την πλήρη σύνταξη της Python μέσα σε ένα κανόνα υποστηρίζεται. Εντολές της Shell έχουν άμεση πρόσβαση σε όλα τα τοπικά και παγκόσμια μεταβλητές Python.
• Όπως GNU κάνουν, snakemake να προγραμματίσετε παράλληλες εκτελέσεις κανόνα, όπου είναι δυνατόν. Περαιτέρω, μεταξύ κανόνας παραλληλισμού μπορεί να συνδυαστεί με τις ενδοκοινοτικές πράξεις κανόνα παραλληλισμού (π.χ. νήματα) και snakemake εξασφαλίζει ότι ο αριθμός των πυρήνων που χρησιμοποιούνται δεν πρέπει να υπερβαίνει την δεδομένη τιμή.
• Τα αρχεία μπορούν να επισημαίνονται ως προσωρινή (δηλαδή μπορούν να διαγράφονται όταν δεν χρειάζονται πια) ή προστατευόμενη (δηλαδή θα πρέπει να προστατεύεται από εγγραφή μετά τη δημιουργία του).

Αρχεία
• εισόδου και εξόδου μπορεί να περιέχει πολλαπλά ονομάζονται wildcards.

Αρχεία
• εισόδου και εξόδου μπορεί να ονομαστεί έτσι ώστε η αντιμετώπισή τους στο εσωτερικό του κανόνα γίνεται εύχρηστο.
• Ένας χάρτης-μείωση, όπως η λειτουργικότητα επιτυγχάνεται χρησιμοποιώντας το εύκολο να διαβάσει python σύνταξη λίστα κατανόηση.
• Ως ένα πειραματικό χαρακτηριστικό, snakemake μπορεί να τρέξει σε ένα σύμπλεγμα καθορίζοντας την εντολή να υποβάλει (π.χ. qsub για το Sun Grid Engine).

Απαιτήσεις :

• Python