tigreBrowser

tigreBrowser είναι μια έκφραση των γονιδίων του προγράμματος περιήγησης μοντέλο για τα αποτελέσματα από το πακέτο R Tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Εγκατάσταση:
tigreBrowser απαιτεί Python έκδοση> = 2.5. tigreBrowser μπορεί να εγκατασταθεί με την ακόλουθη εντολή:
python setup.py εγκαταστήσετε
Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με την εγκατάσταση μονάδων Python (για παράδειγμα, η εγκατάσταση χωρίς δικαιώματα root μόνο για τον τρέχοντα χρήστη), βλέπε http://docs.python.org/install/
σέρβερ Έναρξη
Ο web server που περιλαμβάνονται στο tigreBrowser πρέπει να τρέχει για να χρησιμοποιήσετε το πραγματικό πρόγραμμα περιήγησης αποτέλεσμα.
Θα χρειαστείτε ένα αρχείο βάσης δεδομένων που δημιουργείται από το πακέτο R Tigre (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Αυτό το πακέτο περιέχει ένα αρχείο βάσης δεδομένων της δοκιμής «database.sqlite», η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον έλεγχο tigreBrowser. Η βάση δεδομένων δοκιμή παρήχθη χρησιμοποιώντας τις οδηγίες και παράδειγμα δεδομένα που περιλαμβάνονται στο πακέτο Tigre.
Εκτέλεση tigreServer.py για να ξεκινήσει η γραφική διεπαφή χρήστη του διακομιστή. Για να ξεκινήσετε το πρόγραμμα περιήγησης αποτέλεσμα, πρέπει πρώτα να επιλέξετε ένα αρχείο βάσης δεδομένων της οποίας τα αποτελέσματα θα εμφανίζονται. Αυτό μπορεί να επιτευχθεί με την επιλογή «Άνοιγμα αρχείου βάσης δεδομένων» και επιλέγοντας ένα αρχείο βάσης δεδομένων. Το αρχείο της βάσης δεδομένων δεν πρέπει να έχει δικαιώματα εγγραφής. Ο διακομιστής μπορεί στη συνέχεια να ξεκινήσει κάνοντας κλικ στο «Έναρξη του διακομιστή». Όταν κάνετε κλικ, ένα σήμα εμφανίζεται κάτω από τα κουμπιά για να δείξει το URL του browser αποτέλεσμα.
Το πρόγραμμα περιήγησης αποτέλεσμα είναι πλέον προσβάσιμα σε αυτή τη διεύθυνση URL χρησιμοποιώντας μια κανονική web browser. Οδηγίες για τη χρήση του προγράμματος περιήγησης είναι στην επόμενη ενότητα του παρόντος εγχειριδίου. Το πρόγραμμα περιήγησης είναι διαθέσιμη μέχρι ο διακομιστής σταματήσει με το κουμπί 'Διακοπή του διακομιστή ».
tigreServer.py μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί με μια διεπαφή γραμμής εντολών. Ξεκινήστε το σενάριο με «--help 'επιλογή για περισσότερες λεπτομέρειες.
Χρήση του προγράμματος περιήγησης
Dataset επιλογή
Η επιλογή του συνόλου δεδομένων καθορίζει ποια αποτελέσματα θα είναι ορατά στην λίστα αποτελεσμάτων και με ποια σειρά. Η επιλογή πείραμα που χρησιμοποιείται για να επιλέξετε το σύνολο των πειραμάτων. Μόνο τα αποτελέσματα από τα πειράματα αυτά θα εμφανίζονται στη λίστα.
Επόμενη στην επιλογή δέσμη είναι η επιλογή του μεταγραφικού παράγοντα (TF) ή ένα σύνολο στόχων, ανάλογα με το αν έχει ρυθμιστεί το πρόγραμμα περιήγησης αποτέλεσμα να Target κατάταξη mode, ή ρυθμιστή κατάταξη (βλ εγκατάσταση). Σε λειτουργία στόχου κατάταξη, η επιλογή TF είναι διαθέσιμη και η λίστα αποτελεσμάτων περιέχει αποτελέσματα για διαφορετικούς στόχους με τη δεδομένη TF. Σε λειτουργία ρυθμιστή κατάταξη, το στόχο που έχει επιλεγεί και η λίστα θα εμφανίσει αποτελέσματα για διαφορετικές ρυθμιστικές αρχές.
Καθώς ο αριθμός των αποτελεσμάτων μπορεί να είναι υψηλό, τα αποτελέσματα ενδέχεται να διαιρείται σε πολλαπλές σελίδες. "Αριθμός των γονιδίων ανά σελίδα" επιλογή μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να ρυθμίσετε τον αριθμό των αποτελεσμάτων έδειξε. Μπορεί να είναι χρήσιμο να μειωθεί ο αριθμός των αποτελεσμάτων, εάν η σελίδα φορτώνει αργά λόγω του τεράστιου αριθμού των εικόνων.
Τέλος, η σειρά με την οποία τα αποτελέσματα έδειξαν μπορούν να τροποποιηθούν με την "Ταξινόμηση κατά" επιλογή. Τα αποτελέσματα θα ταξινομούνται descendingly από το δεδομένο κριτήριο.
Φιλτράρισμα
Τα αποτελέσματα μπορούν να φιλτραριστούν από διαφορετικά κριτήρια. Κάποιος μπορεί, για παράδειγμα, δείχνουν μόνο τα αποτελέσματα για τα γονίδια που έχουν z-score μεγαλύτερο από ένα ορισμένο όριο.
Είναι δυνατόν να συνδυαστούν πολλαπλά κριτήρια κατά το φιλτράρισμα. «[+]" Σύνδεση μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να προσθέσετε ένα άλλο κριτήριο. Ένα κριτήριο μπορεί να αφαιρεθεί παρομοίως χρησιμοποιώντας το "[-]" σύνδεσμος (δεν έδειξαν όταν υπάρχει μόνο ένα κριτήριο). Όταν τα πολλαπλά κριτήρια που χρησιμοποιήθηκαν, το αποτέλεσμα γονίδιο που πρέπει να πληροί όλα τα κριτήρια που πρέπει να έδειξε στη λίστα.
Φιλτράρισμα ενεργοποιείται με τη χρήση «Εφαρμογή φίλτρων" κουτάκι.
Υπογραμμίζοντας
Αν γονιδίων στη βάση δεδομένων περιλαμβάνουν συμπληρωματικά στοιχεία, τα αποτελέσματα μπορούν να επισημανθούν χρησιμοποιώντας αυτά τα δεδομένα. Οι διαθέσιμες επιλογές τονίζοντας έδειξε με τα χρώματα που συνδέονται με αυτές τις επιλογές.
Οι αναδεικνύοντας έργα δείχνοντας χρωματιστά κουτιά κάτω από τα ονόματα στήλη στην λίστα αποτελεσμάτων για τα γονίδια που έχουν συμπληρωματικά στοιχεία που να ταιριάζει με την επιλογή.
Έρευνα
Είναι δυνατή η αναζήτηση αποτελέσματα για τις δεδομένες γονίδια. Τα έργα αναζήτηση πληκτρολογώντας χωρισμένες με κόμμα λίστα των γονιδίων ή του ανιχνευτή ονόματα στο πλαίσιο αναζήτησης. Ψευδώνυμα γονίδιο μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί ως είσοδος αναζήτησης.
Εμφάνιση αποτελεσμάτων
Τα αποτελέσματα για την επιλογή του συνόλου δεδομένων, φίλτρα, τονίζει και η αναζήτηση θα προβληθούν όταν "Αποστολή" κουμπί έχει πατηθεί. Η βάση δεδομένων τότε θα ερωτηθούν για τα αποτελέσματα που ταιριάζουν με τη συγκεκριμένη επιλογή. "Reset" κουμπί μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να καθαρίσει όλες τις επιλογές και textfields.
Η λίστα αποτελεσμάτων περιέχει πολλές στήλες. Στην πρώτη στήλη ένα όνομα ανιχνευτής εμφανίζεται με ένα GENENAME συνδέεται με τον ανιχνευτή. Δίπλα στο όνομα του γονιδίου, η έκφραση του γονιδίου φιγούρα αν κάποιος ορίζεται στη βάση δεδομένων. Η ακόλουθη στήλη περιέχει τα πραγματικά αποτελέσματα για τα γονίδια. Τυχόν συμπληρωματικά στοιχεία εμφανίζεται επίσης εδώ. Στοιχεία πείραμα θα πρέπει να εμφανίζονται μαζί με τις αξίες αποτέλεσμα.
. Τέλος, οι παράμετροι του πειράματος, αν εισαχθεί στη βάση δεδομένων, θα εμφανιστεί ως ένα τραπέζι δίπλα στα στοιχεία

Απαιτήσεις :

• Python