Το σύστημα συγκριτικής αξιολόγησης Βιοπληροφορική είναι μια προσπάθεια να οικοδομήσουμε ένα λογικό πλαίσιο δοκιμών, δοκιμές, και τα δεδομένα, ώστε οι τελικοί χρήστες και οι προμηθευτές να εξετάσουν την απόδοση των συστημάτων τους.
Αυτό που προσπαθούμε να κάνουμε είναι να δημιουργήσει ένα πλαίσιο για τη δοκιμή, και ένα βασικό σύνολο δοκιμών που όλοι μπορούν να κατεβάσετε και να χρησιμοποιήσετε για να εξετάσουν συγκεκριμένα στοιχεία των επιδόσεων των συστημάτων.
Επιπλέον, η πηγή για αυτές τις εξετάσεις είναι διαθέσιμα υπό την GPL, και φιλοξενούνται σε Bioinformatics.org και Scalable Πληροφορικής LLC Η ιδέα είναι να επιτρέψει στους τελικούς χρήστες, τους καταναλωτές, τους προγραμματιστές συστημάτων, και άλλοι για να δημιουργήσετε εύκολα και να χρησιμοποιούν ουσιαστικές δοκιμές για λόγους μέτρησης και ρύθμισης .
Joe Landman από Scalable Πληροφορικής LLC συνέλαβε την ιδέα και έγραψε τα αρχικά κωδικούς. Ψάχνουμε για πρόσθετες αναφοράς υποδείξεις κωδικό, δοκιμές, σύνολα δεδομένων, κ.λπ.
Τρέχουσες δοκιμές εκκίνησης είναι αρκετά BLAST NCBI τρέχει, πολλά τρεξίματα HMMer, και μια ποικιλία από άλλα. Σχεδιάζουμε να περιλαμβάνουν ClustalW, Χ! Tandem, διάφορα χημεία, δυναμική, και των σχετικών δοκιμών, καθώς και διάφορα άλλα.
Δοκιμές όπως Linpack ή HPL απλά δεν παρέχει ουσιαστική δείκτες απόδοσης ή μοντέλα πρόβλεψης για υψηλές επιδόσεις πληροφορικής. Δυστυχώς, ούτε κάνει μια σειρά από πιο πρόσφατες και εστιασμένη δοκιμές.
Αυτό είναι ένα πρόβλημα, όπως Linpack και HPL ειδικά τον έλεγχο της απόδοσης σε διάφορες πράξεις πινάκων, όπου θα έχει ουσιαστική τακτική μοτίβα πρόσβαση στη μνήμη, και συγκεκριμένες μαθηματικές πράξεις.
Οι κωδικοί αυτοί είναι πιο χρήσιμη για τη σύγκριση με τους κωδικούς με βαριές πράξεις κινητής υποδιαστολής, και παρεμβαλλόμενες κυκλοφορίας μνήμης. Οι κωδικοί αυτοί δεν έχουν σχεδιαστεί για συνολική συγκριτική αξιολόγηση συστημάτων, όπου δίσκο I / O, λανθάνουσα μνήμη, και άλλοι παράγοντες που συμβάλλουν στα ζητήματα επιδόσεων.
Οι καλύτερες δοκιμές είναι αυτοί που είναι πιο όμοια με τους κωδικούς που εσείς θα τρέξει στο μηχάνημα. Οι δοκιμές οι ίδιοι θα πρέπει να είναι λογική προσέγγιση σε μια πραγματική εκτέλεση του κώδικά σας, χρησιμοποιώντας πραγματικά δεδομένα. Μπορεί να χρειαστεί να το συγκρατήσει, προκειμένου να πάρει ρεαλιστική χρόνους λειτουργίας.
Θα πρέπει να έχουν ένα λογικό υποσύνολο των μεγεθών των δεδομένων. Μια μοναδική δοκιμή δεν σας πω πώς κλίμακες του συστήματός σας, και ένας από τους λόγους για την ύπαρξη αυτού του τεστ είναι ειδικά για να σας επιτρέπουν να δοκιμάσετε τις επιδόσεις, ενώ μπορείτε να αυξήσετε τις διάφορες πτυχές του φόρτου εργασίας.
Μπορείτε να πάρετε μια σπάνια ηρεμίας σύστημα σε ένα σύμπλεγμα, γι 'αυτό θα προτείνουμε να δοκιμάσετε να τρέξετε στην ως ρεαλιστικό ένα λειτουργικό περιβάλλον όσο το δυνατόν. Μια βασική γραμμή σε μία ήρεμη σύστημα είναι μια χαρά, αλλά μπορεί να ρυθμίσετε τις προσδοκίες σας αδικαιολόγητα.
top
Τα σχόλια δεν βρέθηκε