tapir

tapir είναι ένα εργαλείο Python, που περιέχει τα προγράμματα για την εκτίμηση και σχεδιάζει φυλογενετική πληροφορήσεως για μεγάλα σύνολα δεδομένων.
Επικαλούμενη tapir
Όταν χρησιμοποιείτε tapir, παρακαλώ αναφέρετε:
- Faircloth π.Χ., Chang J, Alfaro ME: tapir επιτρέπει υψηλή ανάλυση διακίνηση φυλογενετική πληροφορήσεως.
- Townsend JP: Profiling φυλογενετική πληροφορήσεως. Συστηματική Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: Hyphy: υπόθεση δοκιμή χρησιμοποιώντας φυλογένεση. Βιοπληροφορική 2005, 21: 676 - 679.
installation
Προς το παρόν, ο ευκολότερος τρόπος για να εγκαταστήσετε το πρόγραμμα είναι:
GIT κλώνος GIT: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / path / to / tapir
Για να εκτελέσετε τις δοκιμές:
cd / path / to / tapir /
δοκιμή python / test_townsend_code.py
Χρησιμοποιήστε
Ο κώδικας estimate_p_i.py καλεί ένα αρχείο δέσμης για Hyphy που είναι σε πρότυπα /. Αυτό το αρχείο πρέπει να είναι στην ίδια θέση σε σχέση με οπουδήποτε κι αν βάλετε estimate_p_i.py. Αν εγκαταστήσετε λεπταίνει όπως παραπάνω, θα είστε μια χαρά, προς το παρόν.
Τρέχω:
cd / path / to / tapir /
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp? - Εξόδου Output_Directory
& Nbsp? - Εποχές = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp? - Φορές = 37,93,100,170
& Nbsp? - Πολυ
--multiprocessing είναι προαιρετική, χωρίς αυτό, κάθε θέση θα πραγματοποιείται διαδοχικά.
Αν έχετε ήδη τρέξει τα παραπάνω και να αποθηκευτούν τα αποτελέσματα στο φάκελο εξόδου σας (δείτε παρακάτω), μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τα προ-υπάρχοντα αρχεία τοποθεσία ρυθμό παρά την εκτίμηση αυτών και πάλι με:
python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp? - Εξόδου Output_Directory
& Nbsp? - Εποχές = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp? - Φορές = 37,93,100,170
& Nbsp? - Πολυεπεξεργασία
& Nbsp? - Ιστοσελίδα ποσοστά
Αποτελέσματα
τάπιρος γράφει αποτελέσματα σε SQLite βάση δεδομένων στον κατάλογο εξόδου της επιλογής σας. Αυτός ο κατάλογος έχει επίσης αρχεία ρυθμό ιστοσελίδα σε μορφή JSON για κάθε θέση πέρασε από tapir_compute.py.
Μπορείτε να δείτε τα αποτελέσματα στη βάση δεδομένων ως εξής. Για περισσότερα παραδείγματα, συμπεριλαμβανομένων σχεδίαση, ανατρέξτε στην τεκμηρίωση
- Δυναμώστε SQLite:
& Nbsp? Sqlite3 Output_Directory / φυλογενετική-informativeness.sqlite
- Να πάρει αναπόσπαστο δεδομένα για όλες τις εποχές:
& Nbsp? Επιλέξτε τόπο, διάστημα, πίν από τόπους, διάστημα στο οποίο loci.id = interval.id
- Να πάρει αναπόσπαστο δεδομένων για μια συγκεκριμένη εποχή:
& Nbsp? Επιλέξτε τόπο, διάστημα, πίν από τόπους, διάστημα
& Nbsp? Όπου διάστημα = '95 -105 'και loci.id = interval.id?
- Να πάρει την καταμέτρηση των τόπων που έχουν max (PI) σε διαφορετικές εποχές:
& Nbsp? Δημιουργούν προσωρινά max πίνακα ως επιλέξτε id, max (π) ως μέγιστο από ομάδα διαστήματος από την id?
& Nbsp? Δημιουργία προσωρινού πίνακα t όπως επιλέξτε interval.id, διάστημα, max από το διάστημα, max
& Nbsp? Όπου interval.pi = max.max?
& Nbsp? Επιλέξετε το διάστημα, μετράνε (*) από t ομάδα από το διάστημα?
Ευχαριστίες
Ευχαριστούμε Francesc Lopez-Giraldez και Jeffrey Townsend για την παροχή μας με ένα αντίγραφο του web-εφαρμογή του πηγαίου κώδικα τους. . BCF χάρη S Hubbell και P Gowaty

Απαιτήσεις :

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (μπορείτε να κατεβάσετε ή να δημιουργήσετε ένα ενιαίο-threaded hyphy2)