Jmol

Το Jmol είναι ένα λογισμικό ανοιχτού κώδικα, πλατφόρμας και ελεύθερου γραφικού που έχει αρχικά σχεδιαστεί για να λειτουργεί ως μοριακός θεατής για τρισδιάστατες χημικές δομές. Εκτελείται σε τέσσερις αυτόνομες λειτουργίες, όπως μια εφαρμογή ιστού HTML5, ένα πρόγραμμα Java, μια μικροεφαρμογή Java και ένα συστατικό μέρος "ανοιχτό" από πλευράς διακομιστή.

Βασικά χαρακτηριστικά περιλαμβάνουν υποστήριξη υψηλής απόδοσης 3D rendering χωρίς να απαιτεί εξοπλισμό υψηλού επιπέδου, εξάγει αρχεία σε μορφή JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ και POV-Ray, υποστηρίζει βασικές μονάδες, υποστηρίζει RasMol και Chime τις γλώσσες δέσμης ενεργειών, καθώς και τη βιβλιοθήκη JavaScript.

Επιπλέον, το λογισμικό υποστηρίζει κινούμενα σχέδια, επιφάνειες, δονήσεις, τροχιές, μετρήσεις, λειτουργίες συμμετρίας και μονάδων κυψελών και σχηματικά σχήματα.

Σήμερα, η εφαρμογή υποστηρίζει ένα ευρύ φάσμα μορφών αρχείων, μεταξύ των οποίων τα MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, MOL2, CSF, GAMESS, Gaussian, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO και MOPAC.

Επιπλέον, υποστηρίζονται επίσης τα CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, ODYDATA, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR και JME .

Υποστηρίζει όλα τα μεγάλα προγράμματα περιήγησης ιστού

Το λογισμικό δοκιμάστηκε επιτυχώς με όλα τα μεγάλα προγράμματα περιήγησης ιστού, συμπεριλαμβανομένων των προγραμμάτων Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera και Safari. Οι προαναφερθείσες εφαρμογές του προγράμματος περιήγησης έχουν δοκιμαστεί σε όλα τα λειτουργικά συστήματα mainstream (δείτε την επόμενη ενότητα για υποστήριξη λειτουργιών).

Γράφοντας τη γλώσσα προγραμματισμού Java, το Jmol είναι μια εφαρμογή ανεξάρτητη από πλατφόρμα που έχει σχεδιαστεί για να υποστηρίζει όλες τις διανομές GNU / Linux, τα λειτουργικά συστήματα Microsoft Windows και Mac OS X και οποιοδήποτε άλλο λειτουργικό σύστημα όπου εγκαθίσταται το περιβάλλον Java Runtime. / p>

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:

• Διορθώστε το πρόβλημα: Jmol SMILES δεν επιτρέπει την αναζήτηση κώδικα εισαγωγής. ^ " για τον κωδικό εισαγωγής: [G # 129 ^ A. *]

• - προσθέτει "^" για τον κωδικό εισαγωγής: [G # 129 ^ A. *]

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.20.3:

αναζήτηση κώδικα - προσθέτει & quot; για τον κωδικό εισαγωγής: [G # 129 ^ A. *]

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.6.5:

• Διόρθωση σφάλματος: Το Jmol SMILES δεν επιτρέπει την αναζήτηση κωδικού εισαγωγής - προσθέτει & quot; για τον κωδικό εισαγωγής: [G # 129 ^ A. *]

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.6.1:

αναζήτηση κώδικα - προσθέτει & quot; για τον κωδικό εισαγωγής: [G # 129 ^ A. *]

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.4.4 Build 2016.04.22:

• δεν έχει ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.4.4 Build 2016.04.14:

δεν έχει ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.4.4 Build 2016.03.31:

• δεν έχει ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.4.3 Build 2016.03.02:

• διορθώσετε το σφάλμα: τα σύνολα ατόμων σχολιασμού δεν έχουν ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.4.3 Build 2016.02.28:

• δεν έχει ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.4.2 Build 2016.02.05:

• δεν έχει ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.4.0 Build 2015.12.02:

• δεν έχει ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.2.15:

• Διόρθωση σφάλματος: τα σύνολα ατόμων σχολιασμού δεν έχουν ρυθμιστεί για πρόσθετα υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.2.13:

• υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.2.12:

• υδρογόνα
• Διόρθωση σφάλματος: 14.3.3_2014.08.02 έσπασε τον αναγνώστη mmCIF
• Διόρθωση σφαλμάτων: BinaryDocument (αρχείο Spartan) που έχει σπάσει σε 14.1.12_2014.03.18

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.1.8 Beta:

• νέο χαρακτηριστικό - set cartoonRibose:
• σχεδιάζει δακτυλίους ριβόζης, με πτυχές που δείχνουν φούσκωμα
• συνδέεται ρητά μέσω C4'-C5'-O5'-P
• δείχνει C3'-O3 'για αναφορά.
• απενεργοποιεί το cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• απενεργοποιημένη από SET cartoonBaseEdges ON
• που προτάθηκε από τον Rick Spinney, κράτος του Οχάιο
• νέα δυνατότητα: το πλαίσιο anim [a, b, c, d] λειτουργεί με αρνητικούς αριθμούς για να υποδεικνύει εύρη:
• κινούμενο πλαίσιο [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• ως "1 έως 5 και στη συνέχεια από 10 έως 6"
• νέα δυνατότητα: Αναγνώστης αρχείων Tinker (και αναβάθμιση του FoldingXYZ):
• Μπορεί να χρησιμοποιήσει το Tinker :: αλλά αυτό απαιτείται μόνο αν η πρώτη γραμμή είναι JUST ένα atomCount
• φιλοξενεί παλαιότερη μορφή Tinker με άτομα n-1 για atomCount
• επιτρέπει τροχιά και επιθυμητό αριθμό μοντέλου
• νέο χαρακτηριστικό: (πραγματικά 13,1 αλλά χωρίς χαρτιά) πλαίσιο κινούμενων εικόνων [51 50 49 48 47 46 45 (κλπ.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (κλπ.)]
• νέα δυνατότητα: x = σύγκριση ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• νέα δυνατότητα: x = σύγκριση ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "all")
• νέα δυνατότητα: x = σύγκριση ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "καλύτερη")
• νέα δυνατότητα: x = σύγκριση ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• νέα δυνατότητα: x = σύγκριση ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• νέο χαρακτηριστικό - x = σύγκριση ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
• δημιουργεί μία ή περισσότερες λίστες συσχετισμών με βάση τα μη αρωματικά SMILES
• προαιρετικά περιλαμβάνει άτομα Η
• παράγει προαιρετικά όλες τις πιθανές αντιστοιχίσεις ατόμων
• επιστρέφει int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• όπου τα an και bn είναι ακέραιοι δείκτες ατόμων ή λίστα όταν "all" επιλογή.
• τα παρακάτω θα δημιουργούν έναν χάρτη συσχέτισης ατόμων για δύο δομές που περιλαμβάνουν άτομα υδρογόνου: αρχεία φόρτωσης "a.mol" "b.mol" x = σύγκριση ({1.1} {2.1} "ΜΑΡ" "Η")
• Τα παρακάτω συγκρίνουν το μοντέλο καφεΐνης από το NCI με αυτό της PubChem:
• φορτίο $ καφεΐνη, φόρτωση προσαρτήματος: καφεΐνη, πλαίσιο *
• επιλέξτε 2.1. ετικέτα% [atomIndex]
• συγκρίνετε {1.1} {2.1} SMILES περιστρέψτε την μετάφραση
• x = σύγκριση ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
• για (α σε x) {a1 = α [1], a2 = a [2], επιλέξτε atomindex = a1, label @ a2}
• νέα δυνατότητα: συγκρίνετε {model1} {model2} SMILES:
• Δεν χρειάζεται να δίνετε SMILES. Το Jmol μπορεί να το δημιουργήσει από το {model1}
• νέα δυνατότητα: x = {*} find ("SMILES", "H"):
• δημιουργεί SMILES με ρητά άτομα Η
• διορθώσετε το σφάλμα: λειτουργία υποδομής () χρησιμοποιώντας SMILES αντί για SMARTS, επομένως μόνο πλήρεις δομές
• Διόρθωση σφαλμάτων: καλύτερη παγίδευση σφαλμάτων και μηνύματα σε μεθόδους που σχετίζονται με SMILES
• διορθώσετε το σφάλμα: κάνετε την ανακάλυψη webexport της διαδρομής προς Jmol.jar και jsmol.zip πιο ισχυρή.
• Διόρθωση σφάλματος: getProperty extractModel δεν τιμά υποσύνολο
• Διόρθωση σφάλματος: ορίστε pdbGetHeader TRUE δεν καταγράφει REMARK3 REMARK290 REMARK350
• Σφάλμα fix: getProperty ("JSON", ....) θα πρέπει να τυλίξει την τιμή σε {value: ...}
• Διόρθωση σφάλματος: Μόνιμη διαύγεια ΜΟ σπασμένη σε 11.x
• Διόρθωση σφαλμάτων: εμφάνιση MENU εγγραφή MENU φόρτωση ΜΕΝΟΥ όλων των σπασμένων σε 12.2
• Διόρθωση σφαλμάτων: {*} [n] θα πρέπει να είναι κενή αν nAtoms



Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.0.7:

μονάδαcell και echo απόδοση, getProperty

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.0.5:

• Διόρθωση σφάλματος: σπασμένη διαύγεια LCAOCartoon
• Διόρθωση σφαλμάτων: διαφωτισμένη σπονδυλική στήλη σπασμένη
• Διόρθωση σφαλμάτων: pqr, p2n σπασμένα αναγνωστών
• Διόρθωση σφαλμάτων: η ιδιότητα χάρτη isosurface xxx μπορεί να αποτύχει αν η επιφάνεια είναι ένα θραύσμα που (κατά κάποιον τρόπο) έχει ένα σημείο που δεν σχετίζεται με ένα υποκείμενο άτομο.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.1.5 Beta:

• σφάλμα σφάλματος: >
• Διόρθωση σφαλμάτων: διαφωτισμένη σπονδυλική στήλη σπασμένη
• Διόρθωση σφάλματος: pqr, p2n αναγνωριστικά σπασμένα
• διορθώσετε το πρόβλημα: η ιδιότητα του χάρτη isosurface xxx μπορεί να αποτύχει εάν η επιφάνεια είναι ένα θραύσμα που (με κάποιο τρόπο) έχει ένα σημείο που δεν σχετίζεται με ένα υποκείμενο άτομο.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.0.4:

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.0.2:

• Διόρθωση σφάλματος: διαμόρφωση χωρίς διάκριση μεταξύ q και t
• Διόρθωση σφαλμάτων: οι διαμορφωμένες μετρήσεις δεν λειτουργούν
• Διόρθωση σφάλματος: δεν παρακάμπτοντας το set defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• Διόρθωση σφαλμάτων: ο χωροταξικός χάρτης αποτυγχάνει ατομική τροχιά
• Διόρθωση σφάλματος: η δόνηση της διαμόρφωσης με αποστάσεις δεν ενημερώνει
• Διόρθωση σφαλμάτων: η απενεργοποίηση των δονήσεων προκαλεί άσκοπη προειδοποίηση στην κονσόλα
• διορθώσετε το σφάλμα: σύρετε το σύμπλοκο σπασμένο
• Διόρθωση σφάλματος: array.mul (matrix3f) διακόπτει τη λειτουργία Jmol
• Διόρθωση σφάλματος: επιλέξτε symop = 1555 σπασμένα
• Διόρθωση σφάλματος: η επιλογή επιλογής dragSelected δεν λειτουργεί
• κωδικός: αναπροσαρμοσμένος CifReader, διαχωρισμός του κώδικα MMCifReader και MSCifReader: μικρή μετονομασία / refactoring μεθόδων σε SV
• κωδικός: προσθέτει τη διεπαφή javajs.api.JSONEncodable
• υπερ-απλή υλοποίηση σε org.jmol.script.SV
• επιτρέπει υλοποιήσεις των javajs για την παράδοση προσαρμοσμένων αποτελεσμάτων JSON

Τι νέο υπάρχει στην έκδοση 14.1.2 Beta:

• νέα δυνατότητα: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet, έκφραση):
• καλύτερα από το Jmol.evaluate επειδή το αποτέλεσμα είναι μια μεταβλητή JavaScript, όχι μια συμβολοσειρά.
• ΑΝΤΙΜΕΤΩΠΙΣΗ JSmol api Jmol.evaluate (applet, έκφραση)
• νέα δυνατότητα: getProperty ("JSON", ....):
• επιστρέφει τον κώδικα JSON για την ιδιότητα
• επιτρέπει JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "κάποια έκφραση")
• νέα δυνατότητα: getProperty variableInfo:
• επιτρέπει την ανάκτηση μεταβλητών σε μορφή Java ή JSON
• αξιολογεί την έκφραση
• προεπιλογή στο "all"
• νέα δυνατότητα: η διαμόρφωση ρυθμίζεται από q και t, μέχρι d = 3:
• ενεργοποίηση / απενεργοποίηση (όλα τα άτομα)
• ρύθμιση {atom set} ενεργοποίηση / απενεργοποίηση
• διαμόρφωση int q-offset
• διαμόρφωση x.x t-offset
• διαμόρφωση {t1 t2 t3}
• διαμόρφωση {q1 q2 q3} TRUE
• νέα δυνατότητα: pickedList:
• σειρά διατεταγμένων προσφάτως επιλεγμένων ατόμων
• μπορεί να χρησιμοποιηθεί το ίδιο με τη μεταβλητή PICKED, αλλά αυτό διαταχθεί διαδοχικά, όχι χρονικά
• Η διπλή πατώντας εκτός δομής διαγράφει τη λίστα
• @ {pickedList} [0] άτομο που έχει επιλεγεί τελευταία
• @ {pickedList} [- 1] δίπλα στο τελευταίο άτομο
• @ {pickedList} [- 1] [0] τα τελευταία δύο άτομα που επιλέχθηκαν
• νέα δυνατότητα: array.pop (), array.push () - παρόμοια με τη JavaScript
• νέα δυνατότητα: κλίμακα διαμόρφωσης x.x
• νέα δυνατότητα: λεζάντα "xxxxx" x.x - αριθμός δευτερολέπτων για εκτέλεση
• νέα δυνατότητα: διαμόρφωση 0.2 // ορίζει τιμή t
• νέα δυνατότητα: array.pop (), array.push (x)
• a = [], a.push ("test"), εκτύπωση a.pop ()
• νέα δυνατότητα: επιλέξτε το σετ ατόμων ON / OFF:
• ενεργοποιεί ή απενεργοποιεί την επιλογή των αλογόνων καθώς και την επιλογή
• μόνο ευκολία
• νέα δυνατότητα: pt1.mul3 (pt2):
• επιστρέφει {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• αν και οι δύο δεν είναι σημεία, επανέρχεται σε απλό πολλαπλασιασμό
• νέο reature: array.mul3 (pt2) - ισχύει mul3 σε όλα τα στοιχεία του πίνακα
• νέα δυνατότητα: {atomets} .modulation (type, t):
• παράγει P3 (διαμόρφωση μετατόπισης)
• εφαρμόζεται μόνο για τον τύπο = "D" (προαιρετικό)
• προαιρετικά t είναι 0 από προεπιλογή
• Διόρθωση σφάλματος: διαμόρφωση χωρίς διάκριση μεταξύ q και t
• Διόρθωση σφαλμάτων: οι διαμορφωμένες μετρήσεις δεν λειτουργούν
• Διόρθωση σφάλματος: δεν παρακάμπτοντας το set defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• Διόρθωση σφάλματος: isosurface χάρτη ατομική τροχιακή αποτυχία
• Διόρθωση σφάλματος: η δόνηση της διαμόρφωσης με αποστάσεις δεν ενημερώνει
• Διόρθωση σφαλμάτων: η απενεργοποίηση των δονήσεων προκαλεί άσκοπη προειδοποίηση στην κονσόλα
• διορθώσετε το σφάλμα: σύρετε το σύμπλοκο σπασμένο
• Διόρθωση σφάλματος: array.mul (matrix3f) διακόπτει τη λειτουργία Jmol
• Διόρθωση σφάλματος: επιλέξτε symop = 1555 σπασμένα διορθώσεις σφαλμάτων: η επιλογή επιλογής dragSelected δεν λειτουργεί
• κωδικός: αναπροσαρμοσμένος CifReader, διαχωρισμός των MMCifReader και MSCifReader
• κωδικός: μικρή μετονομασία / refactoring μεθόδων σε SV
• code: προσθέτει τη διεπαφή javajs.api.JSONEncodable:
• υπερ-απλή υλοποίηση σε org.jmol.script.SV
• επιτρέπει υλοποιήσεις των javajs για την παράδοση προσαρμοσμένων αποτελεσμάτων JSON

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 14.0.1:

• νέα δυνατότητα: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (προεπιλογή 55)
• νέα δυνατότητα: load (), όπως στο φορτίο εκτύπωσης ("xxx"), περιορισμένη τοπική ανάγνωση αρχείου στην applet:
• χωρίς αρχεία καταλόγου ριζών
• χωρίς αρχεία χωρίς επέκταση
• κανένα αρχείο χωρίς "/.& quot; στην διαδρομή
• νέα δυνατότητα: Τα αρχεία JAR έχουν υπογραφεί με ασφάλεια
• νέα δυνατότητα: Τα αρχεία JAR της εφαρμογής περιλαμβάνουν JNLPs (Java Network Launch Protocols) για τοπική φόρτωση αρχείων
• νέα δυνατότητα: Επιλογές URL JSmol _USE = _JAR = _J2S = αντικατάσταση δεδομένων Info
• νέο χαρακτηριστικό: (ήταν παρόν αλλά όχι χαρτογραφημένο) quaternion εκτύπωσης ([σειρά τεταρτημορίων]) - επιστρέφει σφαιρικό μέσο όρο a la Buss και Fillmore
• νέα δυνατότητα: quaternion εκτύπωσης ([τετράγωνο τεταρτημορίων], αληθές):
• επιστρέφει την τυπική απόκλιση για τον σφαιρικό μέσο όρο a la Buss και Fillmore
• οι μονάδες είναι γωνιακοί βαθμοί
• νέες ιδιότητες - ονομαστικές τιμές μέτρησης τεταρτημορίου:
• print quaternion (1,0,0,0)% "μήτρα"
• επιλογές περιλαμβάνουν w x y z κανονική eulerzxz eulerzyz διάνυσμα theta axisx axisy axisz άξονας μήτρα άξονα
• νέα δυνατότητα - ορίστε celShadingPower:
• ορίζει την ισχύ της σκίασης
• ακέραιες τιμές
• Η προεπιλογή 10 είναι μια παχιά γραμμή
• 5 είναι μια λεπτή γραμμή
• 0 στρέφει την σκίαση
• η αρνητική τιμή αφαιρεί την εσωτερική σκίαση - μόνο περίγραμμα
• λειτουργεί σε εικονοστοιχείο με βάση την κανονική προς την πηγή φωτός (ισχύς & gt; 0) ή χρήστη (ισχύς & lt; 0)
• ορίζει την αντίθεση χρώματος σε φόντο (μαύρο ή λευκό) όταν το κανονικό_ζ < 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• νέα δυνατότητα: Αναφορές ανάγνωσης mmCIF _citation.title σε κονσόλα δέσμης ενεργειών Jmol
• νέα δυνατότητα: ελαχιστοποιήστε την επιλογή SELECT {atomsets} ΜΟΝΟ - ΜΟΝΟ η επιλογή αποκλείει όλα τα άλλα άτομα
• νέα δυνατότητα: ελαχιστοποίηση {atomsets} - προεπιλογή SELECT και ΜΟΝΟ
• νέα δυνατότητα - "επεκτάσεις" κατάλογοι JSmol για συνεισφορές JS και SPT scripts:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• νέα δυνατότητα: φόρτωση ... φίλτρο "ADDHYDROGENS" - τοπικό set pdbAddHydrogens μόνο για μια εντολή φόρτωσης
• νέα δυνατότητα: συγκρίνετε {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• νέα δυνατότητα: list = σύγκριση ({atomsets1} {atomset2} "SMILES" "BONDS")
• νέα δυνατότητα: γράψτε JSON xxx.json
• νέα δυνατότητα: [# 210] JSON {"mol": ...} αναγνώστης
• Χαρακτηριστικό - Ρύθμιση σωματιδίωνRadius:
• παγκόσμια ακτίνα για άτομα πάνω από τη μέγιστη τιμή ακτίνας (16.0)
• προεπιλογή σε 20,0
• νέο χαρακτηριστικό - φίλτρα CIF και PDB "BYCHAIN" και "BYSYMOP" για τον σχηματισμό ιού:
• δημιουργεί μόνο ένα άτομο ανά αλυσίδα ή ανά symop
• Το μέγεθος μπορεί να κλιμακωθεί περισσότερο από το μέγιστο των 16 Angstroms χρησιμοποιώντας, για παράδειγμα:
• Ρύθμιση σωματιδίουRadius 30,
• spacefill 30; // οποιοσδήποτε αριθμός πάνω από 16 εδώ χρησιμοποιεί το particleRadius αντί
• νέα δυνατότητα: list = σύγκριση ({atomsets1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
• νέα δυνατότητα: η λειτουργία symop () επιτρέπει συμμετρία από φίλτρο βιομόρια για PDB και mmCIF
• νέα δυνατότητα - isosurface SYMMETRY:
• εφαρμόζει χειριστές συμμετρίας στην isosurface
• αποδοτικότερη απόδοση και δημιουργία
• η προεπιλεγμένη επιλογή είναι μόνο {symop = 1}
• ο προεπιλεγμένος χρωματισμός είναι για το χρώμα με symop με βάση το propertyColorScheme
• παράδειγμα:
• φόρτωση του φίλτρου 1stp "βιομόριο 1"
• χρώμα ιδιότητα symop
• isosurface sa ανάλυση 0,8 συμμετρίας sasurface 0
• νέα δυνατότητα - νέα ιδιότητα ατόμου: chainNo:
• διαδοχικά από 1 για κάθε μοντέλο
• chainNo == 0 σημαίνει "καμία αλυσίδα" ή αλυσίδα = ''
• νέα δυνατότητα - νέα ιδιότηταColorScheme "φιλική":
• Έγχρωμη εικόνα φιλική προς την τύφλωση
• χρησιμοποιείται στο RCSD
• νέα δυνατότητα: JSpecView εντελώς δωρεάν Java. περιλαμβάνει εκτύπωση 2D nmr και PDF σε φασματικά
• νέα δυνατότητα - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; ποιότητα & gt; Το 1 απαιτεί λειτουργία τοπίου:
• χρησιμοποιεί αποτελεσματικές προσαρμοσμένες κλάσεις δημιουργίας PDF
• Μεγέθυνση εικόνας για να ταιριάζει εάν είναι πολύ μεγάλη
• νέα δυνατότητα: Το JSpecView προσθέτει PDF και 2D NMR για JavaScript
• νέα δυνατότητα: φόρτωση & quot; == xxx & quot; ΦΙΛΤΡΟ "NOIDEAL" - Φορτίο χημικού συστατικού από το ΠΒΒ με τη χρήση του "μη τοιαύτου" σύνολο συντεταγμένων
• διορθώστε τα σφάλματα: καταργήστε την εγγραφή του CD. Το ChemDoodle άλλαξε τα σχήματα. χρησιμοποιήστε JSON αντί
• Διόρθωση σφαλμάτων: Τα αρχεία PDB και CIF υποδεικνύουν συναρμολογήσεις όπως το μεγάλο αριθμό αρνητικών αριθμών PAU
• Διόρθωση σφαλμάτων: ΣΥΓΚΡΙΣΗ χωρίς περιστροφή ξεκινά άπειρος βρόχος
• Διόρθωση σφάλματος: πρόβλημα με βρόχο με καθυστέρηση (-1)
• Διόρθωση σφάλματος: Περιστροφή του ποντικιού για το Chrome στο JavaScript
• Διόρθωση σφάλματος: Ορίστε το αναδυόμενο μενού JavaScript για αλλαγές γλώσσας
• Διόρθωση σφάλματος: Τα βασικά συστατικά του JavaScript δεν υποβάλλονται σε επεξεργασία. Δεν είναι αναγνωρισμένο το Jmol._debugCode
• Διόρθωση σφάλματος: Μειωμένη κυψέλη μονάδας λανθασμένα για βιομόρια. αρχής λανθασμένη για τους άξονες.
• Διόρθωση σφαλμάτων: isosurface / mo FRONTONLY σπασμένα
• Διόρθωση σφαλμάτων: εντοπισμός γλώσσας σπασμένος σε JavaScript
• Διόρθωση σφαλμάτων: Ο αναγνώστης ADF δεν διαβάζει την έξοδο MO από το DIRAC Build 201304052106
• Διόρθωση σφαλμάτων: Το Safari αναφέρει κίτρινες πληροφορίες Jmol αντί να ζητήσει να δεχτεί applet
• - η ετικέτα πρέπει να είναι
• διορθώστε το πρόβλημα: ο αναγνώστης CIF δεν χειρίζεται σωστά το _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - λάθος σύνολο ατόμων για φορτίο = φίλτρο 3fsx.cif "ASSEMBLY 1"
• Διόρθωση σφάλματος: [# 558 πρόβλημα συμβατότητας με το ChemDoodle] Σφάλμα JSmol στον ορισμό του αρχείου Number.toString ()
• Διόρθωση σφάλματος: ο τροχός του ποντικιού δεν λειτουργεί σωστά
• διορθώσετε το σφάλμα: Το σφάλμα του μεταγλωττιστή JavaScript J2S δεν συνεπάγεται int + = float σε ακέραιο
• Διόρθωση σφάλματος: Η επιλογή JavaScript WEBGL σπάσει
• Διόρθωση σφάλματος: Η JavaScriptCANCalculation του JavaScript δεν έχει πρόσβαση σε πόρους
• Διόρθωση σφάλματος: Δεν έχει υλοποιηθεί στερεοφωνικό JavaScript
• Διόρθωση σφαλμάτων: Ολοκλήρωση ανάγνωσης MOL για αρχείο πολλαπλών μοντέλων (μόνο 13.3.9_dev)
• Διόρθωση σφάλματος: Σφάλμα αναγνώστη MOL με φόρτωση APPEND - δεν συνεχίζει τους αριθμούς ατόμων
• Διόρθωση σφάλματος: Ο αναγνώστης διαμόρφωσης CIF δεν διαβάζει γραμμικούς συνδυασμούς κυκλωμάτων κυτταρικών κυμάτων
• Διόρθωση σφάλματος: ανάγνωση CIF με φίλτρο "BIOMOLECULE 1" αποτυγχάνει μόνο εάν η λειτουργία ταυτότητας
• διορθώσετε το πρόβλημα: ο αναγνώστης mmCIF δεν διαβάζει όλες τις επιλογές _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• Διόρθωση σφάλματος: Καταχώρηση PDB CRYST 1.0 1.0 1.0 90 90 90 θα πρέπει να σημαίνει "κανένα στοιχείο μονάδας" ανεξάρτητα από το φίλτρο βιομόρια
• Επίλυση σφαλμάτων: Η πλακέτα isosurface δεν προσαρμόζεται καλά για επίπεδα μόρια όπως HEM
• Διόρθωση σφάλματος: print userfunc () μπορεί να αποτύχει (userfunc () από μόνη της είναι ωραία)
• Διόρθωση σφάλματος: εντός (έλικα) δεν εφαρμόζεται για πολυμερή μόνο C-άλφα
• Διόρθωση σφάλματος: Το _modelTitle δεν ενημερώνεται όταν ένα νέο αρχείο έχει φορτωθεί ή ενεργοποιηθεί
• διορθώστε το σφάλμα: {*}. δεν συμφωνεί ότι δεν παρέχεται κατάλληλος χειριστής συμμετρίας
• Διόρθωση σφάλματος: για τριπλό δεσμό σε SMILES σε διευθύνσεις URL
• Διόρθωση σφαλμάτων: build.xml λείπουν κλάσεις δημιουργίας PDF
• Διόρθωση σφαλμάτων: ακολουθώντας την ενημερωμένη έκδοση Java, προσθέτοντας τον κατάλληλο έλεγχο διαδρομής για την τοπική υπογραφή applet
• Διόρθωση σφάλματος: {xxx} .property_xx δεν αποθηκεύτηκε σε κατάσταση (σπασμένο 8/7/2013 rev 18518)
• Διόρθωση σφαλμάτων: Τα ενημερωτικά δελτία ενημερώθηκαν για αρχεία JAR του applet με υπογραφή και μη υπογεγραμμένα
• Διόρθωση σφαλμάτων: η αποτυχία εγγραφής
• Διόρθωση σφαλμάτων: διαλυμένη μέθοδος applet scriptWait ()
• Διόρθωση σφαλμάτων: Η περίοδος λειτουργίας του PyMOL ενδέχεται να εμφανίσει την κελιά μονάδας μετά την ανάγνωση από την αποθηκευμένη κατάσταση
• Διόρθωση σφάλματος: Ο αναγνώστης MMCIF αποτυγχάνει για πολλούς τύπους συναρμολόγησης
• διορθωτικό σφάλματος: αναγνώστης CIF "βιομόριο 1" μετάφραση σε "μοριακό" αντί "συναρμολόγησης"
• Διόρθωση σφάλματος: φόρτωση τροχιάς με πολλά αρχεία που δεν λειτουργούν
• Διόρθωση σφάλματος: Το αναδυόμενο μενού της εφαρμογής JS δεν κλείνει σωστά κατά την αλλαγή γλώσσας
• Διόρθωση σφάλματος: Το αναγνωριστικό αναγνωριστικού πλαισίου HTML δεν έχει εκχωρηθεί
• κώδικας: refactoring του κώδικα applet / appletjs; org.jmol.util.GenericApplet
• κώδικας: refactoring, απλοποίηση των αναγνωστών με μνήμη και ρυθμισμένες ροές εισόδου.
• code: JavaScript refactoring, καλύτερη κατασκευή _... xml
• κώδικας: Ακεραιότητα JavaScript, Long, Short, Byte, Float, Διπλό όλα αναδιαμορφωμένα
• κωδικός: αποσαφήνιση του GT.
• κώδικας: Αντικατοπτρίζει όλες τις άχρηστες εσωτερικές κλάσεις στο ανώτερο επίπεδο
• κώδικας: απομονωμένο util / ModulationSet χρησιμοποιώντας api / JmolModulationSet
• κωδικός - Όλος ο εντοπισμός της γλώσσας της Applet που διαβάζεται από απλά αρχεία .po:
• όπως ήδη για το JavaScript
• Δεν χρειάζεται να μεταγλωττίσετε αρχεία κλάσης για γλώσσες εφαρμογών
• Δεν υπάρχουν αρχεία .jar γλώσσας
• ο νέος κατάλογος jsmol / idioma περιέχει αρχεία .po για Java και HTML5
• κώδικας: η ταχύτερη απόδοση της επιφάνειας του ορίζοντα προσθέτοντας σιωπηρή "μετωπική" με επιλογή {xxx} ΜΟΝΟ
• κωδικός: ταχύτερη απόδοση σε οριζόντια επιφάνεια με την έμμεση "isosurfacepropertySmoothing FALSE" σε σχετικές (ακέραιες) περιπτώσεις
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - ενοποιεί όλες τις αναφορές σε URL.getContent () και Class.getResource ()
• code: Η JavaScript λειτουργεί γύρω από το πρόβλημα της εσωτερικής κλάσης με μεταστροφή ονόματος μεταβλητής
• code: work-around for eval (functionName) που δεν λειτουργεί στο JavaScript.
• κώδικας: πειραματισμός με απόφραξη περιβάλλοντος
• κώδικας: Τα υποχρεωτικά δηλωτικά που προστέθηκαν για το Java Ju51 (Ιανουάριος, 2014).
• κωδικός: JmolOutputChannel μετακινήθηκε στο javajs.util.OutputChannel
• κώδικας: jsmol.php καθορίζεται για να επιτρέπεται η " στη μέθοδο saveFile
• code: refactoring Αναλυτής σε javajs.util
• κώδικας: Το DSSP μεταφέρθηκε στο org.jmol.dssx, μειώνοντας το βιο φορτίο JSmol κατά 20K
• code: Το πακέτο iText απομακρύνθηκε, όχι πλέον, καθώς έγραψα τον δικό μου δημιουργό PDF

Απαιτήσεις :