PathVisio

PathVisio είναι ένα open source και εντελώς δωρεάν γραφική εφαρμογή που εφαρμόζονται στη γλώσσα προγραμματισμού Java και σχεδιασμένο από το μηδέν πρέπει να χρησιμοποιείται για την εμφάνιση, την ανάλυση και την επεξεργασία των βιολογικών μονοπατιών στο λειτουργικό GNU / Linux system.Can να χρησιμοποιηθεί για να επιστήσω μονοπάτια , συνδέουν βιολογική λογισμικό entitiesThe επιτρέπει στους χρήστες να επιστήσω μονοπάτια, συνδέουν βιολογικές οντότητες (πρωτεΐνες ή γονίδια) σε βιολογικά δεδομένα, χρησιμοποιώντας αναγνωριστικά βάσης δεδομένων, να επεξεργαστείτε μονοπάτια, καθώς και να αναλύσει μονοπάτια. Με PathVisio θα είναι επίσης σε θέση να αντιστοιχίζουν τα πειραματικά δεδομένα, όπως τα δεδομένα μικροσυστοιχιών, και την οπτική τους πάνω από το υπάρχον σχέδιο μονοπάτι.
Επιπλέον, θα είστε σε θέση να επιλέξετε μια βάση δεδομένων γονιδίου, επιλέξτε μια μεταβολική βάση δεδομένων, δείτε τα στατιστικά, τα δεδομένα έκφρασης εισαγωγής, επιλέξτε το σύνολο δεδομένων της έκφρασης, μονοπάτια αναζήτησης, θέα θρύλος, χειρίζεται αντικείμενα, έργα των εισαγωγών, καθώς και για την εγκατάσταση και τη διαχείριση των plugins, η οποία μπορεί να προσθέσει επιπλέον λειτουργικότητα στην app.Requires καμία αίτηση installationThe μπορεί να χρησιμοποιηθεί χωρίς να το εγκαταστήσετε στο σύστημα GNU / Linux λειτουργικό σύστημα. Το μόνο που έχετε να κάνετε είναι να κατεβάσετε το δυαδικό πακέτο από Softoware, αποθηκεύστε το αρχείο σε μια τοποθεσία της επιλογής σας, εξαγάγετε χρησιμοποιώντας ένα βοηθητικό πρόγραμμα διαχείρισης αρχείων, ανοίξτε το εξαχθεί κατάλογο, και κάντε διπλό κλικ στο pathvisio.jar file.Under την hoodWhile λαμβάνοντας μια γρήγορη ματιά κάτω από την κουκούλα του λογισμικού PathVisio, εμείς & rsquo? Έχω παρατηρήσει ότι η εφαρμογή είναι γραμμένο εξ ολοκλήρου στη γλώσσα προγραμματισμού Java, και ότι η γραφική διεπαφή χρήστη του έχει σχεδιαστεί με τις τελευταίες τεχνολογίες Java Swing. Εμείς & rsquo? Ve δοκιμαστεί με επιτυχία την εφαρμογή σε υπολογιστές που υποστηρίζουν είτε των architectures.Runs CPU 32 ή 64-bit σε οποιοδήποτε λειτουργικό σύστημα όπου η Java supportedBeing γραμμένο στη γλώσσα προγραμματισμού Java, PathVisio μπορεί να κηρυχθεί μια πλατφόρμα-ανεξάρτητη εφαρμογή που υποστηρίζει το GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, καθώς και οποιοδήποτε άλλο λειτουργικό σύστημα στο οποίο στηρίζονται οι τελευταίες τεχνολογίες Java

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• 31 Γενάρη του 2014: έκδοση της ενημέρωσης κώδικα Bug
• Όροι GeneOntology πλέον καταργηθεί από τα αποτελέσματα αναζήτησης για τους σχολιασμούς
• DataNodes πρέπει να σχολιάζονται με ταυτότητα και προέλευση δεδομένων ή τίποτα (εξοικονόμηση κόμβους δεδομένων με μόνο ταυτότητα ή το αρχείο προέλευσης δεδομένων δεν επιτρέπεται πια)

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.2:

• Κύριες σφάλμα στη μονάδα εισαγωγής αρχείων σταθερό: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.11:

• Αυτόματη αποθήκευση
• Ζουμ χρησιμοποιώντας τον τροχό κύλισης
• Η επιλογή των γραμμών είναι πιο εύκολη: δεν είναι πλέον απαραίτητο να κάνετε κλικ στο ακριβές pixel
• Τώρα με δύο μεθόδους για την υπερ-εκπροσώπηση ανάλυση? ένα μονοπάτι προσανατολισμό και μια σειρά δεδομένων προσανατολισμένη

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.10:

• Ο νέος τρόπος σχεδίασης στρογγυλεμένα ορθογώνια για να αποφευχθεί το τέντωμα αποτέλεσμα
• Διάφορα μικρές διορθώσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.9:

• Ο νέος τύπος συνδετήρα για συνδετήρα του αυθαίρετου μήκους και αυθαίρετη γωνίες
• Νέα & quot? Κυτταρικού συστατικού & quot? ιδιοκτησίας για την αποθήκευση του βιολογικού έννοια ενός διαμερίσματος
• Νέα & quot? Διπλό & quot? τύπο γραμμής (ιδιαίτερα χρήσιμο για τη διπλή-membraned οργανίδια)
• Κλικ υπερσυνδέσμους σε μονοπάτια
• δείτε ορόσημο: & quot? Milestone_27 & quot? για μια πλήρη λίστα των bug-διορθώσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.8:

• Βελτιωμένη σχήματα για κυτταρικά συστατικά
• Λίγα βελτιώσεις χρηστικότητας όπως copy / paste από το αναδυόμενο μενού
• δείτε ορόσημο: & quot? Milestone_26 & quot? για μια πλήρη λίστα των bug-διορθώσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.7:

• εικονίδια της γραμμής εργαλείων και νέα πλευρά του πίνακα για να καταστεί ευκολότερη για να επιλέξετε το βέλος τύπους και σχήματα (χάρη liubing)
• Οι βάσεις Διαδρομή περιλαμβάνονται ως πηγή δεδομένων, έτσι ώστε να μπορείτε να προσθέσετε συνδέσμους από μία πορεία προς ένα άλλο
• BioPAX μετατροπέας έχει βελτιωθεί και παράγει πιο έγκυρα έγγραφα BioPAX.
• Ο νέος τύπος υποδοχή όπου μπορούν να χειριστούν μεμονωμένα σημεία (χάρη leonth)
• αριθμός των πηγών δεδομένων έχει αυξηθεί σε πάνω από 180
• δείτε ορόσημο: & quot? Milestone_25 & quot? για μια πλήρη λίστα των bug-διορθώσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.6:

• Ο αριθμός των αγκυρών σε ένα σχήμα μπορεί να αυξηθεί από την προεπιλεγμένη 12.
• Ένας μύθος της οπτικοποίησης δεδομένων μπορεί τώρα να εμφανίζεται στην ίδια την εικόνα της οδού. Προηγουμένως ήταν ορατή μόνο σε μια πλευρά του πίνακα.
• δείτε ορόσημο: & quot? Milestone_24 & quot? για μια πλήρη λίστα των bug-διορθώσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.4:

• βελτιωμένη μορφοποίηση του κειμένου των σχημάτων, οι ετικέτες και datanodes
• πολλά περισσότερα σχήματα για datanodes
• συντεταγμένες απλό pixel
• Ορισμός χρώματος φόντου για datanodes

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.3:

• Το πιο αξιοσημείωτο σε αυτή την έκδοση είναι το νέο XML Schema για τη μορφή GPML οδού (έκδοση 2010α). Αυτή η νέα μορφή της οδού θα επιτρέψει σε πολλές νέες δυνατότητες γραφικών για το μέλλον, θα μπορούν να προσβλέπουν σε μερικά από αυτά που εμφανίζονται στην επόμενη έκδοση.
• Άλλα νέα χαρακτηριστικά:
• Invisible άγκυρες είναι πραγματικά αόρατο, τουλάχιστον όταν κάτι είναι συνδεδεμένο με τους (Χάρη στην Margot)
• Επιπλέον επιλογή γραμμής εντολών -v (χάρη στον Mark)
• Επιλεγμένη βάση δεδομένων εμφανίζεται σωστά στη γραμμή κατάστασης και πάλι
• Πολλές νέες μονάδες επέκτασης για προγραμματιστές plugin
• δείτε ορόσημο: & quot? Milestone_21 & quot? για μια πλήρη λίστα των bug-διορθώσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 2.0.1:

• βελτιωμένο αλγόριθμο για την αυτόματη συνδέσμους που οδηγούν σε μια άγκυρα .
• Βελτιωμένη σχέδιο του βέλους τύπους που έχουν μικρό & quot? Χάσμα & quot? στο τέλος.
• Επειδή η υπηρεσία Thawte Freemail έχει ακυρωθεί, θα ενημερώνεται μας Πιστοποιητικού Ασφάλειας
• Ο θεατής Διαδρομή Ιστορίας είχε ένα bug όπου κάθε γραμμή θεωρήθηκε τροποποιηθεί, ακόμη και αν δεν ήταν. Αυτό έχει διορθωθεί.

Απαιτήσεις :

• Η Oracle Java Standard Edition Runtime Environment