BioJava

Παρέχει αναλυτικές και στατιστικές ρουτίνες, αναλυτών για τις κοινές μορφές αρχείων και επιτρέπει το χειρισμό των αλληλουχιών και 3D δομές.

BioJava είναι ένα εργαλείο για τη διερεύνηση των δυνατοτήτων της Java στον κόσμο βιοπληροφορικής

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Συνεπής καταγραφή σφαλμάτων. SLF4J χρησιμοποιείται για την καταγραφή και προσφέρει αντάπτορες για όλες τις σημαντικές εφαρμογές καταγραφής.
• Βελτίωση του χειρισμού των εξαιρέσεων.
• Αφαιρέθηκε ξεπερασμένο μεθόδους.
• Διευρυμένη το φροντιστήριο BioJava.
• Ενημέρωση εξαρτήσεις κατά περίπτωση.
• Διαθέσιμο σε Maven Central.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 4.0.0:

• Συνεπής καταγραφή σφαλμάτων. SLF4J χρησιμοποιείται για την καταγραφή και προσφέρει αντάπτορες για όλες τις σημαντικές εφαρμογές καταγραφής.
• Βελτίωση του χειρισμού των εξαιρέσεων.
• Αφαιρέθηκε ξεπερασμένο μεθόδους.
• Διευρυμένη το φροντιστήριο BioJava.
• Ενημέρωση εξαρτήσεις κατά περίπτωση.
• Διαθέσιμο σε Maven Central.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.0:

• Νέα Χαρακτηριστικά:
• CE-CP έκδοση 1.4, με πρόσθετες παραμέτρους
• Ενημέρωση για το πεδίο εφαρμογής 2,04
• Βελτιώσεις στην FASTQ parsing
• σφάλματα Φιξ στο ΠΣΠ parsing
• Μικρά διορθώσεις σε ευθυγραμμίσεις δομή

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.8:

• Νέα:
• Genbank συγγραφέας
• Parser για το αρχείο Καρυότυπος από UCSC
• Parser για τις θέσεις των γονιδίων από UCSC
• Parser για τα ονόματα των γονιδίων αρχείο από genenames.org
• Ενότητα για Cox παλινδρόμησης κώδικας για ανάλυση επιβίωσης
• Υπολογισμός προσβάσιμη περιοχή της επιφάνειας (ASA)
• Ενότητα για parsing αρχείων .OBO (οντολογίες)
• Βελτιωμένη:
• Αντιπροσωπεία του SCOP και Berkeley-SCOP ταξινομήσεις

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.7:

• Προστέθηκε μια βασική μονάδα ανάλυσης genbank
.
• Διορθώθηκε ένα πρόβλημα κατά τη μετάφραση κωδικονίων με Ν.
• Τώρα μπορούμε να συμπεράνουμε τα ομόλογα σε πρωτεϊνικές δομές.
• Προστέθηκε υποστήριξη για να αναλύσει τα αρχεία mmcif για τον οργανισμό και το σύστημα έκφρασης.
• Πολλές μικρές διορθώσεις και βελτιώσεις.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.6:

• Ανάπτυξη μετακόμισε στο GitHub στη διεύθυνση: https: // github.com/biojava/biojava

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.5:.

• Νέα αναλυτή για την ταξινόμηση ΟΑΤΗ
• Νέα αναλυτή για τη μορφή αρχείου της Στοκχόλμης.
• Σημαντικά βελτιωμένη αναπαράσταση των βιολογικών συνελεύσεις των πρωτεϊνικών δομών. Τώρα μπορείτε να δημιουργήσετε εκ νέου βιολογικό συγκρότημα από ασύμμετρη μονάδα.
• Αρκετές διορθώσεις σφαλμάτων.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.4:

• Αυτό οφείλεται κυρίως στην έκδοση της ενημέρωσης κώδικα bug αντιμετώπιση των ζητημάτων Η δομή και η διαταραχή ενότητες πρωτεΐνης.
• Ένα νέο χαρακτηριστικό:. SCOP δεδομένων μπορεί τώρα να προσεγγιστεί είτε από την αρχική τοποθεσία SCOP στο Ηνωμένο Βασίλειο ή την έκδοση του Berkeley

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.3:

• Σημαντικές βελτιώσεις στην ενότητα διαδικτυακή υπηρεσία (NCBI έκρηξη και υπηρεσίες hmmer web).
• & quot? Νέα & quot? fastq αναλυτή (μεταφερθεί από τη σειρά biojava 1 στην έκδοση 3).
• Υποστήριξη για κοσκινίζει-ΠΣΠ σε UniProt χαρτογράφηση.
• ενότητα Protmod μετονομάστηκε σε modfinder.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.2:

• πρωτεΐνης-δομή: Βελτιωμένος χειρισμός των πρωτεϊνικών περιοχών: Τώρα υποστηρίζει SCOP. Νέες λειτουργίες για την αυτοματοποιημένη πρόβλεψη πρωτεϊνικών περιοχών, με βάση την πρωτεϊνική περιοχή Parser.
• Μικρές βελτιώσεις και διορθώσεις σφαλμάτων σε αρκετές άλλες ενότητες.
• biojava3-AA-prop: Αυτή η νέα μονάδα επιτρέπει τον υπολογισμό των φυσικοχημικών και άλλες ιδιότητες των πρωτεϊνικών αλληλουχιών
.
• biojava3-πρωτεΐνης διαταραχή: Μία νέα μονάδα για την πρόβλεψη των διαταραγμένες περιοχές σε πρωτεΐνες. Είναι βασισμένο σε μια εφαρμογή Java του προγνωστικό RØNN.

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.0.1:

• Η απελευθέρωση 3.0.1 είναι κυρίως ένα bug fix αφήστε για την πρόσφατη 3.0 κυκλοφόρησε το οποίο προέβλεπε ένα ξαναγράψιμο της βάσης κώδικα biojava.

Απαιτήσεις :

• Java 1.6 ή νεότερη