RAPTOR

RAPTOR είναι ένα καινοτόμο λογισμικό που έχει σχεδιαστεί για την ακριβή δομή της πρωτεΐνης πρόβλεψη. Συνδυάζει προηγμένα εργαλεία ανάλυσης σε ένα ολοκληρωμένη λύση λογισμικού και παρέχει τρεις διαφορετικές μεθόδους σπείρωμα. Η μοναδική προσέγγιση βελτιστοποίησης ακέραιου προγραμματισμού RAPTOR είναι πιο αποτελεσματική για την εύρεση προτύπων δομή των στόχων με χαμηλή ομολογία αλληλουχίας και είναι σε θέση να παράγει υψηλής ποιότητας πρότυπα. Το εύκολο στη χρήση περιβάλλον εργασίας και εύκολο στην κατανόηση τιμές Ε είναι ιδανική για αρχάριους και εμπειρογνώμονες. Πάνω απ 'όλα, η έξυπνη οθόνη της εξόδου επιτρέπει στους χρήστες να κατανοήσουν τα αποτελέσματα απλά με μια ματιά. Λαμβάνοντας υπόψη μια αλληλουχία πρωτεΐνης-στόχου, αν υπάρχει μία ομόλογη πρωτεΐνη με γνωστή 3D δομή, μπορεί να βρεθεί με τη χρήση εργαλείων αναζήτησης αλληλουχία όπως PSI-BLAST, παρέχονται επίσης σε RAPTOR. Η δομή του στόχου τότε που χτίστηκε από τη γνωστή δομή? Ωστόσο, όταν η ομολογία αλληλουχίας δεν είναι σημαντική, δηλαδή λιγότερο από το 25%, το PSI-BLAST, δεν μπορούμε να καταλήξουμε σε μια σίγουρη επιτυχία. Σε αντίθεση με το PSI-BLAST, που απλά κάνει μια αναζήτηση ακολουθία, πρωτείνης σπείρωμα, διπλώστε την αναγνώριση, κάνει χρήση τόσο της ομολογίας και της δομής των πληροφοριών. Είναι σαρώνει την πρωτεϊνική αλληλουχία με μια άγνωστη δομή έναντι μιας βάσης δεδομένων γνωστών δομών. Με τη χρήση ενός λειτουργία βαθμολόγησης και τη διεξαγωγή ανάλυσης συμβατότητα μεταξύ τρισδιάστατες δομές και γραμμική πρωτεϊνικές αλληλουχίες, η καλύτερη δομική μήτρα θα προσδιοριστούν από την οποία να χτίσει τη δομή της ακολουθίας του. Ως αποτέλεσμα, η πρωτεΐνη threading δίνει μια ανώτερη πρόβλεψη από μοντελοποίηση ομολογίας όταν υπάρχει οριακή ομολογία αλληλουχίας

Περιορισμοί :.

Περιορισμένη λειτουργικότητα