CaPSID

καψίδιο είναι μια ολοκληρωμένη πλατφόρμα ανοικτού κώδικα που ενσωματώνει ένα υψηλής απόδοσης υπολογιστικής αγωγού για την ταυτοποίηση της σειράς παθογόνο & nbsp? Και ο χαρακτηρισμός στα ανθρώπινα γονιδιώματα και transcriptomes μαζί με μια κλιμακούμενη αποτελέσματα της βάσης δεδομένων και ένα φιλικό προς το χρήστη web-based εφαρμογή λογισμικού για τη διαχείριση, την υποβολή ερωτήματος και την απεικόνιση των αποτελεσμάτων.
Ξεκινώντας
Θα χρειαστείτε μια βάση δεδομένων MongoDB, ένα Python 2.6+ εγκατάσταση και Apache Tomcat 6+. Για περισσότερες λεπτομέρειες, διαβάστε το wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What είναι νέα σε αυτήν την έκδοση:

• Διορθώσεις Μήνυμα λάθους κατά την εκτέλεση της αφαίρεσης και η ευθυγράμμιση δεν έχει βρεθεί
• Περισσότερα εργασίες για τον καθορισμό τα ερωτήματα που διαρκούν

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.4.2:

• Αφαιρεί MongoKit εξάρτηση

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.4.1:

• Διορθώσεις χρονικό όριο δρομέα για μεγάλες στατιστικές εκτέλεση ερωτημάτων

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.4.0:

• στατιστικές Προσθέτει ενώ αυτοί οι που εκτελείται και όχι όλα στο τέλος
• Αποθηκεύει μοναδική ταυτότητα για τα γονίδια ως UID

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.2.7:

• Διορθώνει README

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.2.6:

• Αφαίρεση φιλτράρει unmapped κατά την οικοδόμηση χαρτογραφηθεί διαβάζει

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.2:

• Utility για να δημιουργήσετε αρχεία FastQ από unmapped διαβάζει
• Utility για να επιστρέψει διασταύρωση των αρχείων FastQ
• Utility για να επαναφέρετε τα αρχεία FastQ φίλτρο
• κατώφλι σημαία Προστέθηκε mapq για αφαίρεση
• Gbloader μπορούν τώρα να φορτώσει τα βακτήρια και τα γονιδιώματα των μυκήτων
• Αποθηκεύει αλληλουχίες γονιδιώματος στη βάση δεδομένων χρησιμοποιώντας GridFS
• Μειωμένη αποτύπωμα μνήμης κατά τον υπολογισμό των στατιστικών
• υποδιεργασίες χρήση αντί του os.system
• βαθμολογίες mapq φίλτρο πρέπει να περιλαμβάνει 0

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.1:

• προσθέτει υποστήριξη για ζεύγος τέλος διαβάζει

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 1.0.1:

• Προστέθηκε υποστήριξη για τον έλεγχο ταυτότητας MongoDB

Απαιτήσεις :

• Python