E-Cell System

Σύστημα E-Cell είναι μια έννοια της κατασκευής εικονικών κυττάρων σε υπολογιστές.
Σύστημα E-Cell είναι ένα object-oriented σουίτα λογισμικού για μοντελοποίηση, προσομοίωση, και την ανάλυση των μεγάλης κλίμακας πολύπλοκων συστημάτων, όπως τα βιολογικά κύτταρα, architected από Kouichi Takahashi και γράφτηκε από μια υπέροχη ομάδα των προγραμματιστών. Βασικό μέρος του συστήματος, E-Cell Περιβάλλον Προσομοίωσης έκδοση 3, επιτρέπει πολλά στοιχεία οδηγείται από πολλαπλές αλγόριθμους με διαφορετικά χρονοδιαγράμματα για να συνυπάρχουν.
E-Cell Project είναι ένα διεθνές ερευνητικό πρόγραμμα με στόχο την ανάπτυξη αναγκαίες θεωρητικές στηρίξεις, τεχνολογίες και πλατφόρμες λογισμικού για να επιτρέπει τον ακριβή όλη την προσομοίωση των κυττάρων.
Σύστημα E-Cell αποτελείται από τα εξής τρία βασικά μέρη:
- E-Cell Περιβάλλον Προσομοίωσης (ή E-Cell SE)
- E-Cell Μοντελοποίηση Περιβάλλοντος (ή E-CELL ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Χαρακτηριστικά :

• Βασικές δυνατότητες:
• Αντικειμενοστραφής μοντελοποίηση και προσομοίωση των πολύπλοκων συστημάτων.
• Plug-in αρχιτεκτονική. Νέες κατηγορίες χρηστών-αντικειμένων μπορεί να αναπτυχθεί, έχει φορτωθεί δυναμικά, και χρησιμοποιείται σε προσομοίωση.
• αλληλεπίδραση του χρήστη σε πραγματικό χρόνο και την απεικόνιση κατά τη διάρκεια της προσομοίωσης.


• Scripting:
• Python scripting μιας συνόδου προσομοίωσης (χειραγώγηση Run / Stop / παράμετρος / επεξεργασίας δεδομένων κλπ ...).
• Python scripting ενός πειράματος προσομοίωσης που περιλαμβάνει πολλές διαδρομές των συνόδων προσομοίωσης (όπως η ρύθμιση των παραμέτρων, μεταβολικό ανάλυση ελέγχου κλπ ..)
• Python scripting της γενιάς μοντέλο αρχείου (π.χ. για την αυτοματοποιημένη κατασκευή μοντέλο από βάσεις δεδομένων).


• Compatibilities:
• επίπεδο SBML 1/2 εισαγωγής.
• επίπεδο SBML 1/2 εξαγωγέα.


• παράλληλου υπολογισμού:
• Κοινόχρηστη μνήμη, multi-νήμα παραλληλισμού σε μία μόνο συνεδρίαση προσομοίωσης. (Να συγχωνευθούν στο κεντρικό κατάστημα.)
• Cluster και το πλέγμα κατανεμημένου υπολογισμού των πολλαπλών συνεδριών προσομοίωσης. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Τι είναι καινούργιο σε αυτή την έκδοση:.

• Αυτή η έκδοση προσθέτει διάφορες διορθώσεις σφαλμάτων

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.107 RC2:

• Διορθώθηκε ένα bug στο ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Διορθώθηκε ένα bug στο ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Τι είναι καινούργιο στην έκδοση 3.1.107 RC1:

• Διορθώθηκε το πρόβλημα μεταγλώττισης για νεότερα GCC (& gt? = 4,3). (Moriyoshi)
• Ολοκληρωμένα pyecs σε pyecell. (Moriyoshi)
• Συγχωνευομένων ecell.emc σε ecell.ecs να αποφευχθεί η στατική initializer παραξενιά σε κάποια πλατφόρμα (συμπεριλαμβανομένου του Mac OS X). (Moriyoshi)
• Δύο frontends GUI (session-οθόνη και το μοντέλο-editor) ανανεώθηκαν να είναι δύο πακέτα ενότητες python, ecell.ui.osogo και ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Μεταφέρθηκε GtkSessionMonitor να ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor που κατοικεί σε ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Μετονομάστηκε ecell.SessionManager να ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Αφαιρέθηκαν οι ακόλουθες σταθερές από ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)