LSim

lsim επικαλύπτει μακρομοριακές πυκνότητες ηλεκτρονίων και υπολογίζει μια δομική ομοιότητα βαθμολογία. Υπολογισμούς του κλίμακα γραμμικά με το μέγεθος των μορίων που συγκρίνονται.
Οι ευθυγραμμίσεις lsim είναι εννοιολογικά άσχετα με βιοχημικές δομικών στοιχείων και, ως εκ τούτου, είναι αμερόληπτες και κατάλληλες για τη δομή μόνο μελέτες πρωτεΐνη ομοιότητα.
Εγκατάσταση:
Αποσυμπιέστε το αρχείο της διανομής:
πίσσα -xzvf lsim-linux.tar.gz
Μετακίνηση στον κατάλογο αρχείων:
cd lsim.1.0.0
Αντιγραφή, μετακίνηση ή να συνδέσετε το εκτελέσιμο αρχείο lsim σε μια κατάλληλη τοποθεσία -και βεβαιωθείτε lsim είναι προσβάσιμο μέσω του περιβάλλοντος μεταβλητής PATH, π.χ.
CP lsim / usr / local / bin
Ορισμός μεταβλητής LSIMDIR να επισημάνω το επιλεγμένο κατάλογο lsim, π.χ.
setenv LSIMDIR /home/olaguer/progs/lsim.1.0.0