STEPS

ΒΗΜΑΤΑ είναι ένα πακέτο για την ακριβή στοχαστική προσομοίωση των συστημάτων αντίδρασης-διάχυσης οσοδήποτε σύνθετες 3D γεωμετρίες. Αλγόριθμο πυρήνα προσομοίωσης μας είναι μια υλοποίηση του SSA Gillespie, η επεκταθεί ώστε να ασχοληθεί με την διάχυση των μορίων πάνω από τα στοιχεία του 3D τετραεδρική πλέγμα.
Ενώ αναπτύχθηκε κυρίως για την προσομοίωση λεπτομερή μοντέλα νευρωνικών οδών σηματοδότησης σε δενδρίτες και γύρω συνάψεις, είναι ένα γενικό εργαλείο και μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη μελέτη οποιουδήποτε βιοχημικό μονοπάτι στο οποίο οι χωρικές κλίσεις και μορφολογία πιστεύεται ότι παίζει ένα ρόλο.
Έχουμε εφαρμόσει ΒΗΜΑΤΑ ως σύνολο ενοτήτων Python, που σημαίνει ΒΗΜΑΤΑ χρήστες μπορούν να χρησιμοποιήσουν Python scripts να ελέγχουν όλες τις πτυχές της δημιουργίας του μοντέλου, δημιουργώντας ένα πλέγμα, τον έλεγχο της προσομοίωσης και της παραγωγής και την ανάλυση εξόδου. Οι βασικές υπολογιστικές ρουτίνες εξακολουθούν να εφαρμόζονται ως C / C ++ μονάδες επέκτασης για μέγιστη ταχύτητα εκτέλεσης.
. ΒΗΜΑΤΑ διανέμεται με άδεια GPL v3 του

Απαιτήσεις :

• Python