Ghemical

Ghemical είναι ένα υπολογιστικό πακέτο λογισμικού χημεία διανέμεται υπό την GNU GPL. Αυτό σημαίνει ότι η πλήρης πηγαίος κώδικας του πακέτου είναι διαθέσιμη, και οι χρήστες είναι ελεύθεροι να μελετήσουν και να τροποποιήσετε το πακέτο. Ghemical είναι γραμμένο σε C ++.
Ghemical έργο έχει μια γραφική διεπαφή χρήστη (η οποία βασίζεται στο GNOME), και υποστηρίζει και τις δύο κβαντική μηχανική-(ημι-εμπειρικές και ab initio) μοντέλα και μοντέλα μοριακή μηχανική (υπάρχει μια πειραματική Tripos 5,2-όπως τομέα δύναμης για τη βιολογική molecu Επίσης ένα εργαλείο για τη μείωση μοντέλα πρωτεΐνη [1] συμπεριλαμβάνεται. βελτιστοποίησης Γεωμετρία, μοριακή δυναμική και μια μεγάλη σειρά από εργαλεία οπτικοποίησης είναι διαθέσιμα σήμερα.
Ghemical βασίζεται σε εξωτερικούς κώδικα για να παρέχει τους υπολογισμούς κβαντομηχανικών. Ημι-εμπειρικές μεθόδους MNDO, Mindo / 3, ΑΜ1 και PM3 προέρχονται από το πακέτο MOPAC7 (Public Domain), και περιλαμβάνονται στη διανομή πηγή.
Το πακέτο MPQC (GNU GPL) που χρησιμοποιείται για την παροχή ab initio μέθοδοι: οι μέθοδοι που βασίζονται στη θεωρία Hartree-Fock υποστηρίζονται αυτή τη στιγμή με βάση τα σύνολα που κυμαίνονται από STO-3G στην 6-31G **.
Ο κώδικας MPQC δεν περιλαμβάνεται στη διανομή πηγή. Για να χρησιμοποιήσετε το MPQC με βάση ab initio μεθόδων σε Ghemical, θα πρέπει πρώτα να μεταγλωττίσετε και να εγκαταστήσετε το πρόγραμμα MPQC για το σύστημά σας, και στη συνέχεια να καταρτίσει Ghemical χρησιμοποιώντας κάποιες συγκεκριμένες ρυθμίσεις που συνδέουν τα προγράμματα μαζί? δείτε το αρχείο εγκατάστασης για περισσότερες πληροφορίες. Ghemical περιέχει επίσης το πακέτο OpenBabel για την εισαγωγή και την εξαγωγή των πολλών διαφορετικών τύπων αρχείων (καθώς και άλλα καθήκοντα).
Εγκατάσταση
Αφού έχετε κατεβάσει την τελευταία έκδοση, θα πρέπει να εξαγάγετε όλα τα αρχεία από το συμπιεσμένο αρχείο σας χρησιμοποιώντας το "πίσσα -zxvvf ghemical-1.00.tgz" ή ισοδύναμα "gunzip ghemical-1.00.tgz? Πίσσα -xvvf ghemical-1.00.tar". Μετά από αυτό, παρακαλούμε να διαβάσετε το "Install" -Σύστημα απλά εξάγεται για να πάρετε περισσότερες πληροφορίες.
Τι νέο υπάρχει σε αυτήν την έκδοση: